Alla fine di "Revolution" Neo era riuscito a portare la pace tra macchine e umani sconfiggendo Smith. Gli umani nei Pod vengono tenuti all'oscuro della verità e persuasi tramite i tipici subdoli metodi di convinzione, infatti nel primo numero del "Sentinel", il giornale di Megacity, si tende a sminuire e minimizzare sia la figura di Morpheus, sia l'alluvione che vide protagonisti Neo e Smith. Comunque, grazie alla tregua le red-pills, i risvegliati, possono svegliare nuove pillole-blu senza essere infastidite dagli agenti, tuttavia ci sono altri personaggi che si opporranno a queste liberazioni. Una delle rivelazioni post "Revolution" consiste nel fatto che oltre ai ben noti esuli cinematografici, nella Matrice vi sia un numero spropositato di programmi senzienti liberi, alcuni dei quali molto più antichi dello stesso Merovingio. Questo perché le macchine nel creare Matrix ritennero indispensabile inserirvi IA autonome che avrebbero dovuto apparire ed agire come creature umane, ma inevitabilmente alcune cominciarono a comprenderne la vera natura e stabilirono contatti con IA di Zero-Uno. Così la Matrice divenne nota come luogo sicuro per fuggire dalla cancellazione e dal controllo del mondo delle macchine. Conseguentemente in Matrix online ci troviamo di fronte ad una Megacity ben più complessa di quella accennata dai film, invasa da svariate tipologie d'esuli: quelli più insignificanti che per spirito di sopravvivenza si raggruppano in gang percepite dalle pillole-blu come bande teppistiche od organizzazioni di sorveglianza locali; quelli più influenti costituiti da programmi che provenendo dal medesimo codice d'origine si comportano come se fossero parenti od amici di vecchia data costituendo così vere e proprie potenti famiglie che assoggettano le gangs locali al loro volere e non disdegnano arruolare red-pills per i loro loschi traffici. Questi programmi risvegliati, non avendo possibilità d'esistenza nel mondo reale sono principalmente interessati alla prosecuzione di Matrix, quindi percependo negativamente la liberazione d'ulteriori umani cercano d'ostacolare con ogni mezzo la tregua. Nonostante la maggior parte sia assoggettata alle macchinazioni del "Francese" gli esuli non costituiscono certo un organico armonico ed affiatato. Avidità di potere, spirito di ribellione, vendetta e tradimento sono all'ordine del giorno e creano continue lotte intestine. In virtù di tali pericolose prerogative in concomitanza con la totale esclusione degli esuli dalla tregua, la pace prospettata da Neo, come afferma lo stesso Oracolo, risulta di difficile conseguimento, altresì s'instaura una condizione tipicamente post bellica del tutto simile ad una guerra fredda. Dubbio, insicurezza, senso di precarietà, malcontento aleggiano tra le tre razze in gioco a tal punto da istaurare una controproducente corsa ai ripari, nonché ad un celato perseguimento delle proprie rispettive finalità.

Il tutto in definitiva si concretizza con la nascita di tre forze principali:

• Zioniti: organizzazione gestita da uomini, il cui fine primo consiste nel tutelare il diritto di scelta in modo da garantire a ciascun umano la possibilità di determinare il proprio destino.

• Machinist: organizzazione condotta dalle macchine, alle quali interessa esclusivamente indipendentemente dalla schiavitù o libertà degli umani che il loro sostentamento energetico non si interrompa.

• Merovingian: organizzazione coordinata da esuli, più precisamente dal Merovingio, il cui obbiettivo è favorire il ritorno ad una Matrice di vecchio stampo (pre-tregua) in modo da garantirsi esistenza e posizioni di potere conquistate.

Per raggiungere tali obiettivi ciascuna organizzazione cerca di accaparrarsi il maggior numero di pillole-rosse attraverso l'operato dei tre rispettivi controllori: Tyndall, Agente Gray e Flood.

Come avremo modo di vedere, però, all'interno delle stesse organizzazioni fomenteranno differenti scuole di pensiero in alcuni casi tanto radicali da esser bandite o perseguite per l'insita pericolosità nei confronti della tregua.

Ovviamente non mancheranno i così detti “lupi solitari” che prediligeranno agire al di fuori degli schemi organizzazionali nell'intento di perseguire traguardi del tutto personali (molto spesso ben più onorevoli). È il caso di Seraph, che pur essendo un esule, si prefigge unicamente di tutelare l'Oracolo opponendosi indistintamente contro coloro i quali intendono perseguitarlo. Od anche, lo stesso Oracolo che pur non influenzando le scelte di fazione delle red-pills tenderà a perseguire la pace prospettata da Neo favorendo collaborazioni tra squadre rivali.

In quanto nuove red-pills, è arrivato il momento di decidere con chi schierarsi, visto che anche il più insignificante contributo potrebbe determinare l'estinzione o la salvezza di una o della totalità delle razze in gioco.

TRAMA

	Nell'appartamento dell'Oracolo, Sati racconta di aver avuto problemi con il sole perché non riusciva a tenerlo su. L'Oracolo ammette che dopo l'anomalia di Smith ci sono ancora alcuni impulsi errati nel sistema.
	Morpheus arriva dall'Oracolo. Rivela che dopo l'intervento di Neo si aspettava la fine della schiavitù di tutta l'umanità e quindi la riconquista della superficie, invece con questa tregua Neo è riuscito a salvare tutti, macchine, red-pills e blue-pills, evitando che tutti quelli che ancora non erano stati salvati morissero insieme alle macchine. Ora però si lamenta del fatto che le macchine non vogliono restituire i resti di Neo e permettere di riportarlo a Zion. Le macchine comunque garantiscono di non averlo riciclato.
	Morpheus va in missione per mettere una "bomba di codice" in una centrale di riciclaggio dell'acqua, ma uscendo gli viene fatto un agguato da un uomo con una maschera di porcellana. Inizialmente sembra che Morpheus sia riuscito a fuggire, ma viene raggiunto ed ucciso con ripetuti colpi di pistola.
	Avviene un incontro tra Niobe e gli agenti. Gli agenti dicono di non essere responsabili di questo evento. Alcuni red-pills non credono a questa versione, ma Niobe dice che indagherà per capire la verità.
	Viene scoperto che ad eliminare Morpheus è stato un programma esule impazzito e ribellatosi al controllo dei suoi padroni (le macchine), pronto a distruggere tutto, un pò come fece Smith. Quando dipendeva dalle macchine il suo compito era di regolare il riciclaggio della "centrale elettrica" (era la routine che dosava il prodotto liquido degli uomini morti per nutrire i vivi). Dopo l'incidente Smith è stato sostituito, ma il suo esilio lo ha fatto impazzire come successe in un solo caso nel passato... Eliminando un leader umano (Morpheus) e un agente (Skinner) voleva provocare la distruzione del sistema e quindi dei suoi ex padroni, le macchine che dipendevano da quel sistema. Comunque, l'assassino era sotto il potere del Merovingio, il quale gli aveva detto di fermare Morpheus, ma non di ucciderlo.
	Niobe si reca nella camera del Merovingio e di Persefone per capire dove si trova l'assassino. Le viene rivelato che è un programma che può assumere tante sembianze poiché è formato da uno sciame di mosche e si nasconde nell'immondizia o le fogne.
	Una red-pill va su una chiatta di rifiuti con un'arma creata per eliminare il signore delle mosche. Dopo essere scampato ad un agguato, la red-pill riesce ad uccidere una gran quantità di mosche con l'insetticida appositamente creato per annientarlo, ma l'uomo delle mosche riesce a fuggire sfruttando una linea telefonica posizionata sulla chiatta. Anche la red-pill scompare per quel telefono.
	Momentaneamente sembra che questa minaccia sia stata debellata. Comunque ci sono persone che non credono nella morte di Morpheus: sembra che siano arrivate e-mail ad alcuni uomini di sua fiducia in cui Morpheus confermava di aver inscenato la sua morte usando un simulacrum per poter agire nella massima ombra. Inoltre sembra siano state ritrovate delle registrazioni di Morpheus che parla delle sue speranze sulla ricerca di Neo.
	Intanto i red-pills zioniti si sono divisi tra i fedeli al comando militare e chi segue Niobe, distaccatasi dal comando di Zion contro gli ordini di Lock per indagare sulla fine di Mopheus. Inoltre c'è la questione di un amante misterioso di Persefone e la minaccia di alcuni agenti dagli occhi rossi.