Tecnica usata anche come per la fase RT (retro trascrizione) della RT-PCR. Ha come scopo quello di amplificare i messaggeri e produrre cDNA

•  Dall’estremità 3’.
Cominciamo a volere copiare il 3’ poliadenilato, usiamo un oligo TTTTTTTTTT,  si attacca a tutti i messaggeri che hanno la coda, quindi tutte le molecole poliadenilate vengono copiate (passaggio aspecifico), togliamo l’RNA e come rendiamo specifica la 2° reazione? devo conoscere una sequenza interna del messaggero (almeno 20bp), se di questo non so proprio nulla la tecnica non è applicabile. Disegno un oligo specifico, si appaia dandomi una copia ds, con questa, do sia l’oligo specifico che il poliT, e procedo con l’amplificazione.
Il primo processo è poco processivo: al max si ottiene una kilobase. Non necessariamente devo mettere a metà l’oligo, dipende da dove conosco la sequenza (il vero fattore limitante)

•  Dall’estremità 5’.
Parto dall’inizio con l’oligo specifico, dato ai messaggeri, trascrittasi inversa copierà solo la coda 5’term del messaggero che interessa a noi. Il passaggio successivo è: se non non sappiamo come termina il 5’ che oligo ci mettiamo? ci viene incontro la terminal transferasi: sulla prima copia che abbiamo ottenuto a ss attacchiamo una coda di poliA, e il gioco è fatto. Faremo i secondo strand attaccandogli un poliT, che ha solo la funzione di ottenere il secondo strand, non di partire (a differenza di prima). Ottenuto il ds proseguiamo con la classica PCR.