Quando il corpo in stato di coma di Scully viene ritrovato in un ospedale locale, Mulder sospetta che il governo sia il responsabile della sua scomparsa.

Riassunto:
      Malgrado l'obiezione di Mulder che ritiene essere ancora prematuro abbandonare ogni speranza, Margaret Scully ordina una pietra tombale per la figlia scomparsa, Dana. Non molto dopo, il corpo in stato di coma di Dana riappare misteriosamente presso un ospedale locale. È collegata ad un sistema di supporto vitale, le sue condizioni sono critiche. Non c'è alcuna traccia di come sia arrivata all'ospedale... o chi ce l'abbia portata. Mulder è furioso. Un dottore rivela che Dana ha espressamente lasciato scritto quali siano le condizioni necessarie per sospendere il sostegno artificiale.
      Melissa Scully va a trovare Dana all'ospedale. Dichiara di essere in grado di comunicare con la sorella. Dana riceve anche la visita di Frohike, uno dei Guerrieri Solitari. Frohike ed i suoi collegi scoprono che il DNA di Dana presenta delle manomissioni genetiche. Concludono che con il sistema immunitario decimato, a Dana non rimane molto da vivere.
      Quando Mulder ritorna all'ospedale, vede un misterioso uomo rubare una fiala contiene un campione del sangue di Dana. Mulder lo insegue. Ne consegue una lotta tra i due. Improvvisamente X emerge dalle ombre e uccide il misterioso ladro. Mulder è disgustato dall'assassinio senza senso. Ma comunque recupera il campione di sangue. Poco dopo vengono eseguite le volontà di Dana e il sistema di supporto vitale viene staccato.
      Mulder avvicina Skinner ed esige di poter contattare l'Uomo che Fuma, convinto che sia il responsabile di ciò che sta accadendo. Ma la sua richiesta viene negata. Un po di tempo dopo, all'ospedale, una donna misteriosa dimentica un pacchetto di sigarette contenente l'indirizzo dell'Uomo che Fuma. Mulder segretamente entra nell'appartamento dell'Uomo che Fumo e punta una pistola alla sua testa. Ma l'Uomo che Fuma ha in mano tutte le carte; ricorda a Mulder che se lui dovesse morire, tutti i segreti se ne andrebbero con lui. Comprendendo di essere in un vicolo cieco, Mulder rassegna le sue dimissioni a Skinner.
      Skinner rifiuta le dimissioni di Mulder. Più tardi, Mulder viene avvicinato da X, il quale gli dice che avra luogo una perquisizione illegale nel suo appartamento, una perquisizione fatta da degli agenti governativi. Viene detto a Mulder di uccidere gli intrusi e di avvalersi della legittima difesa. Mulder si apposta nell'oscurità aspettando gli agenti, Melissa appare alla sua porta. Gli dice che le condizioni di Dana stanno peggiorando, e che ora più che mai, Dana ha bisogno di averlo accanto. Mulder va al capezzale di Scully e le dice parole di incoraggiamento. Quando Mulder ritorna al suo appartamento, trova che è stato perquisito.
      Il giorno dopo, Mulder riceve una chiamata dall'ospedale. Dana ha ripreso i sensi.