Quando un precednte rapito si sveglia dalla morte, Scully riacquista la speranza di riportare in vita Mulder, da poco sepolto.

Riassunto:
      Della neve bianca copre il terreno del cimitero di Raleigh, NC, mentre delle persone si raggruppano per il funerale di Fox Mulder. Scully guarda fisso davanti a se, apparentemente persa nei suoi pensieri, circondata da Skinner, Doggett, Kersh ed i Guerrieri Solitari. E' inconsapevole dei molti sguardi furtivi nei suoi confronti.
      Tre mesi più tardi, Doggett viene chiamato nell'ufficio di Kersh dove Skinner è in attesa. Doggett è stato raccomandato per un avanzamento ed un trasferimento dagli X-files, ma Doggett chiede più tempo per considerare un tale decisione. Ritorna giù nell'ufficio degli X-files dove una Scully visibilmente incinta legge attentamente dei file su dei casi. Lei gli dice di accettare il trasferimento, facendogli notare che se non se ne va ora non se ne andrà mai più. Benchè abiano ritrovato Mulder, Doggett sente di aver ancora delle domande sul caso ed è riluttante a lasciarlo. Nel frattempo, una barca da pesca a Wilmington, NC intravede un corpo nell'acqua. Il corpo ha delle ferite che sono i resti dei test alieni. Quando un coroner va ad esaminare il corpo, rimane stupito nel vedere le labbra dell'uomo morto muoversi. Skinner sveglia Doggett per dirgli che il corpo trovato nell'acqua è di Billy Miles, che dalle prime impressioni sembrava morto da mesi ed invece è vivo. Doggett consiglia a di Skinner non riferire questa informazione a Scully. Vanno al cimitero di Raleigh per dissotterrare il corpo di Mulder.
      Scully corre al US Naval Hospital ad Annapolis, Maryland sconvolta ed emozionata, ed esige di vedere Mulder. "Mi dica che è vero," supplica a Skinner. Benchè abbia solo dei deboli segni vitali e sia clinicamente vivo, il corpo di Mulder è in avanzato stato di decomposizione. Scully è in lacrime mentre si avvicina a Mulder, e posa la sua testa sul suo torace mentre sale e scende ad ogni respiro. Decide quindi di andare nella stanza di Billy Miles, il cui corpo comincia ad agitarsi. Il monitor del cuore mostra brevemente due battiti cardiaci, e Scully riferisce all'infermiera che l'apparecchiatura potrebb essere malfunzionante.
      Kersh chiama Doggett nel suo ufficio e gli ordina di lasciar perdere le indagini su Mulder. Doggett si è reso conto delle intenzioni del suo superiore. Camminando per i corridoi dell'FBI, Skinner perde quasi conoscenza quando le familiari vene nere appaiono improvvisamente sulla sua faccia e sul collo. Apre le porte dell'ascensore trovando Krycek con il dispositivo portattile che controlla i nanobots. "Che cosa vuoi da me?" chiede Skinner. Krycek dice di avere il vaccino preparato da Bill Mulder che salverà la vita di Mulder. "L'hai ritrovato e non sai neanche quello che hai tra le mani," dice Krycek elusivo prima di lasciare Skinner a mani vuote. Nel frattempo, Billy Miles si sveglia nel suo letto dell'ospedale. Si toglie i tubi del supporto vitale, ancora gonfio, e cammina verso la doccia. Mentre l'acqua lo bagna, la sua pelle indurita si sfoglia via rivelando al di sotto un corpo umano perfettamente sano. In fondo al corridoio, Scully siede accanto a Mulder mentre Doggett gli comunica la sua preoccupazione sulla riaprertura di questo caso. Lei vuole sapere la verità su ciò che ha ridotto così Mulder. Improvvisamente, un'infermiera li interrompe. Un Billy Miles in salute cammina nudo per il corridoio, e somiglia molto ad un pulcino appena nato.
      Doggett va a vedere Absalom. "Chiedi il mio aiuto ma rifiuti di credere in me," dice allo scettico agente il guaritore alieno. All'ospedale, Skinner fa una capatina da Mulder ma trova Krycek appostato all'angolo. Quando Skinner gli chiede il vaccino, Krycek gli dice che deve solamente assicurarsi che Scully non porti a termine la gravidanza. Skinner rifiuta di sacrificare il bambino di Scully, ma prende in considerazione l'accordo. Doggett incrocia Krycek nel corridoio dell'ospedale, ma non sa chi sia l'uomo. Si ferma a parlare con Scully, che crede che Mulder sia stato infetto da un virus in grado di trasformare il suo corpo in un alieno. Doggett le fa notare che Absalom aveva detto la stessa cosa. Ora credono che Billy Miles sia in qualche modo un alieno, e lei chiede a Skinner di fare qualunque cosa per recuperare il vaccino. Quando Doggett ritorna nella stanza di Mulder, la porta è chiusa a chiave. Trova Skinner che ha tolto tutti i tubi del supporto vitale, intendendo uccidere Mulder. Un adirato Doggett si scaglia su Skinner, il quale ammette che non può fidarsi delle affermazioni di Krycek su un virus se ciò voleva dire mette in pericolo Scully. Con l'arma estratta, Doggett va ad incontrare Krycek nel parcheggio. Riesce ad agrapparsi alla portiera della macchina in movimento di Krycek, ed afferra per Krycek per il collo, ma lo lascia prima che la macchina si scontri con delle altre. Krycek mette la retromarcia e ritorna. Krycek tiene in mano una fiala e chiede a Doggett se cercava il vaccino per salvare Mulder. Doggett fa uno passo verso di lui e Krycek lascia cadere la fiala, schizzando il liquido di colr marrone sul terreno.
      Doggett ritorna di sopra e trova che Mulder è stato portato nella sala operatoria. Vestita e lavata Scully osserva il trattamento. Esce per dire a Doggett che avevano incubato il virus tenendo Mulder attaccato al supporto vitale. Skinner in realtà lo ha salvato quando gli ha strappato le macchine. Lei è fiduciosa che il trattamento antivirale funzionerà. Doggett viene chiamato ancora una volta nell'ufficio di Kersh dove viene rispedito a lavorare sugli X-files.
      Nella stanza d'ospedale, Scully prende la mano di Mulder e lui la ritrae. I suoi occhi sbattono e si aprono. "Chi sei tu?" scherza. Scully ride per la prima volta dopo tanto tempo e si piega sopra il suo corpo, abbracciandolo. "Avete sentito la mia mancanza?" chiede. Doggett vede la scena attraverso la porta, e Scully guarda verso di lui non sapendo che dire. Doggett la solleva dal imbarazzo andando via, solo.