Scully è fiduciosa di ricongiungersi con Mulder quando un perfetto estraneo le offre delle nuove informazioni su ciò che lo ha costretto a nascondersi. Tuttavia la fiducia che lei ripone in questo estraneo potrebbe mettere Mulder in un più grave pericolo.

Riassunto:
      In un montaggio di immagini di sorveglianza, vediamo Mulder e Scully attraverso gli anni. Le immagini non sono state catturate solo nelle indagini, ma anche durante momenti privati nelle loro abitazioni. Un video di sorveglianza più recente mostra Scully su un binario presso la stazione dei treni, mentre piange sul corpo di un uomo ucciso.
      Scully entra in un internet cafè con William e si logga nella sua casella e-mail. Che la aspetta c'è un messaggio di Mulder, che esprime il suo desiderio di voler tornare casa da lei e da William. Scully comincia la sua risposta, una donna che era entrata nel cafè con un bambino esce per litigare con un uomo all'esterno. Scully va dal bambino solo, e la donna ritorna per recuperar il suo bambino. Più tardi, a Quantico, Doggett e Reyes dicono a Scully che qualcuno ha cercato di contattare Mulder con delle informazioni sui Super Soldati. Sfortunatamente, l'uomo non vuole parlare con nessuno che non sia Mulder. Scully dice che non sa come contattarlo, e Doggett le chiede come mai si rifiuta ancora di fidarsi di lui o di qualcuno altro.
      Più tardi quella notte, Scully ritorna a casa e vede la donna dell'internet cafè lungo la sua via. La donna lotta ancora con lo stesso uomo, ma questa volta lui prende il suo bambino e se ne va via in auto. Scully si avvicina alla donna, che si presenta come Patti. Sentendosi dispiaciuta per lei, Scully offre a Patti di stare da lei per la notte. Nel frattempo, Doggett e Reyes sorvegliano un edificio indefinito che è stato rintracciato come la fonte da cui hanno tentato di contattare Mulder. Appare una macchina, ed il conducente si dirige nell'edificio. E' l'Uomo con cui litigava Patti. All'interno dell'edificio c'è una stanza piena di monitor di sorveglianza. Un Uomo Ombra presso un vicino monitor domanda all'Uomo di sua moglie e del bambino. Mentre si scambiano questi convenevoli, l'Uomo Ombra osserva con calma sul suo monitor Doggett e Reyes che entrano nell'auto dell'Uomo fuori sulla strada.
      Alle 5: 41 , l'Uomo finalmente lascia l'edificio, e Doggett e Reyes lo seguono. Nell'appartamento di Scully Patti si alza, spegne il microfono del bambino e prende William. Il cellulare di di Scully vibra, svegliandola. E' Doggett, che le comunica di aver seguito uno strano tipo fino al suo edificio. Improvvisamente allarmata, Scully estrae l'arma da fuoco e la punta verso Patti, ordinandole di mettere giù William. Doggett si avvicina all'Uomo prima che possa irrompere nell'appartamento di Scully. L'Uomo non rivelerà niente, riesce solo a borbottare, "loro guardano." Scully sospetta che sia l'Uomo che Patti l'abbiano circuita per poter arrivare a suo figlio. Scully chiude le sue tende, e l'Uomo finalmente confessa di lavorare per la National Security Agency. L'Uomo non può essere identificato. Patti confessa che sua figlia, che assomiglia a William, è in qualche modo diversa. L'Uomo sa che William ha fatto muovere la giostrina sopra la sua culla. Ammette che non ha solo sorvegliato Scully, ma anche Doggett e Reyes. L'Uomo aveva detto al suo supervisore delle stranezze attorno a sua figlia e William. Il supervisore crede che siano collegati con i Super Soldati, e l'Uomo aveva sperato che Mulder avesse potuto in qualche modo scoprire ciò che i loro bambini realmente sono. Improvvisamente, dall'edificio non ben definito, l'Uomo Ombra telefona a Scully. Le dice di aver ascoltato la conversazione. Mentre osserva ogni loro movimento, non le dice che ha una videocamenra nel suo appartamento. L'Uomo Ombra sa che Scully ha spedito a Mulder un'e-mail il giorno precedente. Lei rifiuta di dargli qualsiasi informazione su Mulder a meno che non possa vederlo personalmente. Lui le dice di andare da sola all'internet cafè. Benchè Doggett protesti, Scully lascia William con loro per andare ad incontrare il suo contatto.
      Mentre aspetta fuori dal cafè, Scully viene chiamata dall'Uomo Ombra. La conduce ad una macchina verde mentre la osserva da una videocamera sulla strada. Le viene detto di accendere la macchina e di andare in un vicolo. Quindi scende, ed entra in un'altra macchina che si trova parcheggiata. Mentre l'Uomo Ombra la osserva guarda da una videocamera all'interno della seconda macchina, lei si dirige verso la highway. Al crepuscolo l'Uomo Ombra la fa fermare nel mezzo di un campo desolato. Gli ordina di scendere dalla macchina e di lasciare il motore acceso e di aprire il bagagliaio. Le dice di cambiarsi i vestiti con quelli all'interno del bagagliaio. Improvvisamente, appare l'Uomo Ombra. Le ordina di mettere la propria arma ed i vestiti vecchi all'interno della macchina, che fa poi esplodere con un radio comando. Ispeziona il suo orologio in cerca di microfoni. Credendo che lei sia priva di cimici, l'Uomo Ombra ammette di conoscere tutto di lei - il suo gruppo sanguigno, le paure dell'adolescenza, la sua allergia agli animali domestici, ecc. - e che ha rischiato la sua vita per parlare con lei in modo da arrivare a Mulder. Lui la avverte che deve contattare Mulder. Le consegna quindi le chiavi di un'altra macchina.
      A Quantico il giorno successivo, Doggett esprime le sue preoccupazioni sul fatto che sia Scully che Mulder siano in pericolo. Teme che questi uomini la stiano usando per far uscire Mulder in modo da ucciderlo. Scully rivela che Mulder è già in viaggio su un treno predisposto, che arriva a mezzanotte. Ma non può chiamarlo.
      Alle 10: 48 di sera, Scully aspetta sul binario del treno, mentre Reyes la controlla da lontano. Anche l'Uomo Ombra la guarda attraverso una videocamera della sicurezza. L'Uomo cammina lungo il marciapiede e spruzza della vernice nera su una videocamera della sicurezza. Doggett, nel frattempo, porta in laboratorio i vestiti di Scully recuperati dall'auto in un laboratorio del FBI. Chiede al tecnico di cercare rapidamente qualche traccia del DNA di un uomo sui vestiti.
      Appena prima che arrivi il treno di mezzanotte, l'Uomo vede Scully. Reyes intravede l'Uomo ed estrae l'arma. Reyes richiama l'attenzione di Scully, ma l'Uomo non mira a Scully. Scully osserva l'Uomo Ombra che viene verso di lei con un arma dall'altra parte. Benchè l'Uomo miri all'Uomo Ombra, l'Uomo Ombra spara per primo e colpisce l'Uomo. Reyes trascina a terra Scully, e l'Uomo Ombra punta la propria arma verso di loro. Improvvisamente, Doggett arriva sulbianrio e colpisce ripetutamente l'Uomo Ombra, spedendo il suo corpo sopra le rotaie del treno in arrivo. Vista la sparatoria, il capostazione ordina al treno di non fermarsi. Scully implora che il treno sia fermato, gridando il nome di Mulder mentre il treno passa rapidamente. L'Uomo muore ai piedi di Scully. Lei è addolorata ed incerta se mai vedrà di nuovo Mulder.
      La Polizia più tardi setaccia le rotaie, ma il corpo dell'Uomo Ombra è svanito. Patti arriva alla stazione, chiedendo a Scully perdono. Lei cercava solo delle risposte, e suo marito cercava di proteggere Scully dall'uomo per cui lavorava. Scully conforta Patti sulla morte di suo marito. Doggett dice a Scully e a Reyes che la stoffa dei vestiti che erano nella macchina mostra che l'Uomo Ombra ha un DNA complessato con ferro e non può essere esaminato. Questo sembra verificare che l'Uomo Ombra è un Super Soldato e che quindi è inarrestabile. Scully teme per la vita di Mulder, credendo che l'Uomo Ombra sia salito sul treno. Il capostazione viene avvisato che un uomo è saltato giù dal treno presso una cava. Gli agenti vanno in macchina sul posto, e Doggett e Reyes vanno giù nella cava. Gli agenti vedeno un uomo fuggire via, e Doggett, credendo che sia Mulder, lo chiama. Benchè Doggett si sia identificato, l'uomo corre via. Scully va quindi più avanti, e chiama Mulder. Improvvisamente, l'Uomo Ombra viene fuori dalla nebbia e le da la caccia. Le i corre nella cava rimanendo intrappolata. Con nessun altro luogo dove andare, estrae la propria arma verso l'Uomo Ombra, chiedendogli perchè intende ucciderli. L'Uomo Ombra dice che sia Mulder che William devono morire. Improvvisamente, l'Uomo Ombra lotta come se una forza stringesse il suo corpo. La sua faccia diviene contorta, e viene tirato magneticamente verso la parete della cava, volando vicino a Scully e gettandola a terra. Quando il suo corpo impatta con la rossa parete della cava, si disintegra in una nube di polvere. Scully si alza e corre via.
      Il giorno successivo, Scully spedisce un'e-mail a Mulder con la speranza che sia ancora vivo e che un giorno la vedrà di nuovo.