Quando Scully scava più in profondità nei rapoporti riguardanti la fertilizzazioni di umani da parte degli alieni, comincia a interrogarsi sulla sua gravidanza e il relativo concepimento.

Riassunto:
      Kath McCready, che è incinta, si sta preparando. Sta sudando nella sala parto mentre Duffy Haskell le da una mano con la respirazione. "Sei in buone mani ora," dice. Il battito del bambino è insolitamente alto, ed il dottore dichiara un'emergenza per il cesareo. Quando Haskell esce per lavarsi le mani per l'operazione, un'infermiera lo chiude fuori dalla sala parto. Attraverso l'appannamento indotto dall'anestesia, McCready riesce a vedere appena il bambino che sta partorendo. E' un alieno.
      Nel suo appartamento Scully guarda la propria ecografia e accarezza la crescente pancia. Più tardi, si reca in ufficio e trova Doggett che parla con Duffy Haskell. L'uomo aveva contattato Mulder otto anni prima circa sua moglie, che ora è morto. "L'hanno uccisa," dice agli agenti. Afferma che Kath era un rapito multiplo, e gli alieni avevano compiuto dei test su di lei che le avevano procurato il cancro. Benchè sia successivamente guarita, era rimasta sterile. Le è stato impiantata successivamente un embrione e ha dato alla luce un alieno. Tutti i dottori che erano coinvolti nel progetto hanno assassinato Kath ed hanno rubato il suo bambino alieno perché era una prova. Benchè la storia faccia suonare un campanello di allarme in Scully, lei congeda Haskell. Doggett dice che la sua storia sembra simile al caso di Scully, "a parte la gravidanza." Uscendo dall'ufficio, intima a Doggett di stare fuori dai suoi file personali. La testa di Scully è piena di paura e confusione quando entra nell'ascensore. Ripensa ad una conversazione precedente con Mulder dove ha ammesso che non era pronta ad accettare il fatto che non avrà mai dei bambini. "C'è qualcosa che non ti ho detto," confessa Mulder. Ammette di avere trovato le sua uova in un laboratorio (vedi episodio 4X15 Memento Mori \ Il gene del male) e di averle portate poi da un specialista, che gli ha detto che non erano più vitali. Ancora nell'elevatore, Scully si sveglia dai suoi sogni ad occhi aperti e trova Doggett che la guarda. Gli dice che non c'è nulla a che fare con il caso Haskell.
      Scully vaga tra gli interni rigidamente bianchi della Zeus Genetics a Germantown, MD cercando qualcuno che l'assista. Improvvisamente sente delle urla da un ambulatorio. E' una donna che grida per avere un'altra opinione. Scully si infila in una porta per evitare di essere scoperta a spiare, e si ritrova in una stanza con una serie di vasi. I vasi contengono dei feti deformi. Il dott. Lev la spaventa entrando, e lei gli dice di essere preoccupata per una sua amica. "Sei qui con la Sig.ra Hendershot?" chiede, accompagnandola fuori dalla stanza. Scully torna di corsa al suo appartamento per chiamare il suo ginecologo, il dott. Parenti. Gli chiede di confrontare la sua ecografia con quella che gli ha fornito Duffy Haskell. Parenti la rassicura che entrambe le ecografie sono regolari e riattacca, ma Parenti si trova nella stanza dei feti alla Zeus Genetics. Egli sta esaminando un piccolo cadavere alieno su un tavola per dissezzioni. E' il bambino che Kath McCready ha dato alla luce.
      In un flashback all'anno precedente: Nella sua sala d'attesa, il dott. Parenti notifica a Scully che le sue uova possono essere usate con successo per avere una gravidanza. Le chiede se ha qualcuno in mente come donatore, e Scully accenna affermativamente col capo, dicendo che deve trovare il modo per chiederglielo. Scully siede nella stessa sala d'attesa, nel presente. Dopo averle mostrato una serie di immagini, il dott. Parenti conferma che entrambe le sue ecografie come quelle di Haskell risultano normali. Tuttavia le consiglia di far sapere all'FBI la sua condizione. Quando Scully ritorna in ufficio, Doggett le dice che l'ufficio del dott. Parenti ha chiamato circa delle ecografie che aveva consegnato, e che Parenti era il dottore che aveva consultato Duffy Haskell. Doggett interroga Scully sulle indagini riguardanti il caso Haskell dato che gli aveva specificamente detto di non fare nulla. Più tardi, Skinner e Doggett interrogano Haskell circa le sue lettere minatorie verso i dottori. Egli dice che loro hanno rubato il bambino di Kath. Gli agenti lo avvertono di tenere per se le minacce, ed Haskell ribatte "ci sono altre donne là fuori, proprio come Kath." Haskell li lascia e telefona al dott Lev presso la Zeus Genetics, rivelando che anche lui è coinvolto nella cospirazione. Riguardo alla sig.ra Hendershot il dottore dice a Haskell "è ora di lasciarla andare."
      Scully ritorna nel suo appartamento e ricorda un'altra discussione avuta con Mulder l'anno precedente. E' nervosamente goffa quando arriva alla sua porta con una risposta per la sua richiesta. "Non avrei mai pensato ad una cosa del genere tra noi," dice Mulder, in risposta alla sua richiesta di essere il donatore dello sperma. "Ma la risposta è sì." Scully piange dalla gioia e l'abbraccia. Scully ritorna al presente, quando bussano alla sua porta. E' una sconvolta Mary Hendershot scappata dalla clinica genetica. "Il mio bambino è in pericolo," dice. "ed anche il tuo."
      Doggett entra in un diner del centro di Washington alle 3:33 dove c'è Skinner e Scully che lo aspettano. Scully ha chiesto un permesso di aspettativa dall'FBI, ma rimane criptica sulle ragioni. ferito per la mancanza di rispetto, Doggett si alza, dicendo di getto "Goccia io una linea se ottieni un caso." Mary Hendershot è seduta sul sedile anteriore dell'auto di Scully, ma né Skinner nè Doggett sanno chi sia. Le donne si recano al Walden-Freedman Research Center ed incontrano la dott.ssa Miryum. Scully spiega che la vita della sig.ra Hendershot può essere in pericolo e che crede che questo bambino non sia il suo. La data del concepimento del bambino della sig.ra Hendershot non ha riscontri ed è sicura che la sua gravidanza sia stata causata da un rapimento. La dott.ssa Miryum compie un ecografia a Scully e conferma che il suo bambino è normale e sano, ma per essere sicura suggerisce un'amniocentesi.
      Nel frattempo, Doggett viene a sapere che Duffy Haskell è stato ucciso con un nome diverso ed è stato seppellito come Marine nel 1970. Presume che Haskell stia in realtà lavorando per una cospirazione segreta ed incontra un vecchio amico, Knowle Rohrer, per parlare dell'identità di Haskell. Benchè il lavoro di Rohrer non venga svelato, questi assicura Doggett che non c'è nessuna cospirazione e che guarderà più in dettaglio nei files di Haskell.
      La dott.ssa Miryum preleva del liquido amniotico, ma avverte Scully di non strapazzarsi. Dopo che la dottoressa ha lasciato la stanza, Scully nota che la sua ecografia è recuperata da un VCR. Rimuove la cassetta e comprende di aver visto il feto di qualcun'altro. Scully va nella stanza della sig.ra Hendershot, tenendo una mano sulla ferita sul suo stomaco fatta dall'ago per amniocentesi. "Devo portarti fuori di qui," le dice, mettendo in pericolo la vita del bambino e della stessa donna.
      Quella stessa notte, Doggett corre all'FBI, esigendo da Skinner dove si trova Scully. Crede che possa essere in pericolo, dato che Haskell non può essere ritenuto degno di fiducia. Scully e la sig.ra Hendershot scappa dal centro ricerche e si imbattono proprio in Knowle Rohrer, che afferma di essere stato mandato da Doggett. Una squadra di uomini armati descritti come esperti medici da campo mettono le donne su un fuoristrada nero. Quando le auto della polizia intercettano l'auto, questi devia su una strada tra i boschi. Improvvisamente, la sig.ra Hendershot va in travaglio, e Scully ordina di fermare l'auto così da non mettere in pericolo la vita della donna incinta. Mentre gli uomini si occupano della sig.ra Hendershot, Rohrer da un sadativo a Scully per evitare che assista alla nascita. mentre sta svenendo, sente il pianto distorto di un bambino alieno.
      Scully si sveglia la mattina successiva in una camera d'ospedale. Doggett è al suo fianco, la rassicura che lei ed il suo bambino è sono entrambi sani. Le dice anche che Mary Hendershot sta bene e ha dato alla luce bambino normale. Scully sostiene che gli uomini hanno scambiato i bambini, ma Doggett pensa abbia avuto una reazione eccessiva a tutto. Il nastro con la sua ecografia che le hanno mostrato è stato registrato sopra una vecchia cassetta, e gli uomini di Rohrer dicono che le hanno salvato la vita. Scully insiste che, dal momento in cui Duffy Haskell è entrato nel loro ufficio, era tutto programmato per ottenere il bambino di Mary Hendershot e nascondere la cosa. Doggett le chiede perchè non gli ha rivelato la sua gravidanza, e Scully di malavoglia risponde che aveva paura che l'FBI le avrebbe portato via gli X-files. "Quindi non avrei potuto trovare Mulder," dice. Doggett la conforta, e le promette che l'aiuterà a cercare Mulder.
      Scully ripensa di nuovo all'anno precedente, quando trova Mulder nel suo appartamento. Gli dice che l'inseminazione artificiale - la sua ultima chance di rimanere incinta - non ha funzionato. "Non smettere di sperare in un miracolo," dice Mulder, e la bacia dolcemente sulla fronte.