Experiencias místicas
Francisco cuando pronunciaba el nombre de Belén sentía miel en su boca. Cuando comenzó a hacer penitencia y a usar la misericordia hacia los leprosos, pudo decir: "Aquello que me parecía amargo me fue cambiado por dulzura de alma y cuerpo".
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El carro de fuego
Más o menos cerca de la medianoche, quien estaba despierto y estaba rezando en silencio vio entrar por la puerta de la casa un carro de fuego luminoso que dio dos o tres vueltas en el lugar; encima de el estaba apoyado un grande globo, con gran esplendor como el del sol que aclaró la oscuridad.
Ellos se sorprendieron de aquella luz que no solo penetró en el cuerpo, sino también en el espíritu donde tuvo efectos extraordinarios. Reunidos, ellos se preguntaron el significado del fenómeno, entonces fue cuando comprendieron que se trataba con certeza del alma del santo Padre. Era un don extraordinario dado a Francisco por Dios por su pureza y su ardiente amor hacia las criaturas.
El leproso
Un día mientras Francisco meditaba acerca de dejar su vida mundana cabalgando en los campos fuera de las murallas de Asís, cuando escuchó el sonido de una campana. Vio a un ser desfigurado llegar a su encuentro, se trataba de un leproso con la carne llena de llagas, calcificadas que emitían un hedor insoportable.
Francisco tuvo el impulso de huir porque sabía que la lepra era una enfermedad muy contagiosa, pero venció su repugnancia, bajo del caballo, se acercó al leproso y lo besó con el beso del amor. Subió al caballo, se volteó para saludar al leproso, pero este había desaparecido. Aquel leproso era Jesucristo que descendió en tierra para recibir el beso de su siervo.
En el testamento de Francisco dejo escrito:
"Cuando me encontraba en pecado, demasiado amargo me parecía el ver a los leprosos; el Señor me condujo entre ellos, cuando me alejé, aquello que sentía amargo, se transformó en dulzura del alma y del cuerpo y después abandoné el mundo".
El sigilo de Cristo
Francisco, con algunos compañeros, se dirigió a la Cima del Verna, donde practicó por diversos días una oración cada vez mas ardiente. El 14 de septiembre de 1224, día de la Exaltación de la Cruz, en las primeras horas de la mañana Francisco fue marcado por los estigmas. Cuenta el Celano: "Un hombre estaba encima de El, parecido a un Serafín con seis alas, las manos extendidas y los pies juntos fijados en la cruz. Dos de sus alas estaban extendidas sobre su cabeza, dos estaban extendidas como si estuvieran listas para volar y las otras dos alas estaban cubriendo todo su cuerpo. Cuando el beato siervo del Altísimo vio estas cosas, fue colmado de la más grande maravilla, sin comprender aun que podía significar esta visión. Aun así fue lleno de felicidad y se alegró grandemente por la cortés y benigna mirada con la que se veía contemplado por el serafín, del cual su belleza era inestimable. Y la visión volvía perplejo su corazón, y las marcas de los clavos comenzaron a aparecer en sus manos y en sus pies, así como le había visto antes en el hombre crucificado por encima de él. Además de esto, su costado izquierdo era como si hubiera sido traspasado por una lanza.
El Lobo
Toda la ciudad de Gubbio vivía bajo el incubo de un feroz Lobo que en sus frecuentes visitas en ciudad hacia matanzas de animales y hombres, los pobres y espantados habitantes para defenderse se vieron obligados a encerrarse en murallas.
Francisco tuvo compasión de aquella gente e inspirado por el Señor, salió de la ciudad para encontrar al lobo. Cuando vio al animal que venia a su encuentro, lo detuvo con un gesto de la cruz y le dijo: "Hermano Lobo, ven a mi; yo te ordeno por parte de Cristo que tu no hagas mas del mal, ni a mi, ni a ni ninguno, yo te prometo que los hombres proveerán a tu sostén, estas de acuerdo?". El Lobo manso como un cordero alzo su pata y se la dio a Francisco para aceptar el pacto propuesto ante el asombro de todos los ciudadanos. El Lobo vivió por mucho tiempo entre los habitantes sin hacer ningún mal. Los habitantes, en recuerdo de este admirable prodigio, hicieron erigir una pequeña Iglesia que aun existe que se llama: La Iglesia de la "Victoria".
Predicciones
Un día el pobre de Asís, se puso en oración para obtener de Dios, la iluminación de como habría sido su vida y aquella de sus hermanos. Inmediatamente se sintió inundado en el íntimo de su corazón por un inefable regocijo e inmensa dulzura. Fue llevado fuera de si y en la iluminación divina pudo contemplar con claridad el futuro. Acabada la contemplación regresó lleno de gozo y dijo a sus hermanos: "Queridísimos, confórtense y alégrense en el Señor, no se entristezcan por ser tan pocos; no se espanten de vuestra y mi simplicidad, porque como me ha revelado el Señor, el nos volverá una innumerable multitud y nos propagará hasta el confín del mundo. He visto un a grande cantidad de hombres venir a nosotros, deseosos de vivir con el hábito de la santa vida común y según la Regla de la beata religión. Resuena todavía en mis oídos el ruido de su venir y andar conforme al mandato de la santa obediencia! He visto las calles llenas de ellos, provenientes de casi todas las naciones".
Las golondrinas.
Un día mientras San Francisco hablaba al pueblo reunido en la Plaza de Aviano, una bandada de golondrinas gorjeaba tan fuerte que impedía que su voz llegara a los presentes. Francisco se dirigió a ellas con las siguientes palabras: "Hermanas mías golondrinas, ahora toca a mi hablar, porque ustedes ya lo hicieron suficiente; escuchen la palabra de Dios calladas y quietas, hasta que acabe mi discurso". La bandada enseguida guardo silencio para asombro de la multitud y así permaneció hasta que el sermón no se acabo. Los presentes se asombraron ante esta señal que dijeron: "Este hombre verdaderamente es un santo y un amigo del Altísimo!".