L'abilità di Mulder e Scully di inseguire gli X-Files - e la loro unione - viene minacciata dalla caccia ad una mortale creatura nel deserto dell'Arizona, la quale potrebbe o meno provare le teorie di Mulder circa l'esistenza di vita extraterrestre.

Riassunto:
      Mulder e Scully vengono portati davanti al consiglio di revisione per giustificare il loro ri-assegnamento agli X-Files. Il consiglio ha bisogno di prove scientifica di vita extraterrestre. Mulder sostiene che le prove ci sono tramite Scully, che è stata precedentemente infettato da un virus alieno. Quando Scully rimane vaga circa questa infezione, il consiglio dà loro un ultimo avvertimento - trovare delle prove concrete o altro.
      Di nascosto, il vicedirettore Skinner dà a Mulder un'indicazione su uno strano caso in Arizona che potrebbe fornirgli le prove di cui ha bisogno. Sulla scena del crimine Mulder teorizza che la vittima sia stata infettata da un virus alieno e che questo virus alla fine abbia prodotto un'entità aliena. L'entità quindi ha lacerato il torace del vittima dall'interno per poter nascere.
      Nel frattempo, il Sindacato è irato che questa "situazione" sia affiorata ed ottenga così tanta attenzione. L'Uomo che Fuma li assicura che si stà occupando del problema. Porta Gibson Praise, il giovane prodigio del gioco degli scacchi, sulla scena del crimine nella speranze che Praise possa predire dove la creatura è scappata.
      Gli agenti vengono attirati presso un vicino impianto di produzione di energia dove è avvenuto un altro assassinio. Lì incontrano gli agenti Spender e Fowley che negano a Mulder l'accesso alla nuova scena del crimine. Quando Mulder e Scully ritornano alla loro macchina, trovano Praise nascosto nel dedile posteriore.
      Mulder vuole usare Praise per trovare la creatura aliena, ma Scully lo dissuade, spiegandogli che Praise è la prova scientifica che Mulder sta cercando. Praise può corroborare tutto ciò che Mulder afferma. Scully dice a Mulder che Praise ha bisogno di attenzioni mediche e prprio mentre stanno per portarlo all'ospedale, arriva l'agente Fowley. Scully va verso l'ospedale con Praise, mentre Mulder e Fowley si recano all'impianto per trovare la creatura.
      All'impianto Mulder e Fowley scoprono le prove che l'alieno è là. Chiama Scully all'ospedale dicendole questo; in cambio, gli rivela che Praise ha delle tracce del virus alieno nel suo corpo - in qualche modo, Praise è in parte extraterrestre. Mentre l'attenzione di Scully è deviata, un Uomo dai Capelli Neri rapisce Praise e lo porta con sè all'impiato per distruggere l'alieno. Mulder raggiunge Praise e l'Uomo dai Capelli neri, ma è troppo tardi. Si sono rinchiusi all'interno della stanza del reattore. Mulder guarda senza poter far nulla l'alieno mentre uccide l'Uomo dai Capelli Neri. L'alieno si rivolta contro Praise proprio mentre scattano gli allarmi dell'impianto e gli agenti dell'FBI arrivano nell'area. Fowley, che ora sembra essere dalla parte di Spender, Avvicina Mulder e gli dice di andarsene.
      Di nuovo davanti al consiglio di revisione, il comitato dice a Mulder e Scully di cessare ogni associazione con gli X-Files. Vengono messi alla prova e detto di fare rapporto ad nuovo capo, il vicedirettore Kersh.