Il futuro del progetto X-Files è messo in pericolo dopo che Mulder si è infiltrato segretamente in un'azione di copertura di un UFO crash.

Riassunto:
      Il Colonnello Calvin Henderson viene allertato dal Centro di Sorveglianza Spaziale delgli Stati Uniti dopo che il radar ha rintracciato un oggetto non identificato che cade da un'orbita e impatta a Townsend, Wisconsin.
      Mulder viene a conoscenza da Gola Profonda che Henderson è il principale esperto in recuperi dell'areonautica militare. Durante la Guerra Fredda Henderson è stato incaricato di prevenire che la tecnologia degli aerei americani abbattuti non cadesse in mani sovietiche. Ora, è a capo di una squadra di recupero disastri.
      Il governo definisce ufficialmente il luogo del disastro come area di quarantena, a causa di uno spargimento di un composto chimico tossico. Mulder strisciando supera le unità militari che proteggono l'area e fotografa il relitto, a lui visibile come una intensa luce blu. La sua presenza viene scoperta, e Henderson l'arresta.
      Mulder viene messo sotto la custodia di Scully. Lei lo avverte che quando McGrath è venuto a conoscenza del fatto che si è infiltrato nel luogo del disatro senza l'approvazione, ha raccomandato che venga presa in considerazione l'interruzione del progetto X-Files. Dopo ciò che ha sentito, Mulder insiste che gli deve essere data una chance per provare che effettivamente un UFO è precipitato a Townsend.
      Gli agenti scoprono di essere stati spiati da Max Fenig, un membro di un'organizzazione che segue le tracce di avvistamenti UFO. Egli dichiara di conoscere tutto di Mulder, Scully ed del progetto X-Files, avendo accesso ai file attraverso l'Atto della Libertà di Informazioni.
      Il veicolo ricreativo di Max è un'operatore di sorveglianza su ruote. Fa ascoltare a Mulder e a Scully una registrazione che ha intercettato alcuni istanti dopo che l'UFO è caduto, nella quale il vicesceriffo Jason Wright, che è stata la prima persona ad arrivare sulla scena dell'incidente, ha contattato via radio la squadra antincendio. Quando gli agenti incontrano la Sig.ra Wright per delle informazioni, rifiuta di parlare.
      Il dott. Jeffrey Oppenheim, che ha esaminato il vicesceriffo Wright, accetta di parlare con gli agenti. Egli ha esaminato i corpi di Wright e dei pompieri, tutti morti a causa di profonde scottature le quali non rientrano in nulla che lui abbia visto. Improvvisamente, i corpi di molti soldati vengono portati nei corridoi dell'ospedale, ciascuno presenta le stesse scottature descritte solo pochi istanti prima da Oppenheim. Preso alla sprovvista, Oppenheim si affida all'esperienza medica di Scully.
      Mulder aiuta Max mentre viene colto da un attacco. Max si scusa per l'episodio di epilessia, ma Mulder si accorge di una cicatrice a forma di diamante dietro all'orecchio di Max, una cicatrice che Mulder collega ai rapimenti alieni.
      Prima che Scully abbia la possibilità di esaminare Max, questi scompare dal suo veicolo. Gli agenti seguono le sue tracce fino d un negozio all'ingrosso, dove scoprono che Henderson ed i suoi uomini hanno circondato l'edificio. Prima che Mulder possa salvare Max, questi scompare in un accecante luce blu - vittima di un rapimento da parte di alieni.
      Facendo rapporto, Mulder difende la sua azione come non ortodossa, ma necessaria, dato che lo spargimento tossico era una copertura del governo. La decisione di McGrath di licenziare Mulder e terminare il progetto X-Files è annullata da Gola Profonda. Egli dice a McGrath che gli piace tenere i suoi amici vicino .... ed i suoi nemici rinchiusi.