Gola profonda fornisce a Mulder un'informazione segreta riguardante un caso di estrema importanza che coinvolge un evaso scomparso e il clone di un virus extraterrestre.

Riassunto:
      Mulder riceve un'informazione criptica da Gola Profonda riguardante un incidente nel quale un fuggitivo è riuscito ad eludere la polizia dopo un inseguimento ad alta velocità. Durante la fuga il sospetto è stato colpito e ferito da un poliziotto prima di cadere in un lago. Malgrado molte ore di dragaggio, il corpo del fuggitivo non viene recuperato. Dopo alcune indagini, Mulder comprende che qualcuno ha deliberatamente scambiato la macchina che il sospetto guidava con un altro veicolo.
      Gli agenti rintracciano la macchina originale presso il Dott. Berube, un scienziato che non è ansioso di cooperare alle indagini dell'FBI. Col caso ad un vicolo cieco, Mulder si prepara ad abbandonare. Ma Gola Profonda lo contatta e lo convince che quel caso è di estrema importanza. Nel frattempo, il corpo morto di Dott. Berube viene scoperto all'interno del laboratorio.
      La polizia termina le ricerche senza aver recuperato il corpo del fuggitivo. Quando lasciano il lago, il misterioso fuggitivo riemerge dall'acqua. Delle piccole branchie nel suo collo gli hanno permesso di rimanere sommerso per un lungo periodo. Il fuggitivo si dirige quindi verso la città, e dopo aver tentato di contattare il Dott. Berube crolla sulla strada. Dei paramedichi portano il fuggitivo in ospedale e inseriscono un ago nella sua pelle. Improvvisamente, un getto di un gas tossico viene emesso dal corpo del fuggitivo. I paramedichi sono sopraffatti dai fumi ed il fuggitivo riesce a scappare nella notte.
      Con l'aiuto del Dott. Carpenter, Scully analizza una provetta presa dal laboratorio del Dott. Berube. I batteri in essa contenuti sono sospettati di essere di origine aliena.
      Mulder scopre un deposito contenente corpi umani sospesi in un liquido trasparente. Ma quando ritorna sul posto con Scully lo trova svuotato. Gola Profonda spiega che il Dott. Berube aveva fatto degli esperimenti con dei virus extraterrestri. Ha usato degli umani affetti da malattie terminali come cavie da laboratorio. L'esperimento è stato commissionato dal governo degli Stati Uniti, ma i funzionari sono interessati solo alla tecnologia che ne deriva e non a cosa diventeranno i pazienti. Uno di quei pazienti era il Dott. Secare, un amico del Dott. Berube. Quando è divenuto chiaro che il governo voleva eliminare Secare, Berube ha avvertito il suo amico e gli ha dato la sua macchina per scappare. Quando Secare è stato colpito dalla polizia, ha usato la mutazione a suo vantaggio e si è nascosto sotto il lago.
      Scully è sorpresa nel conoscere che il Dott.Carpenter è rimasto ucciso in un incidente d'auto. Poco dopo, Mulder localizza il Dott. Secare nascosto nell'attico di casa sua. I due vensono sorpresi da un ufficiale governativo che uccide Secare.
      Quando Mulder scompare, Scully si mette in contatto con Gola Profonda. Gola Profonda provvede affiché Scully abbia accesso ad una installazione top secret nel Maryland. Scully ruba un feto alieno, e con l'aiuto di Gola Profonda organizza uno scambio tra il feto e Mulder. Dopo che Gola Profonda fa effettuato lo scambio un agente governativo lo uccide.
      Più tardi, Scully viene a sapere da Mulder che il governo ha deciso di chiudere il progetto X-File.