Scully e Skinner iniziano la ricerca di Mulder, ma un nouvo agente assegnato al ritovamento dello stesso interferisce con le loro indagini.

Riassunto:
      Un uomo nudo galleggia in un liquido dal colore di miele. E' scosso da degli sporadici spasmi. Una specie di cordone ombelicale gli viene estratto dalla bocca e subito dopo rantola alla ricerca di aria. L'uomo è Mulder. Gli occhi di Scully si aprono immediatamente, ed ansima per la scena. Scully è seduta sul suo letto d'ospedale, e si rende conto che la visione di Mulder era solo un incubo.
      La mattina successiva, si veste per andare al lavoro ma rimane paralizzata di fronte allo specchio. Guarda fisso verso se stessa come se vedesse una persona che non conosce. Più tardi, cammina lungo i corridoi dell'FBI, immersa negli stessi agitati pensieri, quando entra nell'ufficio di Mulder. Vedendo un gruppo di agenti che svuota gli armadietti degli X-file si desta. E' incredula nello scoprire che stanno cercando di trovare degli indizi riguardanti la scomparsa di Mulder. Lei e Skinner si dirigono direttamente dalla persona che ha istruito la caccia all'uomo - Kersh, di recente promosso a Vicedirettore. Egli si aspetta la loro cooperazione in qualità di principali testimoni di fronte all' agente John Doggett, il capo della task force di ricerca. Kersh gli ordina di non fare riferimenti ad alieni perché se lo faranno ci rimetteranno il posto. I due si dirigono verso l'ufficio operativo della task force. Benchè Skinner sia riluttante a mentire, Scully lo convince che solo rimanendo nell'FBI può aiutare Mulder. Mentre Scully aspetta di essere ascoltata, l'agente seduto accanto a lei da il via ad una conversazione. Dopo aver ammesso di aver conosciuto Mulder in precedenza, l'agente cerca di far dubitare Scully del suo partner e della vita segreta che lui le ha tenuto nascosta. Lei comprende che l'agente è Doggett, il capo della task force.
      Tornata al suo appartamento, Scully esamina la biografia di Doggett all'interno dell'FBI. La sua carriera è contrassegnata da encomi come Marins e Detective presso il Dipartimenti di Polizia di New York. Mentre legge queste informazioni, la sua faccia accuista una buffa espressione. Scully si fionda immediatamente nel bagno per dar sfogo alla nausea. Mentre in seguito lascia un messaggio nella segreteria della madre, sente un rumore nel ricevitore e comincia ad avere dei sospetti quando vede un uomo che l'osserva dalla strada. Scully chiama Doggett accusandolo della sorveglianza, ma lui appare confuso dalle sue accuse. Notando un'ombra sotto la porta, afferra la sua pistola per inseguire l'uomo ma si imbatte nel suo padrone di casa che aveva appena visto Mulder nell'edificio. Scully corre di nuovo nel suo appartamento. Benchè non sia là, si rende conto che il suo computer è stato sottratto dalla sua scrivania. Quindi decide di andare nell'appartamento di Mulder, il quale è vuoto e silenzioso. Anche il suo computer risulta essere, stranamente, mancante. Prende una delle sue camicie spiegazzate, come se cercasse di instaurare un collegamento con Mulder, e si sdaraia sul suo letto disfatto, con ancora la camicia in mano. Nella sua malinconia, chiude gli occhi. L'immagine di Mulder riappare, ma questa volta si trova su una sedia con la sua testa e gli arti immobilizzati. Le sue guance sono mantenute in tiro. Un'apparecchiatura metallica con due protuberanze si allunga verso ciascuna delle sue narici mentre una punta da trapano fora la parte superiore del suo palato. Egli lotta disperatamente contro la tortura, urlando per il dolore.
      Skinner, nel frattempo, ha un incontro notturno con i Guerrieri Solitari sotto ad un trio di parabole satellitari, alle quali sono collegati. Hanno identificato dell'attività UFO nel Nord-ovest del Pacifico, e sebbene tentino di identificare la rotta della nave spaziale dopo che ha rapito Mulder, sfortunatamente non sono in grado di determinare la sua successiva posizione. La mattina seguente, Scully si sveglia nel letto di Mulder e vede Doggett in piedi di fronte a lei. Lei lo rimprovera di averla seguita, ma in realtà è venuto per cercare degli indizi. Le consegna una ricevuta di un autonoleggio che ha trovato nei cassetti di Mulder e le chiede dove il suo partner sarebbe potuto essere andato. La loro conversazione viene interrotta da una chiamata. E' stato registrato un ingresso di Mulder nell'edificio dell'FBI la scorsa notte.
      Tornati all'FBI, gli uomini di Doggett interrogano Skinner circa l'ingresso con la tessere di Mulder. Gli agenti aprono una cassa contenente la lapide di famiglia di Mulder. Vi sono incise le date di William, Teena e Samantha. In fondo ne è stata aggiunta un'ultima: "FOX MULDER 1961-2000." Scully è scossa, e guarda fisso verso la pietra tombale incredula ed intorpidita dal dolore. Doggett legge dalla cartella medica di Mulder che l'anormale attività del cervello (vedi 7X01 "The Sixth Extinction \ La sesta estinzione I") lo stava uccidendo. Mulder vedeva dei dottori da un anno per curare l'aggravarsi della sua salute. Doggett presume che, con il suo lavoro e la sua vita minacciati, Mulder abbia rubato i computer e gli archivi ed che quindi abbia inscenato la sua scomparsa per coprire il suo fallimento negli X-files. Quando Skinner afferma di aver assistito al rapimento, Scully prega Doggett di non tener conto della storia di Skinner. Nell'ufficio di Skinner le mappe dei Guerrieri Solitari mostrano che la nave ora può essere nel deserto dell'Arizona, ma non sanno dare altre risposte. Langly ipotizza che forse la nave stia cercando un altro rapito, e quel commento fa scattare un'idea a Scully. Il prossimo sarà Gibson Praise (apparso in 6X01 The Beginning) perché l'alieno sta raggruppando le prova per coprire la loro esistenza. In un altro ufficio nello stesso tempo, un fascicolo viene infilato scivolato sotto la porta di Doggett. All'interno c'è il file relativo aGibson Praise. Doggett raduna la sua squadra per riorganizzare le ricerche. Pensa che Mulder stia cercando Gibson. Per trovare Mulder quindi basta trovare il ragazzo, l'ultima volta visto in Arizona.
      Ancora una volta, Mulder giace immobilizzato sulla sedia. Una lama rotante discende sul suo torace. Mentre grida, Scully si sveglia dal suo sonno. E' in un'auto assieme a Skinner, che guida senza meta attraverso il deserto dell'Arizona. Non vedono l'elicottero volare sopra di loro. All'interno dell'elicottero, Doggett riceve un avviso via radio da uno dei suoi agenti che lo informa che Gibson è stato rintracciato presso la scuola per sordi di Flemingtown. Nel frattempo, Scully nota un tremolio nell'aria calda dell'Arizona. Sebbene pensi che se lo stia immaginando, non comprende che quello che vede è vero ed è l'astronave. Skinner scopre che una scuola per sordo è nelle vicinanze e vi si dirigono. Il principale viene avvisato del fatto che l'FBI sta cercando Gibson. Doggett atterra vicino alla scuola, ma Gibson è scomparso. Scully e Skinner arrivano, e rimangono sorpresi nel vedere Doggett. Lei gli chiede che cosa sta facendo là, e Doggett risponde, "cerco di trovare Mulder." Gibson striscia fuori dal retro ma viene fermato da un uomo non identificato. Doggett segue le due serie di impronte nella sabbia, trovando l'uomo che ha afferrato Gibson. Doggett estrae la sua pistola e grida "Lascialo andare!" L'uomo che tiene Gibson si gira verso Doggett. E' Mulder.

      Continua ....