La chiesa custodisce una bella statuain onore al suo Patrono, e le Reliquie dell'Apostolo S. Andrea e dei SS. Innocenti, donati alla chiesa dal Cavaliere Gerosomilitano Fr. Natale Serio di Agira, allorché ritornò nella sua città proveniente da Roma. 

Nel 1895 ebbe per altare maggiore un sarcofago, trovato tra le rovine del Castello, che dopo parecchi anni fu venduto, per 2.000 lire, al Museo di Siracusa.

Oltre a quattordici tele di Scuola Veneziana (di cui l'Apostolato dello, Spagnoletto in dodici quadri) conserva, pure, una tela del settecento di S. Antonio Abate con il fuoco in mano e una serie di miracoli dipinti intorno alla sua figura, e altra tela settecentesca, attribuita a Polidoro da Caravaggio, raffigurante al centro S. Andrea appoggiato alla Croce obliquo che regge con la destra due pesci ad indicare che era pescatore.

Altra opera preziosissima custodita in questa chiesa è del '400 e riguarda un Crocefisso di Pietro Ruzzolone.

La croce è in legno sagomato, con cornice in rilievo, con doratura brunita e contornata da foglie rampanti di acanto spinoso.

Sul campo giallo-oro della croce spicca il dipinto del Cristo sul legno oscuro.

Ai lati della croce sono dipinti in alto Cristo, a sinistra Maria, a destra S. Giovanni, in basso Maddalena.