Occupa un vasto rosso edificio sorto nel 1585 come caserma di cavalleria, trasformato quindi a sede dell'Università (1616-1777) e adattato poi a museo per volere di Carlo di Borbone, che vi trasferì la collezione Farnese toccatagli in eredità e le opere rinvenute a Ercolano ed a Pompei. Il museo, uno dei più importanti del mondo, offre con le sue ricche collezioni di scultura, pittura, mosaici e di oggetti vari, un quadro mirabile della civiltà antica greco-romana nei suoi vari aspetti. Da notare in particolare, tra le sculture: rilievo con Orfeo, Euridice ed Ermete, replica di età augustea di un originale di scuola fidiaca; Doriforo (portatore di lancia), la migliore replica del capolavoro in bronzo di Policleto (450 a.C.); Toro Farnese, colossale gruppo marmoreo (il più grande giuntoci dall'antichità, alto circa 4 m.), copia del II - III secolo di un'opera di Apollonio e Taurisco di Tralles, riproducente il supplizio di Dirce. È presente anche la collezione dei mosaici di Pompei, la più preziosa e compiuta del genere. In particolare da ammirare il celebre mosaico rappresentante la battaglia di Alessandro contro Dario a Isso, unico per valore storico e artistico e per le dimensioni. Nelle collezioni delle pitture sono presenti dipinti murali di Pompei, Ercolano e Stabia risalenti al I secolo a.C. - I secolo d.C., tra cui si noti in particolare Paquito Proculo e sua moglie, magnifici ritratti realistici. Tra i gioielli presenti, di particolare bellezza è la tazza Farnese, in sardonica, di arte alessandrina, uno dei più grandi cammei che si conoscono. Sono presenti anche collezioni di piccoli bronzi e di vasi.