Mulder va a Puerto Rico anticipando un gruppo di berretti aventi l'ordine di distruggere ogni traccia di un incontro extraterrestre.

Riassunto:
      Con il progetto X-Files ufficialmente chiuso, Mulder e Scully ritornano alle indagini dell'FBI. Ma gli agenti, abituati ad aver a che fare con casi straordinari che coinvolgevano extraterrestri ed il paranormale, a malapena riescono a celare la loro noia. Credendo di essere sorvegliati dall'agenzia, i due si incontrano nel parcheggio del Watergate Hotel. Là Mulder confessa a Scully di essere depresso per la missione della sua vita - trovare le prove che confermino che sua sorella è stata rapita dagli alieni anni prima. Si lamenta che malgrado i numerosi incontri con degli UFO, ancora non possiede nessuna prova fisica che provi l'esistenza degli extraterrestri. Egli sta perdendo interesse nella ricerca "della verità." Ma Mulder più tardi viene di nome a comparire al Campidoglio dal Senatore Richard Matheson, un sostenitore degli X-Files, che lo rende partecipe di un grande segreto: presso un radio telescopio abbandonato in Puerto Rico c'è stao un incontro con un UFO.
      Mulder vola immediatamente a Puerto Rico, sperando di battere sul tempo un gruppo di ricercatori di UFO dei Berretti Blu prima che riescano a requisire le prove dell'avvenuto contatto. Riesce a forzare ed entrare nell'edificio, dove scopre un registratore con una bobina che sta girando. Un portoricano terrificato di nome Jorge disegna a Mulder un'immagine di un extraterrestre che ha visto sul luogo.
      Quando Mulder non si presenta al lavoro, Scully comincia ad investigare. Ispeziona il suo appartamento e scopre un pezzo di carta contenente un "Wow Signal," una trasmissione radio dallo spazio profondo contenente una trasmissione codificata trenta volte più forte del rumore di fondo galattico. Il dott. Kip Troitsky dice a Scully che solo pochi radio telescopi sono attivamente alla ricerca di tali segnali. Scully cerca nelleliste passeggeri delle compagnie aeree e ne trova una contenente lo pseudonimo di Mulder, "George E. Hale." Quel volo era limitato a Puerto Rico. I progressi di Scully subiscono un rallentamento quando si abbatte sull'isola. Diventa più preoccupata quando si accorgeche degli agenti dell'FBI la stanno seguendo.
      Mulder e Jorge ascoltano la bobina mentre la forza dell'uragano si intensifica. Improvvisamente, Jorge sente dei rumori che lo terrorizzano. Scappa fuori dall'edificio. Mulder lo insegue, ma dopo una rapida ricerca scopre il corpo dell'uomo, l'espressione sulla sua faccia è il ritratto della paura, come se fosse stato spaventato a morte. Sentendosi più isolato di mai, Mulder registra i suoi pensieri in un nastro. Si chiede ad alta voce cosa farebbe se si trovasse davvero faccia a faccia con una forma di vita extraterrestre. Poco dopo, un intensa, accecante forza fa dondolare l'edificio. Mulder guarda, spaventato, mentre un alieno cammina verso di lui. E viene sommerso da una luce accecante.
      Quando Mulder riacqista i sensi, Scully è al suo fianco. Ma si accorgono presto che i Berretti Blu sono arrivati. Certi del fatto che i Berretti li uccideranno, i due salgono su una jeep li vicino e si lanciano nella foresta. I Berretti aprono fuoco, colpendo la jeep. Ma Mulder guidando meglio di loro riesce a scappare. Quando ritornano a Washington, Mulder viene ripreso da Skinner per essere mancato al lavora. Mulder ribatte dicendo che il suo telefono era stato intercettato illegalmente. Viene concesso a Mulder di tornare al lavoro. Più tardi, lui e Scully ascoltano la bobina, solo per scoprire che è completamente vuota.