Scully e Doggett corrono a contrastare un contagio che sta incubando nei tunnel della metropolitana di Boston.

Riassunto:
      Un uomo aspetta da solo alla fermata della metropolitana di Clay Street a Boston. E' un poliziotto in incognito che, parola in un microfono sul suo risvolto, descrive un teppista che ha saltato il cancelletto rotante. Il treno arriva, e il poliziotto sale in una carrozza vuota che quindi si dirige in un tunnel. Il teppista entra in un'altra carrozza. Improvvisamente, il treno sbanda e si ferma repentinamente e perde potenza. Impulsi di luce brillante riempiono la carrozza, ed si sente il grido di un uomo. Il teppista salta giù sulla rotaia e fugge nel tunnel. Alla successiva fermata i passeggeri entranti vedono il corpo dell'ufficiale sul pavimento della carrozza. Enormi pezzi della sua faccia e del suo corpo sono stati mangiati, rivelando porzioni di cranio e scheletro.
      Al Centro Operazioni di Transito di Boston, Scully e Doggett parlano con il vice capo della polizia ferroviaria Karras, che vuole riaprire la linea in tempo per l'ora di punta del pomeriggio. Scully insiste per tener chiusa la linea fino a che non sia stata determinata la causa della morte dell'uomo. Armato e con indosso una giacca militare, Doggett procede nel tunnel, assieme al tenente della polizia Bianco, l'esperta del Centro per il Controllo Malattie patogene Hellura Lyle ed all'ingegnere di transito Steven Melnick. Scully, dirige la spedizione dalla sala controllo, comunicando con Doggett via radio e video camera. Mentre si avventurano nel tunnel, lo trovano stranamente caldo dato che la ventilazione è stata spenta. Improvvisamente, Melnick grida, ed indica una scottatura sul suo collo. La dott. Lyle fa un'analisi di un campione di una pozza che il gruppo aveva appena passato, ma trova che il liquido è solo acqua di mare.
      Nell'oscurità il tenente Bianco vede una figura muoversi. Doggett la insegue fin dentro un tunnel inutilizzato e obsoleto, e viene attaccato da un uomo con orribili segni di deperimento. L'uomo è il teppista che prima era corso via nei tunnel. Il tenente Bianco è pronto a terminare la ricerca quando Melnick trova tre corpi avvolti in sacchi di plastica. La dott. Lyle vede un'ombra correre via, ma, dopo un'indagine, la squadra non è riuscita a trovare nessuno. Scully, che crede che ci sia ancora il rischio di contagio, li dirige a lasciare i corpi e a continuare nel tunnel principale. Melnick grida di nuovo, questo volta con scottature sugli arti e sulle mani. Scully gli ordina di versare dell'acqua fresca su Melnick dalle loro borracce. Ipotizza che stiano fronteggiando un qualche tipo di agente bio-chimico. Mentre la dott. Lyle sta con Melnick, Doggett e Bianco si dirigono in un tunnel laterale. Nessuno nota che la mano del tenente Bianco luccica debolmente di verde. Scully incontra la squadra di recupero mentre portano fuori la dott.ssa Lyle, il deperito Melnick e le tre vittime. Ordina che i loro corpi vengano portati al CDC ed accusa Karras di aver occultato i corpi che sapeva essere laggiù.
      Doggett e Bianco camminano a fatica nel tunnel successivo. La faccia e le mani di Bianco cominciano a brillare di verde, ma questo non ha alcun altro effetto su di lui. Bianco cerca di andarsene, ma Doggett punta la sua arma su di lui. Bianco gli da un calcio in faccia, mandando Doggett ko, e fugge. Doggett ora ha la luminescenza verde sulla sua pelle. Scully, nel frattempo, riceve una visita della Dott. Kai Bowe, un biologo marino. Ha analizzato l'acqua dal tunnel, e ha trovato che contiene una creatura marittima, chiamata medusa, il che spiega perchè il CDC non ha trovato nulla quando hanno analizzato il liquido. La medusa riluce di bioelectricità, ma non brucia la gente al contatto. Qualcosa l'ha scatenata. Scully teme il peggio per il suo partner.
      Doggett si sveglia e parla a Scully via radio. Se lui vuole fermare l'espansione del contagio, deve trovare il tenente Bianco. Karras dice a Scully che ha riaperto la metropolitana e che ci sono già dei passeggeri alla fermata. Diviene ora urgente proteggere le migliaia di passeggeri. Doggett localizza Bianco, che giace nel tunnel. Scully dice a Doggett di andar fuori, ma Bianco lo supplica di restare. Doggett aiuta Bianco a cammina, e vedono l'ombra di un bambino. Il ragazzo, che non è soggetto al contagio, indica un muro. Scully scopre che il sudore scatena l'elettricità. Dato che le ghiandole del sudore del ragazzo non sono sviluppate pienamente, non è stato affetto. Il ragazzo indica a Doggett una grossa crepa nel soffitto da cui filtra l'acqua dalla baia. Lo conduce a un trattp principale, dove stanno per passare i treni provenienti dal tratto riaperto. Doggett si trova di fronte alla motrice di un treno che si dirige verso di lui. Mette l'arma di Bianco sulla terza rotaia, che genera una scintilla quando il treno la colpisce. L'elettricità entra nelle pozze di acqua di mare, uccidendo le meduse. Queste spariscono dalla pelle di Doggett e di Bianco.
      Doggett viene più tardi portato all'Ospedale Generale di Boston. Scully gli dice che è libero dall'organismo e che sta perfettamente. Il ragazzo è con i servizi sociali. Dei chirurghi plastici lavorano su Melnick e Bianco, ed le tre vittime sono attribuite ad un patogeno ignoto. Dal momento che non ci sono prove del fatto che Karras abbia messo in pericolo le vite della gente, non può essere incriminato per aver mantenuto la linea aperta. Faceva soltanto il suo lavoro. Scully si congratula con Doggett per aver salvato la vita di tutte quelle persone. "Tu le hai salvate," le dice lui. "Io ero solamente i tuoi occhi e le tue orecchie."