Mentre le indagini sull'incidente aereo continuano ... Mulder è messo sotto arresto militare dopo la scoperta dell'esistenza di un sito dove è caduto un ufo e Scully piange la perdita del collega.

Riassunto:
      Come visto nell'episodio precedente, Mulder, vestito da sommozzatore, ispeziona (quello che sembra essere) il relitto di un UFO nelle profondità delle scure acque del lago Great Sacandaga nel nord dello stato di New York. Un luminoso raggio di luce penetra l'oscurità, illuminando l'agente. La fonte della luce si rivela essere una squadra di uomini rana, acommpagnati da un mezzo anfibio equipaggiato con grandi proiettori. Mulder tenta la fuga, ma viene messo sotto arresto militare.
      Garrett ferito scappa dal Pub. Scully pone immediatamente la sua attenzione all' Agente Pendrell, che è stato ferito nello scontro a fuoco. Dei paramedichi che sono stati chiamati arrivano sulla scena e Pendrell viene trasportato a un vicino ospedale. Skinner dice a Scully che Luois Frish è stato messo sotto arresto militare (per sospetto di assassinio e di falsa testimonianza in un'indagine federale). Mulder viene rilasciato dalla prigione. L'aeronautica militare asserisce che il volo 549 è entrato in collisione con aereo militare da combattimento, mentre Frish ed il suo collega hanno valutato erroneamente ciò che è successo. Basandosi sul relitto che ha visto nelle profondità del lago Sacandaga, Mulder crede che il volo 549 si sia invece scontrato con un UFO (dopo che questo era stato colpito dall'aereo militare da combattimento). Scully dice a Mulder che a causa delle ferite riportate l'agente Pendrell è morto. Mulder le esprime tutta la sua compassione. L'archivio rivela che Sharon Graffia non è la sorella di Max Fenig, ma un ingegnere aeronautico disoccupato e che è stata ricoverata in istituti di salute mentale (dove ha incontrato Fenig). Gli agenti cercano la casa mobile di Fenig. Scoprono un registrazione nella quale Fenig afferma i militari hanno salvato della tecnologia aliena per usarla nei loro progetti. Sostiene di avere una innegabile e irrefutabile prova a sostegno della sua asserzione.
      Mulder descrive a Mike Millar la sequenza di eventi che (crede) ha condotto all'abbattimento del volo 549. Secondo Mulder Max salì a bordo dell'aereo portando con se una prova fisica dell'esistenza di vita extraterrestre. Qualcuno l'ha seguito a bordo dell'aereo, con l'intenzione di ottenere l'oggetto a qualunque costo. Ma prima che l'assassino possa eseguire il suo progetto, il volo 549 viene intercettato da un UFO. Come l'UFO ha cominciato a rapire Fenig, i controllori di volo avvistarono un aereo militare nello spazio aereo del volo 549 che aveva l'ordine di distruggere il velivolo alieno. Quando l'aeronautica militare abbattè l'UFO, l'aereo di linea, afferrato dal suo "raggio trattore," è andato fuori controllo ed è precipitato.
      Il direttore del parcheggio per roulotte dove Fenig viveva dà a Mulder la posta giacente di Fenig. Una busta contiene un biglietto per il ritiro bagagli che ha una designazione di tre lettere per Syracuse. Nel frattempo, Scully si incontra con Sharon Graffia in un centro di salute mentale. Ammette che rubò un oggetto dal suo datore di lavoro dopo che Max ha insistito che ciò potrebbe provare l'esistenza di una forma di vita aliena. L'oggetto è stato diviso in tre parti. Max e Sharon ne avevano preso un pezzo ciascuno, ma sono stati sucessivamente confiscati.
      Mulder trova il terzo pezzo nel bagaglio di Fenig all'areoporto di Syracuse. Prende un volo per Washington, ma è seguito da Garrett (l'agente che ha ucciso Pendrell). Mulder ottiene la meglio su Garrett e lo confina nel bagno dell'aereo. Telefona a Scully e le dice di incontrarlo all'aeroporto di Dulles. Improvvisamente, Mulder vede che il suo orologio da polso si è fermato. Un UFO intercetta l'aereo e, durante la confusione, Garrett scappa dal gabinetto. Afferra lo zaino che contiene il terzo pezzo dell'oggetto alieno rubato. Una luce abbagliante proveniente dall'UFO sommerge l'aereo, Mulder ordina a Garrett di lasciar cadere la borsa. Ma Garrett rifiuta. Quando l'aereo atterra all'areoporto di Dulles, Garrett non è più a bordo dell'aereo. Mulder dice a Skinner che Garrett "ha preso una coincidenza".