Mindanao, l'isola più meridionale dell'arcipelago filippino, è la zona musulmana del Paese, che per il resto è abitato da popolazioni di fede cristiana.

Dal 1971 i musulmani di Mindanao hanno iniziato una lotta armata per l'indipendenza dell'isola. La guerra tra l'esercito di Manila e i militanti del Fronte di Liberazione Islamico dei Moro (MILF) ha causato fino ad oggi 150mila morti.

I combattimenti sono calati di intensità dal 1987, quando sono cominciate trattative di pace tra ribelli e governo. Trattative osteggiate dal nuovo gruppo armato islamico Abu Sayaf, fazione estremista finanziata dal famigerato sceicco Osama Bin Laden, che agisce principalmente con sequestri politici di cittadini occidentali.

Nel Paese agiscono poi anche movimenti politici di estrema sinistra che conducono da decenni lotta armata contro il regime filippino, primo fra tutti il Nuovo Esercito Popolare-Partito Comunistra Filippino (NPA-PCP).