Mulder riesce ad infiltrarsi in una installazione governativa e a scoprire la verità ma viene catturato. Viene processato e quello che ha scoperto può costargli la vita.

Riassunto:
      Un elicottero si avvicina ad una installazione governativa sul monte Weather presso Bluemont, Virginia. Dall'elicottero scendono alcune persone ben vestite e tra queste c'è anche Mulder. Saliti su un autobus entrano nella montagna. Poco dopo Mulder si allontana dal gruppo e raggiunge una stanza con dei computer. Da questi riesce a scoprire che per il 22 dicembre 2012 è fissata la mobilitazione delle forze aliene. Viene sorpreso da Knowle Rohrer. Dopo una fuga nella quale "incontra" Krycek, o il suo fantasma, viene catturato da dei soldati.
      Mulder è in una cella buia e viene costretto ad ammettere di essere colpevole di tradimento verso l'America. Skinner e Scully si recano nel carcere dove è trattenuto Mulder con l'accusa di aver ucciso un militare. Entrata nella cella, Scully abbraccia Mulder e si rende conto che qualcosa non va. Mulder sembra essere stato sottoposto ad un lavaggio del cervello. Dopo che Scully e Skinner escono dalla cella Mulder parla nuovamente con il fantasma di Krycek il quale dice di voler aiutare Mulder perchè da solo non ce la farebbe.
      All'FBI Skinner e Scully mettono al corrente dei fatti Doggett e Reyes. Skinner dice che l'installazione dove Mulder si è infiltarto è la sede del "governo ombra". Inoltre la persona che dovrebbe aver ucciso è Knowle Rohrer. Doggett crede che sia tutta una montatura.
      Skinner e Scully vanno a parlare nuovamente con Mulder che ammette di aver finto di stare al loro gioco. Mulder afferma inoltre che il processo a cui sta per essere sottoposto è solo una farsa. Il loro obiettivo è affossare la verità. Mulder dice che non possono produrre il cadavere di Rohrer e che per poterlo condannare dovranno esporsi. Nello stesso istante entrano Doggett e Reyes che affermano di essere stati informati che il cadavere è in mano ai militari.
      In una base a Quantico kersh incontra un colonnello dei Marines che si offre di risolvere in maniera meno appariscente la cosa concedendo che la giuria sia composta da membri dell'FBI ma esige un verdetto di colpevolezza. Kersh offre una timida resistenza ma cede subito davanti a delle velate minacce. Scully va da Mulder esprimendogli tutti i suoi timori e Mulder cerca di confortarla e ammette di aver scoperto qualcosa che è troppo pericoloso che lei sappia.
      Skinner entra nella stanza del processo dove si dispongono l'avvocato dell'accusa e la giuria presieduta dal vicedirettore Kerh. Il primo testimone è Scully che fa un riassunto con numerosi flashback dei nove anni trascorsi agli X-Files. Parla della cospirazione, del virus, di Roswell, degli alieni ecc. La sua testimonianza viene però messa in discussione dall'accusa puntualizzando l'assenza di prove e il fatto che Scully e Mulder sono amanti.
      Il secondo testimone è Jeffrey Spender. Spender dice che il padre era il capo della cospirazione e di essere il fratellastro di Mulder. Spiega inoltre che il patrigno di Mulder fu fatto uccidere dall'Uomo che Fuma per mezzo di Krycek per evitare che parlasse. Parla inoltre della sorella di Mulder e di tutta la storia relativa. Anche la sua testimonianza viene messa in discussione dall'accusa producendo i rapporti che Spender aveva fatto su Mulder quando era ancora assegnato agli X-Files.
      Nel New Messico un pellerossa va a comunicare a Gibson il pericolo che corre Mulder ma il bambino sa già tutto. Scully si reca a trovare nuovamente Mulder in cella e che si rifiuta di scendere ad un patteggiamento anche a costo della vita ma Scully non è della stessa idea. Nella cella Mulder vede il fantasma di Mr. X che gli da l'indirizzo di Marita Covarrubias. Doggett intanto cerca di arrivare al cadavere di Knowle ma trova solo porte chiuse. All'improvviso Reyes vede un'ombra che si rivela essere il pellerossa di prima che comunica a Doggett di aver un amico disposto ad aiutare Mulder.
      Il terzo testimone è Marita Covarrubias. Quest'ultima afferma di aver fatto parte del Consorzio e spiega gli obiettivi dello stesso e della sorte che toccò al braccio di Krycek. Afferma però che non condivideva gli scopi del Consorzio ma che veniva pagata per il suo aiuto. Quando tentò di di ribellarsi fu fatta vittima di test atti a far credere agli alieni una certa collaborazione ma che in realtà servivano a sperimentare il vaccino per il virus. I cospiratori supponevano di aver contagiato tutti gli alieni con un virus ma si sbagliavano e per questo furono uccisi da degli alieni ribelli. Skinner chiede allora a Marita di chi ha paura, ma vedendo che non risponde gli suggerisce che di fatto la Cospirazione continua in altra forma e che esistono degli alieni che si sono sostituiti agli esseri umani: i super soldati. Marita è ancora restia a parlare e Mulder, su suggerimento di Krycek, interrompe la deposizione per evitare di metterne in pericolo la vita.
      Nell'aula entra Doggett e informa Skinner che Gibson è disposto a testimoniare. Mulder non è daccordo ma Gibson è li di sua spontanea volontà. Durante l'interrogatorio Gibson ammette di essere in grado di leggere il pensiero di tutti i membri della giuria compreso quello di un giurato che lui dice sia alieno. A questa affermazione Mulder scatta e chiede che sia arrestato e analizzato ma invece viene ricondotto in cella.
      Il testimone sucessivo è Doggett. Questi parla degli invincibili super soldati. Un progetto militare per creare degli uomini invincibili e Knowle Rohrer è uno di questi. Quindi è impossibile che Mulder lo abbia ucciso in maniera molto semplice in quanto sembra che l'unico modo sia utilizzando un metallo molto raro derivato dalla magnetite. La sua testimonianza però non riesce a far credere che esista una cospirazione aliena. Dopo Doggett è il turno dell'agente Reyes. La Reyes afferma di essere convinta della cospirazione in seguito a quello che ha visto mentre aiutava Scully a nascondersi per partorire. In quell'occasione ha scoperto che il bambino di Scully aveva qualcosa di particolare che i super soldati volevano tutelare: un bambino alieno. Anche la sua testimonianza però è infruttuosa per la mancanza di prove.
      A Georgetown Doggett e Reyes vanno nell'appartamento di Scully comunicandole di aver trovato il cadavere di Knowle Rohrer. Scully si reca a Quantico per eseguire dei test e vede che il cadavere è sfigurato e quindi irriconoscibile. Nell'aula di tribunale Skinner non ha più testimoni da chiamare a deporre. In quel momento entra Scully e da a Skinner le prove che il cadavere analizzato non è di Rohrer in quanto ha il collo spezzato e le bruciature sono state provocate dopo il decesso. Kersh però aggiorna il processo rifiutando le nuove prove in quanto Scully non era autorizzata ad esaminare il corpo.
      La Giuria si riunisce nuovamente ed emette un giudizio di colpevolezza per Mulder. Mulder a questo punto fa un discorso in cui afferma che la verità è dietro l'angolo anche se è stato sconfitto. Nell'appartamento di Scully squilla il telefono. Va a rispondere Doggett che dopo aver riattaccato riferisce a Scully che Mulder è stato condannato a morte.
      Nella base del processo entra Knowle Rohrer. Nel frattempo Skinner e Doggett fanno evadere Mulder. Rohrer entra nella cella di Mulder e la trova vuota. I tre continuano la fuga mentre suona l'allarme e ricevono un inaspettato aiuto da Kersh che gli indica una via di uscita. Poco lontano ci sono Scully e Gibson che attendono il fuggitivo e i suoi aiutanti. Scully é sorpresa nel vedere Kersh il quale suggerisce a Mulder e Scully di andare in Canada e di lasciare il continente entro 24 ore. Ora sono tutti in pericolo. Mulder invece di andare a nord va a sud "a trovare un uomo che sa la verità."
      All'FBI gli agenti Doggett e Reyes trovano l'ufficio degli X-Files svuotato. Assieme a Skinner si recano nell'ufficio di kersh ma vi trovano l'alieno che si trovava nella giuria. Skinner viene fatto entrare e Gibson informa gli agenti che Mulder non è andato in Canada.
      Al confine tra il Texsas e il New Messico Mulder incontra i Guerrieri Solitari che tentano invano di convincerlo a fuggire ora che ha la felicità a portata di mano. In un villaggio anasazi abbandonato arrivano Mulder e Scully. I due raggiungono delle rovine dove incontrano l'Uomo che Fuma. Nel frattempo Doggett e Reyes sorvolano la zona in elicottero per vedere l'auto di Mulder. Mulder parla con l'Uomo che Fuma e questi gli rinfaccia di non aver detto ne a Scully ne al processo quello che ha scoperto anche se avrebbe potuto salvarlo. Proprio come faceva l'Uomo che Fuma: non divulgava quello che sapeva per il bene degli altri. Afferma inoltre che ormai altri hanno preso il potere: gli alieni. Lui ha deciso di nascondersi in quel posto proprio per quello dato che nella zona è presente magnetite. Gli indiani erano stati i primi a scoprirlo ed erano stati il primo governo ombra.
      Doggett e Reyes trovano l'auto di Mulder. Ma anche Knowle Rohrer. L'Uomo che Fuma svela a Scully la data della grande invasione aliena - 22 dicembre 2012 - e dice a Mulder che ora che lo vede a pezzi può anche vederlo morire.
      Nella valle arrivano degli altri elicotteri. Doggett e Reyes affrontano Knowle ma la magnetite lo uccide. Nello stesso istante Mulder e Scully escono dalle rovine e Doggett gli consiglia di fuggire. Doggett e Reyes fuggono con l'auto di Mulder e Mulder e Scully con quella di Knowle percorrendo strade diverse. Gli elicotteri però si fermano davanti alle rovine e le demoliscono a colpi di missili uccidendo l'Uomo che Fuma.
      In un motel a Roswell Mulder ripensa a quello che è successo definendo un fallimento tutto quello che ha fatto. Scully lo conforta spronandolo a non credere a quello che ha detto l'Uomo che Fuma e a lottare ancora. Mulder abbraccia Scully e dice: "si può ancora sperare".