Nel 1512 le truppe castigliane conquistarono con le armi il Regno di Navarra. A partire da quel momento, il Paese Basco si è trovato diviso fra lo Stato Francese e quello spagnolo. La parte nord (Lapurdi, Bassa Navarra e Zuberoa) ha mantenuto le proprie istituzioni sino alla rivoluzione francese, che le ha abolite malgrado la resistenza basca. Nel sud, le Cortes (camere) della Navarra si riunirono per l'ultima volta nel 1829, poco prima delle guerre carliste che portarono alla perdita di tutte le istituzioni, leggi e costumi propri. Per anni, l'emblema basco è stato rappresentato da Gernika; nel 1937, il generale fascista Franco fece bombardare dall'aviazione nazista la città, durante un giorno di mercato: con questo gesto si è voluto infrangere la storia e dare un castigo esemplare al popolo basco ed alle sue ansie di libertà.
Nel dicembre 1958 nasce ETA, Euskadi Ta Askatasuna (Patria Basca e Libertà), l'organizzazione che, ancora oggi, porta avanti la resistenza armata contro lo Stato spagnolo, mentre nella parte di Paese Basco sotto amministrazione francese è attiva l'organizzazione Iparretarrak.
Quando nel 1978 lo Stato spagnolo si è dotato di una Costituzione, questa è stata respinta dalla maggioranza dei Baschi in un referendum. La ragione di questa scelta è che Madrid si rifiuta di riconoscere i diritti più elementari del popolo basco: il Diritto all'Autodeterminazione e all'Unità Territoriale.
Dalla fine della dittatura franchista ad oggi tutti i tentativi di negoziare una soluzione pacifica del conflitto sono falliti; l'ultima occasione che si è presentata è costituita dalla tregua unilaterale osservata da ETA dal settembre 1998 alla fine di ottobre 1999, durante questo periodo la repressione è proseguita, colpendo addirittura i delegati alla negoziazione con il governo spagnolo.
Dopo diversi comunicati nei quali l'organizzazione armata denunciava l'inesistente volontà di soluzione del conflitto da parte dello Stato spagnolo e lo scarso impegno in questo senso del nazionalismo basco moderato, ETA dichiarava conclusa la tregua ed iniziava una nuova campagna di azioni armate (omicidi politici e attentati), tuttora in corso.