All'inizio del 1999 è scoppiata, per futili motivi (un autobus guidato da un autista cristiano investì un ragazzo musulmano), una vera e propria guerra di religione tra musulmani e crisitiani. L'esercito indonesiano è intervenuto per riprotare la calma, ma poi ha finito per prendere le parti della fazione musulmana.

Le violenze, estese a tutte le isole dell'arcipelago delle Molucche, hanno causato fin'ora 5mila morti e mezzo milione di rifugiati di entrambe le fazioni in lotta.