Un sicario russo viene richiamato in servizio per cancellare tutti i collegamenti a esperimenti americani che coinvolgono il misterioso "cancro nero".

Riassunto:
      A Tunguska Mulder ha superato la prova per ora, ma viene tenuto ancora prigioniero in un Gulag Siberiano. Il prigioniero della cella accanto gli spiega che a tutti gli uomini nel campo è stato iniettato il "cancro nero" finché la tossina finalmente non li uccide. La fuga è impossibile. La resistenza è inutile. Mulder giura che sopravviverà, abbastanza a lungo almeno da uccidere Krycek. Entusiasmato dalla volontà di Mulder di sopravvivere, il prigioniero dà il suo coltello fatto in casa a Mulder. A Washington, il dott. Sacks è vivo dopo essere stato infettato dai vermi neri della roccia che è stata recuperata nella borsa diplomatica, benché sia in coma. Per Scully e l'Agente Pendrell, il mistero medico comincia a districarsi quando gli esami rivelano un organismo nero vermiforme attaccato alla ghiandola pineale nel suo cervello.
      San Pietroburgo. Un ex killer del KGB, Vassily Peskow, viene richiamato in servizio quando un messaggero della "Camerata Arntzen" richieste il suo aiuto, e gli dice che la Guerra Fredda non è finita. Peskow si dirige verso una fattoria di cavalli che appartiene all'Uomo Distinto dove uccide il dott. Bonita Chung-Sayre, una nota autorità sui virus e medico personale dell'Uomo Distinto.
      Dovendo testimoniare davanti ad una sottocommissione senatoriale, Skinner torchia una riluttante Scully per avere ulteriori informazioni sulla borsa ed i suoi contenuti. Skinner la sorprende con le sue notizie: il destinatario finale della borsa era il dott. Chung-Sayre, che è rimasto ucciso in un "incidente a cavallo."
      Tunguska. I prigionieri, Mulder incluso, sono in marcia. Vicino, Krycek se la ride assieme ai tormentatori di Mulder. La vista sprona Mulder ad agire. Armato del solo coltello, Mulder ruba un malandato autocarro e fugge, colpisce Krycek nel cassone dell'autocarro e lo porta con sè nella fuga. L'inseguimento finisce quando i freni dell'autocarro cedono. Krycek se la svigna prima dell'incidente, ma Mulder rimane intrappolato all'interno. Krycek fugge attraverso i boschi dove incappa in un gruppo di uomini - ognuno dei quali è senza il braccio sinistro. Krycek dice loro di essere un prigioniero fuggito, e gli uomini lo prendono con loro. Nel frattempo, Mulder è sopravvivuto all'incidente e si nasconde nella foresta dai suoi inseguitori.
      A Washington Scully viene incarcerato per oltraggio al Congresso quando rifiuta di rivelare dove si trovi Mulder alla sottocommissione senatoriale. Come spiega a Skinner, qualcuno con un'agenda segreta sta deliberatamente offuscando il caso: focalizzando l'attenzione su un agente dell'FBI scomparso, piuttosto che sull'esistenza di un un pericolo biologico tossico di origine extraterrestre e le morti di quelli a lui collegati.
      Mulder viene scoperto nascosto nei boschi da una famiglia, che gli spiega che il solo modo per salvare dai fatali esperimenti gli abitanti del villaggio è drastico: l'amputazione del braccio sinistro. Mulder deve persuaderli a portarlo a San Pietroburgo, o possono amputargli il braccio per "salvarlo." Sfortunatamente per Krycek, i suoi salvatori lo "salvano" mentre dorme.
      Peskow continua la sua missione, facendo visita al dott. Sacks ancora in coma e gli inietta lo stesso fluido ambrato che era stato iniettato in Mulder nel Gulag. I vermi emergono, e lui uccide Sacks. All'udizione del Senato, Scully viene quasi incolpata di nuovo di oltraggio ... quando Mulder appare, col braccio intatto. La presenza di Mulder riporta l'attenzione sulla roccia e sulla biotossina, ma quando Scully cerca di portare la conversazione sull'origine extraterrestre della biotossina, lei afferma di non essere presa seriamente. Mulder interrompe l'audizione, sfidando lo scetticismo dei Senatori dicendo che anche gli scienziati più conservatori ed i giornali scientifici hanno ogni ragione di credere che esista vita al di fuori della nostra sfera terrestre. Prendendo atto dall'asserzione di Mulder, il presidente del sottocommissione improvvisamente aggiorna la seduta, proclamando una sospensione finché le prove non saranno adeguatamente valutate.
      Seguendo la pista che il dott. Chung-Sayre era il medico supervisore presso una casa di cura a Boca Raton, Mulder e Scully vanno in Florida ad indagare. Lei e Mulder arrivano troppo tardi. Peskow ha già avvelenato tutti i pazienti ed i vermi neri sono usciti dai loro corpi deceduti. Mulder comprende che un esperimento simile a quello che viene condotto in Russia era stato condotto in questa casa di cura. Ancora decisi a scoprire una traccia dimenticata, Mulder e Scully vanno a New York dove interrogano il capo del gruppo militare per cui lavorava Krycek. Il membro della milizia dice loro che Krycek ha detto loro che il suo nome era Arntzen, e che è stato Krycek a mettersi in contatto con loro. Tutto ciò che Krycek gli ha detto era falso. Vengono a sapere inoltre che il governo degli Stati Uniti ha nascosto di sapere che il "cancro nero" sviluppato dai russi è stato adoperato da Saddam durante la Guerra del Golfo. Mulder ora crede che l'intera faccenda sia stata fin dall'inizio costruita da qualcuno che non vuole la roccia in mani americane. Finalmente, scopre dove Krycek ha nascosto un'altra roccia: Terma, Nord Dakota, nell'autocarro rubato che trasportava la bomba della Milizia.
      Di nuovo, Peskow è un passo avanti a Mulder e Scully. Guida l'autocarro ad una raffineria di petrolio canadese, con l'intenzione di distruggere la roccia rimanente. Mulder e Scully arrivano troppo tardi per impedire a Peskow di scatenare un'esplosione che sommerge l'ultimo pezzo di prova. Entrambi riescono appena a salvare le loro vite.
      Il rapporto finale sulle loro indagini viene dato alla sottocommissione senatoriale, ma invano. L'Uomo che Fuma controlla il Senatore che presiede il comitato. A San Pietroburgo Peskow ritorna a casa e trova Krycek, che mostra una protesi al braccio sinistro, ed encomia Peskow per un lavoro ben fatto.