Mulder apprende la verità sulla cospirazione Governo/Alieni responsabile del rapimento di sua sorella, ma ora si trova di fronte ad un dilemma più grande: cosa farne di questa nuova conoscenza.

Riassunto:
      Mulder sta per premere il grilletto e porre fine alla vita di Cassandra Spender quando la porta del suo appartamento viene sfondata e degli agenti del CDC irrompono al suo interno, prendendo Mulder, Scully e Cassandra in custodia.
      In un'area di quarantena della base militare di Ft. Marlene, Mulder e Scully vengono avvicinati da Diana Fowley. Diana li informa che Cassandra Spender ha contratto un virus altamente contagioso e che necessita di essere messa in isolamento onde poter eseguire un esame medico completo. Scully deride la sua versione, ritenendola ingiustificata ed altamente sospetta. Scully crede che Cassandra sia stata presa per poter continuare i test. Mulder pero dice a Scully che i test non continueranno in quanto sono stati completati; Cassandra e' infatti il primo ibribo umano/alieno riuscito. Cassandra sa di questo ed ha implorato Mulder di ucciderla in modo che gli alieni non inizino la colonizzazione.
      In un corridoio del Ft. Marlene, Mulder trova Marita Covarrubias, divenuta ormai l'ombra di se stessa, e la sua bellezza svanita. Marita racconta a Mulder che loro hanno compiuto dei test su di lei - test che miravano a trovare un vaccino contro il cancro nero. Spiega inoltre che il progetto per la realizzazione di un ibrido e' stato condotto in collaborazione con gli alieni, ma i cospiratori non intendevano avere successo. Volevano solamente prendere tempo finche' non fosse stato creato un vaccino contro il cancro nero. Ma ora che Cassandra Spender e' un successo la colonizzazione puo' cominciare.
      Scully chiama Mulder dall'apartamento dei Guerrieri Solitari dove fa partecipe Mulder dei suoi sospetti su Diana Fowley. Scully sente che in qualche modo Diana sta lavorando per il Sindacato ma Mulder rifiuta di crederlo. Scully se ne va accigliata e Mulder va nell'appartamento di Diana. Comincia a frugare nella sua stanza in cerca di prove che la incriminino quando sente un'altra persona entrare nell'appartamento - l'Uomo che Fuma. Mulder tiene sotto mira l'Uomo che Fuma mentre questi gli fornisce i dettagli dell'intera operazione del Sindacato. Spiega inoltre che il padre di Mulder ha dovuto consegnare sua sorella agli alieni come garanzia. In cambio gli alieni hanno dato al Sindacato un feto alieno che ha permesso loro di iniziare il lavoro finalizzato alla creazione di un ibrido umano/alieno. L'Uomo che Fuma crede veramente di aver salvato milioni di vite ed infine di aver permesso che Samantha e i membri delle altre famiglie potessero tornare a casa. E' sata un'idea del padre di Mulder quella di usare il DNA del feto alieno per creare un vaccino segreto contro il cancro nero.
      Jeffrey Spender va a far visita a suo padre presso gli uffici del Sindacato solo per trovare Krycek in un luogo ormai abbandonato. Krycek dice a Spender che se ne sono andati tutti alla base dell'Areonautica di El Rico per ricevere il gene ibrido e che il padre di spender, l'Uomo che Fuma, e' andato a prendere Cassandra per restituirla agli alieni. Non crdendogli va a controllare. Nel frattempo Diana torna nel suo appartamento e vi trova Mulder che gli spiega i motivi della sua visita e del suo incontro con l'Uomo che Fuma e le da un biglietto che lui gli ha lasciato, dove c'è scritto dove tutto ha avuto inizio. Spender trova la camera ed il lettino vuoti ma incontra Marita Covarrubias la quale gli offre il suo aiuto se lui la farà uscire. La scena si sposta nella stanza dove è contenuto il feto alieno e si vede un alieno ribelle che uccide un dottore. Mentre Mulder assieme a Diana lascia l'appartamento di lei, riceve una telefonata di Scully che gli dice di saper come salvare Cassandra grazie alla soffiata di Spender. I due tentano di fermare il treno senza successo. Decidono di chiedere aiuto a Skinner e quindi si dirigono ad El Rico.
      Ad El Rico un gruppo di persone, tra cui i membri del Sindacato, attendono l'arrivo degli alieni quando arriva l'Uomo che Fuma con Cassandra. Ma manca Krycek. Krycek si trova nella base di Ft. Marlene dove scopre che un dottore è stato ucciso dagli alieni e che inoltre manca il feto alieno. Mentre se ne va viene fermato da Spender che gli chiede aiuto per far uscire Marita, ma gli dice che ormai non c'è più nulla da fare. Ad El Rico arriva Diana proprio quando inaspettatamente arrivano gli alieni ribelli, ed assieme all'Uomo che Fuma fugge.
      Nell'ufficio del vicedirettore Kersh Mulder, Scully, Skinner e Spender mostrano le fotografie di un'ennesima carneficina. Spender insiste affinchè Mulder e Scully vengano reintegrati negli X-Files. Spender si dirige quindi verso il suo ufficio dove trova l'Uomo che Fuma. Con ancora negli occhi gli orrori appena visti Spender si rivolge a suo padre con odio e questi dicendo che avrebbe voluto che suo figlio lo avesse onorato lo uccide.