Mediante questa proteina caricata qui a fianco, vengono mostrate le tre principali strutture secondarie rintracciabili nelle proteine.
In Verde è visualizzata una alfa elica, in rosso una beta a pieghe, mentre in bianco vengono visualizzati i gomiti o i giri, strutture apparentemente non organizzate localmente.
Nell'alfa elica i gruppi laterali sono disposti radialmente, con la minima repulsione reciproca possibile. Lo si veda premendo reset e manipolando la molecola.

Nella beta a pieghe i gruppi sono disposti perpendicolarmente al piano della piega e, se ingombranti, hanno una repulsione maggiore.
Si vedano successivamente la struttura ad elica e a pieghe in specifico.