Scully interroga un uomo sfigurato per scoprise se in realtà è Mulder. Ma le cose diventamo più complicate quando il misterioso estraneo diventa una minaccia per suo figlio.

Riassunto:
      Una giovane coppia attende con impazienza sotto il portico di casa l'arrivo dell'assistente sociale che gli porterà il bambino che hanno appena adottato: William.
      Tutto ha inizio una settimana prima, quando un misterioso uomo sfigurato viene scoperto da Doggett nell'ufficio degli X-files mentre fruga tra gli archivi. Sorpreso attacca l'agente che a sua volta riesce a catturarlo. Questi afferma di essere Daniel Miller e di essere stato mandato da Mulder a recuperare un caso X-files riguardante la sua condizione. L'uomo afferma di essere vittima di esperimenti eseguiti dalle stesse persone che facevano parte della cospirazione governativa sugli extraterrestri. Quando è stato catturato aveva il fascicolo X-Files della sorella di Mulder con se.
      Scully lo fa trasferire a Quantico in modo da poter eseguire degli esami su di lui. Questi afferma che la sua deformazione è dovuta ad una iniezione che gli è stata effettuata e chiede l'aiuto di Scully per far si che chi gli ha fatto questo paghi: gli stessi che l'avevano rapita. Un controllo sull'identità fornita dal sospetto non da risultati il che porta Doggett a convincersi che l'uomo non sia chi dice di essere ma che adirittura potrebbe essere lo stesso Mulder! Scully confuta questa affermazione dicendo a Doggett che Mulder prima di andarsene aveva rimosso assieme a Scully proprio i fascicoli X-files che Daniel cercava nell'ufficio. Quindi se era Mulder avrebbe saputo che i file erano nel suo appartamento. Scully confida a Daniel di essere al corrente che gli ha dato una falsa identità, e lui le dice che delle persone all'interno dell'FBI, la stessa gente che vuole Mulder morto, lo ucciderebbe se si sapesse la sua vera identità.
      Scully lo prende in custodia protettiva nel suo appartamento. Il vicedirettore Skinner chiama Doggett quando i risultati dell'esame del DNA combaciano con quelli di Mulder, convincendo sia Doggett che Reyes che l'uomo è proprio Mulder. I due agenti raggiungono Scully nel suo appartamento mentre Miller le comunica la natura in parte aliena di William. Scully anche dopo le nuove rivelazioni rimane dell'idea che quell'uomo non sia Mulder. Ha trascorso del tempo con lui e sa che non è l'uomo che ama. Sebbene abbia informazioni intime della vita di Mulder e di Scully. Miller intanto fugge ma viene subito catturato da Doggett che lo vede anche prendere qualcosa da un muro in un vicolo.
      Dopo questo tentativo di fuga gli agenti somministrano a Miller un sedativo e poi discutono sul dafarsi. Nel frattempo Miller, che aveva finto di prendere le pillole, si è recato nella camera di William che col suo pianto fa accorrere gli agenti. Questi trovano Miller vicino a William con una siringa in mano e con il lettino macchiato di sangue.
      Dopo aver portato il piccolo in ospedale, Scully attente le comunicazioni dei medici Dopo alcune ore le dicono che William stà bene, a parte un elevato tasso di ferro nel sangue. Scully comincia a capire chi sia lo sconosciuto. È Jeffrey Spender. Il fatto di avere lo stesso DNA è dovuto al fatto che sia Spender che Mulder hanno avuto lo stesso padre, l'Uomo che Fuma. Spender È tornato per vendicarsi di ciò che gli ha fatto passare suo padre, ma dice a Scully di non sapere dove sia Mulder. Scully, va a parlare con la Reyes, e decide di non essere in grado a garantire a William la vita che si merita: felice e al sicuro. Tra le lacrime decide di darlo in adozione.
      Nella scena finale William si trova nel suo nuovo lettino e sorride felice alla giostra sospesa sulla sua culla.