La guerra civile in Sudan è in corso ormai da 20 anni, e vede opporsi il governo settentrionale di Karthoum ed i ribelli del Sudan People's Liberation Army (SPLA), che rivendicano l'indipendenza delle regioni meridionali del Paese.
Una delle principali motivazioni di questa guerra (oltre a questioni economiche e territoriali) è sicuramente la profonda differenza etnica, sociale e religiosa esistente tra il Nord nazionalista, arabo e islamico ed il Sud nero e cristiano-animista, organizzato in strutture di stampo prevalentemente tribale.

Tale contrapposizione, portata alle estreme conseguenze da rivalità etniche, aveva già condotto le parti a combattersi in un primo conflitto che insanguinò il sud Sudan dal 1955 al 1972, poco prima che i Paese raggiungesse l'indipendenza dall'Inghilterra; le ostilità ebbero inizio quando una guarnigione governativa dell'Equatoria Corps si ammutinò e diede origine ad una lotta armata contro Khartoum; in seguito, i guerriglieri si riorganizzarono e diedero vita al gruppo Anya Nya, a sua volta accorpato ad altre fazioni minori per formare l'SSLM (Southern Sudan Liberation Movement), diretto da Joseph Lagu. Nel 1972 quest'ultimo firmò la pace con l'allora dittatore sudanese Nimeiri, ad Addis Abeba.

Agli accordi seguì dunque un periodo di transizione sostanzialmente pacifico, in cui gli Stati dell'Equatoria, Bahr-el-Ghazal e Upper Nile raggiunsero un relativo grado di autonomia.
Tuttavia, la situazione precipitò nuovamente nove anni dopo: la scintilla che scatenò il secondo conflitto ebbe luogo nel maggio del 1983, quando Nimeiri decise di estendere la Sharia (la legge islamica) anche alle popolazioni cristiane del sud.
Anche stavolta diverse divisioni governative di stanza nella regione si ammutinarono; una di esse, comandata da John Garang (che aveva ricevuto un addestramento militare negli USA) divenne il nucleo di base della guerriglia dell'SPLA. Successivamente i ribelli iniziarono a ricevere finanziamenti da amministrazioni o gruppi armati di Paesi vicini e lontani, fra cui Uganda, Eritrea, Chad, Stati Uniti e Israele.

Da allora, i due eserciti si sono fronteggiati senza sosta fino a pochi mesi fa; i venti anni di guerra sono stati segnati da combattimenti estremamente feroci, condotti anche con armi "non convenzionali" (il regime è stato più volte accusato dell'utilizzo dei gas letali).
Nel 1998 gli Usa hanno bombardato una fabbrica di armi chimiche vicino alla capitale, accusando Khartoum di fornire armi al terrorismo internazionale.

Il conflitto, concentratosi quasi esclusivamente nel sud del Paese, ha colpito in particolar modo la popolazione civile, tra cui si registrano gran parte degli oltre due milioni di vittime; inoltre, in centinaia di migliaia hanno perso la vita a causa delle carestie e delle epidemie connesse con la guerra, mentre altri quattro milioni e mezzo di persone hanno dovuto abbandonare le proprie case e rifugiarsi nei campi profughi locali o dei Paesi confinanti (Uganda e Kenya in particolare).

Governo e ribelli si sono resi responsabili di gravissime violazioni dei diritti umani; per vent'anni l'aviazione ha bombardato incessantemente i villaggi, colpendo case, scuole, edifici pubblici, mercati e chiese. Le stragi di civili sono state quasi quotidiane, come testimonia l'enorme numero di fosse comuni rinvenute; inoltre, migliaia di persone, soprattutto donne e bambini, sono state rapite e deportate al nord come schiavi.
L'SPLA ha arruolato, spesso con la forza, un gran numero di bambini tra le sue milizie; inoltre i ribelli sono stati accusati di esercitare un opprimente monopolio sugli aiuti umanitari (che sovente sono stati negati alla popolazione, aggravando maggiormente il problema della fame e della carestia).

Negli ultimi anni il tentativo di controllo dei giacimenti petroliferi e delle altre risorse dei territori meridionali ha preso il sopravvento su ogni altra questione, diventando così il vero motivo della guerra.
Le enormi ricchezze del sud - fra cui, oltre al petrolio, anche acqua, terreni coltivabili, bestiame, minerali, che non si trovano nel nord principalmente desertico - rappresentano da sempre un fortissimo richiamo per la classe dirigente (dal 1989 sotto la guida di Omar Hassan al-Bashir), ed ai grandi amministratori e proprietari terrieri ad essa legati; ad aggravare la situazione si è aggiunto l'intervento di influenti multinazionali petrolifere straniere, che hanno fomentato la campagna di guerra di Khartoum per tentare di conquistare quante più "aree produttive" a sud.
Si è così instaurato un circolo vizioso, attraverso cui il regime ha utilizzato gran parte dei ricavi dell' "oro nero" per acquistare armi sempre più distruttive, e prendere il controllo di un numero sempre maggiore di giacimenti. Centinaia di migliaia di civili sono stati così scacciati o uccisi unicamente per il fatto di abitare nei pressi di campi petroliferi, e talvolta, secondo numerose denunce di osservatori indipendenti, le multinazionali non hanno esitato a scatenare i propri eserciti privati sulla popolazione. La canadese Talisman Energy, ora ritiratasi dal Paese, ha ricevuto durissime accuse a riguardo, ma certamente non è stata l'unico caso.

Solo lo scorso anno sono stati compiuti importanti passi avanti sul piano diplomatico, dopo due decenni di indifferenza da parte della comunità internazionale. Sono stati infatti aperti i colloqui di pace in Kenya che, fra alterni e discontinui risultati, hanno portato ad un cessate-il-fuoco che dovrebbe preludere ad una pace definitiva: per cui, dopo sei anni di "transizione", il sud del Paese dovrà raggiungere una larga autonomia da Khartoum, insieme all'autodeterminazione ed all'utilizzo di una consistente percentuale delle risorse naturali locali.
Le trattative sono supportate dall'IGAD (Inter-Governmental Authority for Developement), che abbraccia diversi Paesi confinanti, oltre anche agli USA.
Proprio l'intervento del governo americano, anche se non certamente mirato per questioni umanitarie, è stato determinante nel raggiungimento di una intesa di massima: Washington ha infatti promesso enormi finanziamenti alle parti in cambio di un accordo di pace, che dovrebbe portare ad un significativo aumento della produzione di petrolio.

Mentre a sud, nonostante la tregua abbia subito numerose violazioni, sembra faticosamente aprirsi uno spiraglio di pace, nuovi timori sorgono per le crescenti violenze nella provincia del Darfur, regione desertica situata nel nord-ovest del Paese, ed abitata per lo più da tribù islamico-animiste nomadi.
Negli ultimi anni quest'area è stata al centro di una campagna di repressione da parte del regime, che ha cercato di stabilirne il controllo utilizzando il pugno di ferro, tramite rastrellamenti, arresti e condanne a morte di oppositori, oltre ad abusi sulla popolazione civile da parte dell'esercito stesso o di squadre paramilitari.
A partire dalla fine di febbraio alcune delle etnie locali più rappresentate (fra cui i Fur e i Masalit), a quanto pare sostenute dall'SPLA e da altri Paesi stranieri, hanno cominciato una campagna di lotta armata contro il governo, che a sua volta ha reagito rifiutando qualsiasi soluzione negoziale e replicando agli attacchi.