Un'indagine segreta di Mulder e Doggett li conduce a delle nuove prove sulla natura della gravidanza di Scully e sulla congiura contro il suo bambino non ancora nato.

Riassunto:
      La Sig.ra Scully sta mettendo delle decorazioni nell'appartamento di Scully per preparare il bagnetto del bambino. Importuna la reticente figlia circa il fatto se sarà un bambino o una bambina. Tuttavia la Sig.ra Scully ha una sorpresa per lei - ha assunto Lizzy Gill, un infermiera per bambini, per aiutare la riluttante Scully. Durante la festa Lizzy va nel bagno, inosservata. Apre una delle boccette prescritte a Scully e getta il suo contenuto giù dalla toilet. Quindi estrae un pacchetto di pillole dalla sua tasca e le versa nella bottiglia.
      Il dott. Lev (visto nell'episodio 8x13 Per Manum) lavora fino a tarda notte nel laboratorio della Zeus Genetics, ha tra le mani un bambino alieno quando Billy Miles (visto nell'episodio 8x15 DeadAlive) entra. "Il tuo lavoro qui è terminato," dice Billy. Decapita il dottore con la mano e dà fuoco al corpo. Il giorno successivo, Doggett è casa quando Mulder gli fa una visita a sorpresa. Mostra a Doggett una notizia al telegiornale riguardante un incendio alla Zeus Genetics. Mulder crede che qualcuno stia coprendo qualunque cosa accadesse in quel laboratorio, e Doggett manda l'agente Crane a setacciare la cenere della scena del crimine. La sola persona non rintracciata è il dott. Lev, un collega del dott. Parenti alla Zeus, il precedente ginecologo di Scully. Mulder e Doggett irrompono nell'ufficio di Parenti e vengono sorpresi nel vedere il dottore là. Quando Doggett trova dei scaffali di vasi con feti anormali, Mulder accusa il dottore di fare degli esperimenti con degli embrioni alieni.
      Lizzy Gill lascia l'appartamento di Scully e sale sull'auto di Duffy Haskell, che si era visto nell'episodio 8x13 Per Manum far parte della cospirazione riguardante l'impianto di feti alieni nelle donne rapite. "Penso che si fidi di me," gli dice Lizzy. Nel suo ufficio il dott. Parenti imballa i vasi quando sente qualcuno entrare. E' Billy Miles. Parenti gli dice che l'ufficio è chiuso. "Sì, lo è," dice Billy con calma. Mulder e Doggett si introducono nell'ufficio di Parenti nel mezzo della notte, sospettando qualcosa di brutto quando il dottore non ha risposto alle loro chiamate. Tra i feti Doggett trova la testa del dott. Parenti in un vaso. Improvvisamente, Billy Miles sorprende Mulder e lo getta attraverso una finestra di vetro. Doggett, vede le vertebre aliene su Billy, gli spara ma Billy fugge. Più tardi, Scully si occupa della testa ferite di Mulder nel suo appartamento. Cerca di spiegarle che Billy è stato trasformato in un alieno, ma che a lui è stato in qualche modo impedito di diventarlo grazie alle cure di Scully all'ospedale. Tuttavia Billy non è un alieno ordinario, perché Doggett ha visto del sangue rosso quando lo ha colpito. Mulder stabilisce che Billy ora è un ibrido, e teme per l'incolumità del bambino di Scully. Lizzy, sente per caso la loro conversazione e telefoni a Duffy. Duffy, però, è faccia a faccia con Billy Miles, e l'alieno taglia la testa di Duffy con un pulito taglio della sua mano.
      Il corpo di Duffy viene trovato in un installazione medica illegale usata per clonare. Là, Skinner rinviene una cartella prenatale su Scully, mentre era sotto le cure del dott. Lev e del dott. Parenti. Skinner porta in disparte Mulder e gli chiede della natura del concepimento di Scully, ma Mulder, sorprendentemente, non ha alcuna risposta. Mulder chiama Scully e le dice è importante che la veda immediatamente riguardo a delle interferenze con la sua gravidanza. Tuttavia sente un rumore nel suo appartamento e sorprende Lizzy armeggiare con la sua bottiglietta di medicinali. "Chi sei tu?" chiede. Più tardi, dopo un controllo generale, il dottore assicura Scully che le pillole che aveva preso erano solo degli innocui integratori di vitamine. Doggett interroga Lizzy, che gli racconta di come abbia lavorato come ricercatrice sulla clonazione umana. La sua squadra di ricerca era riuscita a far nascere un ovulo alieno in una madre umana. Mulder è oltraggiato. "Che cosa hai fatto a Scully?" grida. Lizzy dice loro che non c'è nulla di strano nel bambino di Scully. Infatti è perfettamente umano, ed aveva cercato di proteggerlo. L'agente Crane informa Doggett che Billy Miles ha telefonato per consegnarsi.
      Una squadra SWAT irrompe nell'ufficio del dott. Parenti, ma Billy non è là. Sentendo il pericolo, Mulder ordina a Scully di preparare rapidamente le valigie e lasciare il suo appartamento. Doggett chiama con la notizia della scomparsa di Billy, e misteriosamente, nell'appartamento di Scully le luci si spengono. Billy manca Mulder e Scully mentre fuggono. La loro macchina, però, è bloccata, e Billy Miles che si avvicina li sta per intrappolare. Improvvisamente, un'altra macchina spunta fuori dal nulla e investe Billy. Mulder e Scully guardano in colpo come il conducente -Krycek - gli ordina di salire. Billy Miles si rialza, incolume, e guarda la macchina che se ne va a tutta velocità. All'FBI Krycek informa gli agenti riuniti che gli alieni hanno paura del bambino di Scully perché è più grande di loro. Doggett diffida di Krycek e chiama l'agente Monica Reyes, che vola a Washington, per aiutarlo. Skinner e Mulder portano Scully nell'ascensore, ma mentre si avvicinano al garage, Doggett li chiama per dirgli che Billy Miles è laggiù. Riportano Scully nell'ascensore, e Billy sale per le scale. Krycek prende Scully mentre Skinner e Mulder procede con l'ascensore, inseguiti da Billy. Doggett mette Scully in una macchina assieme con la Reyes. Sul tetto Billy sta per colpire Skinner quando Mulder venendo da dietro spinge Billy giù dal tetto. Billy atterra in un camion dell'immondizia ed il suo compattatore lo schiaccia. Mentre Scully e Reyes si lanciano fuori dal garage, l'agente Crane le blocca la strada. Guarda mentre il camion dell'immondizia li libera da Billy, e quindi lascia andare le donne in salvo. Non vedono che anche l'agente Crane ha le vertebre aliene sul suo collo.

      Continua ...