La citocromo C ossidasi è un dimero legato alla membrana. Qui vengono mostrate le eliche transmembrana e la probabile posizione del dimero stesso nella membrana. L'enzima causa il pompaggio di protoni dalla matrice del mitocondrio allo spazio intermembrana (per cellule eucariote).

Ecco una singola unità catalitica

Qui viene mostrato un possibile canale dei protoni contenente un reticolo di molecole di acqua che si spande attraverso la membrana attraverso cui si può muovere il protone. il canale include anche un gruppo eme coinvolto nel trasferimento dell'elettrone.