IL DNA è presente sotto varie conformazioni, tra le quali A-DNA, B-DNA e ZDNA che si pensano essere in natura. Il BDNA è quello descritto da Watson e Creek. La prima conformazione caricata è il A DNA.
Una catena (GIALLA) che va da 3’ al 5’, mentre l’altra (VERDE) va dal 5’ al 3’. Loro sono antiparallele. A DNA ha il solco maggiore molto profondo e virtualmente non ha un solco minore.
Ecco la sezione obliqua del A DNA. Si noti il foro al centro. Si notino in bianco le molecole di acqua e come queste si infilino dentro rendendo quindi instabile la doppia elica dal momento che sono resi possibili legami ad H tra il solvente e le basi azotate e rompendo quindi i legami ad H tra le basi azotate stesse Si confronti invece questa struttura con quella del BDNA
Questo è il B DNA Una catena (GIALLA) che va dal 3’ al 5’, mentre l’altra (VERDE) va dal 5’ al 3’. Loro sono antiparallele.Si noti l’ampio solco maggiore e il sottile solco minore. Si notino le molecole di acqua attorno alla doppia elica (in bianco nella raffigurazione )
Ecco la sezione obliqua del B DNA. Si noti come sia strettamente impaccato il nucleo.
Questo è il Z DNA. Una catena (GIALLA) che va dal 3’ al 5’, mentre l’altra (VERDE) va dal 5’ al 3’. Loro sono antiparallele. Z DNA è sinistrorsa e lo scheletro del fosfato è a zig-zag. Z DNA ha un solco minore molto profondo e non un solco maggiore.
Ecco la sezione obliqua del Z DNA. Da notare lo stretto impaccaggio degli elementi.