Con le fazioni aliene alla caccia, Mulder e gli agenti corrono a salvaguardare la nascita del bambino di Scully.

Riassunto:
      Un patologo viene chiamato a tarda notte per esaminare il corpo deforme di Billy Miles (schiacciato nel camion dell'immondizia nell'episodio 8X20 Essence). Il dottore estrae dai resti un pezzo di vertebra metallica e, pensando che sia probabilmente della spazzatura, la appoggia su un carrello da laboratorio vicino. Lascia la stanza pensando di contunuare l'autopsia di mattina. Il metallo magicamente comincia a girare sul carrello e riproduce se stesso, crescendo progressivamente.
      All'FBI Mulder mostra la foto di un video di un sano e rigenerato Billy Miles che esce dell'obitorio la notte precedente. Krycek spiega a Skinner e a Doggett che Billy è un sostituto dell'uomo - un nuovo genere di alieno creato per ripopolare il pianeta. Sebbene Billy non possa trovare il nascondiglio di Scully, Krycek avverte che ce ne sono altri come lui. L'agente Crane li interrompe per dire a Doggett che Knowle Rohrer è nell'edificio per vederlo. Rohrer costruisce una storia per Doggett dicendogli che la sua indagine è di natura militare riguarda un piano per creare un super soldato. Spiega che Billy è un prototipo che ora segue Scully perché è stata rapita dai militari ed imgravidata con un tale prototipo. Il microcircuito nel sauo collo è stato usato per inseminarla. Quando Rohrer chiede dove sia Scully, Doggett afferma di non saperlo. Nel frattempo, Billy Miles entra nel corridoio dell'FBI, inosservato da tutti tranne Krycek. Quando Krycek si lancia fuori dall'ufficio di Skinner, Skinner lo segue in un ascensore per fuggire da Billy. Mentre le porte chiudono Billy all'esterno, la sua mano penetra il metallo ed entra nell'ascensore. Billy colpisce con la mano la testa di Skinner, che viene messo fuori combattimento. Mentre Skinner più tardi recupera nell'ospedale il violento colpo, Doggett dice a Mulder che il suo informatore, Rohrer, gli ha detto che sarebbe successo questo. Doggett è preoccupato che la sua conoscenza di dove sia Scully possa eventualmente portarlo a lui.
      Scully e Reyes viaggiano attraverso la notte verso Democrat Hot Springs, Georgia. Benchè una volta fosse la città dove è nato Doggett, ora è una città fantasma abbandonata. Si insediano in una casa di culto abbandonata che non ha acqua corrente. Quella sera, Reyes va fuori per fumare una sigaretta per rilassarsi, quando una luce nel cielo cattura il suo sguardo. Dato che è troppo bassa e luminosa per essere una stella, non è identificabile. L'ignora e torna interno. Alla vista dell'appena ripulito edificio, Scully ringrazia la Reyes per le sue gentilezze e dice all'agente che le ricorda sua sorella, Melissa. Reyes vede qualcuno appostato fuori ed estrae l'arma. Una jeep guidata da una donna guardacaccia viene diritta verso di lei. Le agenti spiegano che la vita di Scully è in pericolo e che si stanno nascondendo. La guardacaccia da loro gentilmente il kit di primo soccorso ed un fornello da campo prima di lasciarle. La Reyes ammette a Scully che le sue vibrazioni sono inclini a farle pensare che c'è "qualcosa di strano" nel luogo abbandonato. Quando va fuori a prendere altra acqua, vede di nuovo la luce nel cielo. Mentre la guarda, appare Billy Miles e la getta contro un muro. Prima che possa attaccarla, un colpo di fucile provoca un foro sul suo torace. La guardacaccia è a lato, con il fucile ancora fumante. Reyes vede le vertebre aliene sul collo di Billy, ed assieme alla gurdacaccia porta zoppicando il corpo per mostrare a Scully che è morto. Scully ancora preoccupata, dato che non può essere ucciso, annuncia di avere le contrazioni.
      Seduti nel garage dell'FBI, Doggett chiede a Mulder quando la sua ricerca finirà. Mulder risponde che forse non lo sarà mai. Vedono Krycek entrare nel garage. Il suo passeggero è l'onnipresente Knowle Rohrer. Doggett segue nell'edificio dell'FBI Rohrer, scoprendo che si incontra segretamente con l'agente Crane. Nascondendosi da loro, si incontra con Skinner, e chiamano Mulder con la notizia su Crane. Mulder, ancora nel garage ad osservare Krycek, dice che Krycek, Rohrer e Crane sono tutti coinvolti, ingannando gli agenti facendogli credere che stanno proteggendo Scully. Mulder dice a Doggett di andar via di lì e gli chiede di rivelargli dove la Reyes ha portato Scully. Improvvisamente, la finestra dell'auto si rompe e Krycek tiene Mulder sotto tiro. Krycek dice che ha cercato di fermare gli alieni ma che ora è troppo tardi. Benchè abbia protetto la vita di Mulder nel passato, Krycek spiega che è costretto ad ucciderlo ora perché la cospirazione è profondamente radicata nell'FBI. Krycek alza la sua arma per premere il grilletto e colpire Mulder, ma Skinner gli spara nel braccio. Krycek supplica il vicedirettore di uccidere Mulder, insiste che può salvare più vite in quel modo. Skinner lo ascolta, ma spara a Krycek dritto in mezzo agli occhi, uccidendolo. Mulder va all'aeroporto per raggiungere Scully. Sopra, nell'edificio, Doggett estrae l'arma su Rohrer e Crane, che lo inseguono. Doggett si imbatte in Skinner, ed i due corrono verso l'auto. Investono Crane, ma è ancora vivo, attaccato ad un lato del veicolo. Crane rompe un finestrino, mentre Rohrer li segue con un'altra auto. Skinner colpisce di striscio un palo di cemento, liberandosi di Crane. Quando Crane si alza, la macchina di Rohrer lo colpisce e va fuori controllo. Rohrer sbatte contro un muro, e la sua auto esplode.
      Reyes sta preparando il parto di Scully quando nota le vertebre aliene sul collo della guardiacaccia. Getta dell'acqua bollente sulla guardacaccia, urlando "Che è tu?" Improvvisamente, molte auto entrano nella città abbandonata ed un perfettamente sano Billy Miles si alza da terra. "Questo bambino deve nascere," dice la replicante guardiacaccia. Scully grida dal dolore, mentre vede una folla di alieni che entra nell'edificio e la circonda. "Questo è il mio bambino! Per favore non lasciare che lo prendano," supplica alla Reyes. Gli alieni guardano silenziosamente Scully mentre partorisce con l'aiuto della Reyes. Mulder vola sopra di loro con un elicottero e gli alieni se ne vanno nelle loro auto. Atterra, e corre verso l'edificio, chiamando Scully. La Reyes gli ordina di portare Scully all'ospedale.
      All'FBI, Kersh rimprovera Doggett e la Reyes per il rapporto che hanno presentato. Doggett ha assegnato personalmente la Reyes agli X-files perché l'ufficio del vicedirettore è sotto indagine. Doggett accusa Kersh di essersi incontrato con due uomini scomparsi e che sono ritenuti morti - Crane e Rohrer. Più tardi, Mulder va nell'appartamento di Scully dove i Guerrieri Solitari portano dei doni. Hanno saputo da Doggett che lui non ha mai detto a Mulder esattamente dove trovare Scully. "C'era una luce. L'ho seguita," dice Mulder. I Guerrieri Solitari se ne vanno, e Scully mostra a Mulder il bambino, che ha chiamato William, come il padre di Mulder. Benchè il bambino sia completamente umano, affermano che egli è un miracolo. Mulder crede che gli alieni non lo abbiano preso perché pensavano fosse diverso. "Penso che temessimo la possibilità," dice a Scully. "La verità che entrambi sappiamo." E mentre culla il loro figlio, si avvicina e la bacia.