Scully assiste in via ufficiosa Doggett e Reyes nel loro tentativo di scoprire il segreto che sta dietro ad una contaminazione delle acque. Segreto che è celato in un laboratorio clandestino a bordo di una nave.

Riassunto:
      Un capitano di vascello su un mercantile della seconda guerra mondiale passa attraverso una serie di posti stretti controlli di sicurezza. Si avvicina ad una porta che nasconde un laboratorio scientifico dove vengono manipolate le cellule. Il dott. Nordlinger apre la porta per ricevere il comunicato del Capitano, ma rimane piuttosto sconvolto dalla richiesta sulla nota. Il Capitano ritorna al suo ponte ed ordini al suo subalterno Bamford di portare la nave in porto.
      Presso l'impiato di depurazione della Maryland, Follmer non vede Doggett, che viene trascinato a fondo nel serbatoio dell'acqua da una Shannon McMahon nuda. Quando Follmer è fuori portata, McMahon mette la propria bocca sopra quella di Doggett per soffiare aria nei suoi polmoni. La mattina seguente, Reyes e Skinner vengono chiamati a comparire nell'ufficio di Follmer. Stanno per essere sollevati dall'X-file che stanno seguendo. Follmer dice alla Reyes di volerla allontanare da Doggett per salvare la sua carriera, ma lei accusa Follmer di voler intrappolare il suo partner. Doggett, nel frattempo, si sveglia nel suo letto, vivo. McMahon è nel suo appartamento. Gli dice che lei e Knowle Rohrer sono stati entrambi trasformati in 'Super Soldati' che non possono essere uccisi. Benchè fossero gli esperimenti originali, il programma si è espansso da allora per produrrne molti altri del loro tipo. Lei, comunque, odia quello che è diventata, e chiede a Doggett di aiuta a smascherare gli uomini stanno alterando l'acqua potabile.
      Skinner chiede a Scully perchè si è unita all'indagine di Doggett quando era stata proprio lei a chiedere che Skinner mentisse al riguardo. Lei ammette che qualcosa di inspiegabile è accaduto al suo bambino. Ha paura di dirlo a Mulder, perché vorrebbe tornare, e questo lo mettebbe in pericolo. Doggett e Reyes chiamano Scully all'appartamento di Doggett. McMahon le spiega che una sostanza chimico chiamata clorammina è stata aggiunto all'acqua potabile. Benchè la sostanza di solito sia innocua, la struttura molecolare di questa clorammina è stata modificata per incentivare una mutazione nei discendenti. Questa mutazione creerà una generazione di Super Soldati. Scully sulle prime è esitante nell'accettare le affermazioni delle donna, ma poi vede la familiare mutazione della spinadorsale sul dorso della McMahon. Tuttavia, ad un esame medico la McMahon risulta, a tutti gli effetti, un normale essere umano.
      Dopo una lunga attesa presso il porto di Baltimora senza comunicazioni dai suoi superiori, il Capitano cerca di contattare senza successo Carl Wormus presso l'impianto di depurazione. Quando torna trova che l'Ufficiale Bamford è stato sostituito dal presunto morto Knowle Rohrer. Il corpo di Bamford viene trovato in mare nelle vicinanze. Nel frattempo, Follmer sospende Doggett dal FBI, e Doggett accusa sia Follmer che il vicedirettore Kersh di cercare di compromettere gli X-files. I Guerrieri Solitari mostrano alla Reyes di essersi infiltrati nel sistema telefonico dell'EPA e hanno trovato delle chiamate per Carl Wormus. Le chiamate sono state fatte dopo che l'uomo è stato affogato. Mentre sono al lavoro sul loro portatile, arriva un'altra chiamata, e Frohike risponde come se fosse Wormus. E' il Capitano, istruisce Wormus di notificare all'FBI l'esistenza del laboratorio a bordo della sua nave. mentre il Capitano chiede l'aiuto di Wormus per rendere note gli esperimenti, Rohrer usa il suo udito extrasensibile per ascoltare la conversazione da lontano.
      Dopo aver scoperto che la McMahon lavora per il Dipartimento di Giustizia, la Reyes supplica Follmer di fornirle i file riguardanti la donna. Lei quindi aggiorna Doggett e Scully sul fatto che la McMahon non è degna di fiducia. I due uomini che ha ucciso cercavano in realtà di smascherare il programma di contaminazione dell'acqua. McMahon sta usando Doggett per arrivare al terzo informatore - il Capitano. I tre agenti vanno giù al porto di Baltimora per incontrare il Capitano, ma trovano invece Knowle Rohrer. Scully e Reyes scappano mentre Doggett cerca di difendersi dal Super Soldato. Rohrer sta per uccidere Doggett, quando McMahon appare e decapita Rohrer. Improvvisamente, la mano insanguinata di Rohrer le lacera il torace, e lei assieme al corpo senza testa di Rohrer cade dalla banchina nell'acqua. Doggett va sulla nave con Scully e Reyes in cerca del Capitano. Vedono la testa decapitata del Capitano sul terreno, ma la nave è vuota. Doggett si imbatte su una bomba già attivata, e raggiunge in tutta fretta la Reyes e Scully nel laboratorio della nave. Scully è riluttante ad andarsene quando vede che chiunque fosse sulla nave stava manipolando degli ovuli per un tranpianto. Doggett le costringe ad abbandonare la nave prima che esploda.
      Due giorni più tardi, Kersh legge il rapporto di Doggett sul caso. Benchè vengano citati i Super Soldati, una nave ed una cospirazione del governo, non viene menzionato Kersh nell'indagine. Doggett ammette di non essere riuscito a trovare nessuna prova a carico del vicedirettore, ma sa che le sue mani sono in realtà molto sporche. Kersh dice a Doggett di aver avvertito Mulder di andarsene per proteggere la sua vita. Sapendo che Mulder non se ne sarebbe andato solo sulla base delle raccomandazioni di Kersh, Doggett comprende che è stata Scully a spingere Mulder ad andarsene.
      Il corpo di Shannon McMahon giace sul fondo l'oceano sotto l'acqua scura. Benchè appaia esanime, i suoi occhi si aprono di scatto.
      Scully viene svegliata dal pianto di William, e lo calma facendolo tornare a dormire. Quando spegne la luce per ritornare a letto, la giostrina sopra la sua culla comincia lentamente a ruotare da sola.