Un collaudatore che potrebbe aver volato su velivoli di tecnologia aliena scompare, e Mulder e Scully devono sfidare il loro stesso governo per scoprire la verità.

Riassunto:
      Mulder e Scully indagano sulla strana scomparsa del Tenente Colonnello Robert Budahas, un pilota collaudatore militare che ha avuto un episodio psicotico ed è stato ricoverato in ospedale apparentemente per curarlo. Mulder sospetta che Budahas abbia incontrato lo stesso fato di sei altri piloti che sono misteriosamente svaniti dalla base Ellens Aerano mentre partecipavano ai voli di test di un aereo sperimentale. Mulder suggerisce a Scully che la scomparsa può essere classificata come paranormale e quindi ricadere negli "X-File".
      Mulder viene avvicinato da un uomo misterioso -- denominato "Gola Profonda" -- che gli consiglia di lasciar perdere l'indagine.
      Ma Mulder e Scully ignorano il consiglio ed interrogano la Sig.ra Budahas, che descrive il comportamento imprevedibile del marito, strane eruzioni cutanee della pelle e l'avversione a discutere di questo lavoro sui progetti militari top secret.
      Gli agenti teorizzano che i piloti potrebbero essere stati associati al Progetto Aurora, un nome in codice dato ai test segreti del Pentagono per una navicella spia sub-orbitale. Aiutati dai suggerimenti del reporter Paul Mossinger e di Ladonna, gli agenti si appostano vicino ad un recinto che delimmita l'area della base. Quella notte, Mulder e Scully vedono con stupore come due oggetti brillanti scivolassero nel cielo notturno manovrando ad un'incredibile velocità.
      Gli agenti si danno all'inseguimento quando due adolescenti, Emil e Zoe, vengono scoperti arrampicarsi attraverso un buco dal lato opposto del recinto. Ma i cacciatori divengono prede quando un elicottero dalla base cala sul gruppo. Il quartetto scappa, ritirandosi in un ristorante dove Zoe ed Emil raccontano le loro osservazioni sullo spettacolo di luce. Mulder dice ad una incredula Scully che i militari possono volare con aerei costruiti usando della tecnologia proveniente da un UFO.
      La Sig.ra Budahas telefona agli agenti al loro albergo quando suo marito improvvisamente riappare. Ma il Tenente Colonnello non ricorda nessun dettaglio che abbia a che fare col suo passato e i militari.
      Mulder dice a Scully che crede che la memoria di Budahas sia stata prosciugata in qualche modo, e che lui -- come gli altri piloti mancanti che hanno pilotato l'aereo misterioso -- è psicologicamente incapace di trattare lo stress ricevuto durante i voli.
      Gli agenti vengono avvicinati da uomini che recuisiscono le loro prove e gli ordinano di lasciare la città. Ma Mulder ritorna alla base, ed usa Emil e Zoe come guide, si arrampica attraverso il buco nel recinto. Solo nella base, Mulder viene scoperto da un UFO e viene fatto prigioniero dalla sicurezza della base che arriva improvvisamente. Viene quindi calmato e "curato" da delle misteriose figure che sembrano dottori.
      Scully viene attaccata da Mossinger, che scopre aver lavorato per i militari fin dal principio. Scully lo sconfigge e lo prende come ostaggio tenendolo sotto tiro. Usa Mossinger per trovare Mulder e quando scopre che è tenuto in custodia dai militari scambia Mossinger in cambio di Mulder. Ma quando le viene consegnato, è incapace di ricordare il suo incontro con l'ufo o quello che gli è accaduto durante la sua permanenza nella base a causa del trattamento a cui lo hanno sottoposto. Tornati a Washington, Mulder viene avvicinato nuovamente da Gola Profonda mentre fa footing. Gola profonda avverte Mulder che gli agenti hanno scelto un percorso molto pericoloso e che le loro vite sono in pericolo ora che conoscono la verità dell'esistenza di vita extraterrestre.