La Chiesa fu portata a termine da Arechi II, Duca di Benevento, e fu inaugurata nel 762 d.C. perché raccogliesse le reliquie dei Santi protettori della gente longobarda.
L'interno del monumento, a pianta metà circolare e metà stellare, presenta due corridoi concentrici creati da pilastri e colonne che formano un esagono centrale e un decagono esterno e che reggono l'intera volta creando suggestivi giochi di luce e di ombre.
Il perimetro della chiesa di S.Sofia, tra le più ardite e fantasiose costruzioni dell'Alto Medioevo, ad eccezione delle tre absidi semicircolari, rientra in una circonferenza che ha un diametro di mt.23,50. L'altezza massima è di 8 metri.

All'interno delle absidi sono visibili consistenti tracce degli affreschi originali dell'VIII e IX secolo.

In quella di sinistra è raffigurata la storia dei San Giovanni Battista con l'Angelo che annuncia a Zaccaria la prossima nascita del figlio e San Zaccaria diventato muto per l'annuncio ricevuto.
In quella di destra è riprodotta l'Annunciazione a Maria e Visitazione di Santa Elisabetta alla Vergine.