Mulder insegue un organismo parassita di forma umanoide che ha fatto delle fognature la propria casa.

Riassunto:
      L'equipaggio a bordo di un cargo russo diretto nel New Jersey incontra un feroce mostro umanoide appostato all'interno dei serbatoi delle fognature. Dopo che la bestia ha trascinato un membro dell'equipaggio verso la sua morte, viene dato l'ornine di svuotare i serbatoi.
      Un po di tempo dopo, Mulder viene tolto al suo lavoro di sorveglianza mondana e viene assegnato alle indagini di caso riguardante una morte misteriosa nel New Jersey. Viene condotto sotto le strade di Newark, nelle fognature, dove ispeziona il cadavere di operaio. Offeso per essere stato assegnato ad un'altro caso insignificante, che crede essere un omicidio collegato alla droga, Mulder si confronta col Vice Direttore Skinner. Skinner gli ricorda che gli X-Files sono stati chiusi. Mulder più tardi confessa a Scully l'intenzione di lasciare l'agenzia per poter perseguire i suoi interessi sul paranormale.
      Mentre compie l'autopsia sul cadavere recuperato nelle fogne del New Jersey, Scully scopre un strana creatura simile ad un verme che scivola all'interno del cadavere. Nel frattempo, un'altro operaio viene attaccato dalla creatura che si nasconde nelle fogne. Questa volta, la vittima sopravvive. Mulder ed un medico dell'ospedale, il dott. Zenzola, ispezionano una ferita sulla schiena delloperaio. Incerti su cosa avrebbe potuto lasciare quel segno, Mulder ed il dottore dimettono l'uomo. Ma quando l'operaio torna a casa, un verme parassita si apre una strada per uscire dal suo corpo, uccidendo il suo ospite nell'operazione.
      Mulder va a afr visita all'impianto di depurazione delle fognature. Un anziano impiegato di nome Charlie scopre una creatura umanoide che nuota in una pozza di sedimentazione. Terrificato, svuota il sistema, catturando la creatura nel processo. Mulder rinchiude la creatura in una cella.
      Con la creatura in custodia, Mulder va a far visita a Skinner. Egli afferma che se il caso fosse stato trattato come un X-File fin dall'inizio, la vita del lavoratore sarebbe potuta essere salvata. Skinner dice a Mulder che la creatura sarà messa in un istituto... e conviene con lui che il caso poteva essere catalogato come un X-File.
      La creatura riesce a scappare e a rifugiarsi all'interno un serbatoio chimico vicino ad un campeggio. La creatura vieneaccidentalmente risucchiata in un'autocisterna e portata via. Nel frattempo, Mulder riceve dei misteriosi messaggi da un ufficiale governaivo altolocato che afferma che la riabilitazione degli X-Files dipende sul suo successo in questo caso.
      Mulder rintraccia la creatura presso un impianto per il trattamento dei rifiuti. Scully lo avverte che la passera nera rinvenuta all'interno del cadavere è davvero un larva in incubazione - il che significa che la creatura cerca di riprodursi. L'agente ed un caposquadra strisciano all'interno di un tunnel sperando di localizzare la creatura. Improvvisamente salta fuori dall'acqua afferrando il caposquadra e trascinandolo sotto il fango. Il caposquadra riemerge, alla ricerca di aria. La creatura tenta di dirigersi verso un tubo per lo sfogo, che sbocca sul mare. Mulder va ad agire su una leva arrugginita nel tentativo di chiuderele la fuga, nell'operazione il cancello di metallo cade sulla creatura tagliandola in due parti.
      Più tardi, Mulder si incontra con Scully, che gli mostra una fotografa che collega la creatura all'incidente avvenuto al reaatore nucleare di Chernobyl in Russia.