Wraith Todd manda un messaggio alla Spedizione: un Wraith ribelle ha ottenuto parecchi Zeta Pi Emme per alimentare una Nave Alveare potenziata, e se non sarà fermata, giungerà  sulla Terra

Il titolo originale,  'll Nemico alla Porta'  -Il Gate, qui, è anche un riferimento allo Stargate

Nell'episodio c'è un omaggio a Don Davis, scomparso nel 2008 per un infarto e al suo personaggio Generale Hammond [ Sam Carter rivela che assumerà il comando dell'astronave , la 'Generale Hammond.' (ex Phoenix).]

Per la prima volta compare Il Maggiore Paul Davis [Colin Cunningham] comparso nella serie di  STARGATE SG-1, per la prima volta in 2x16 Stato di Massima Gravità [A matter of Time]  del 1999

Il nome della Nave Sun Tzu , è un riferimento al Generale Cinese Sun Tzu, che è anche l'autore del Libro ' L'arte della Guerra'

Sheppard  (riferendosi a Ronon) menziona il personaggio di Star War ( Guerre Stellari)  Chewbacca [in italiano si pronunciava: Ciùbecca] (chiamato anche Chewie) Chewbacca  era il co-pilota sulla Nave di Ian Solo [Han Solo], il  Millennium Falcon

Woolsey menziona Il Generale O'Neill

Sheppard affibbia a Ronon, per la quinta volta, il soprannome di Chewbacca:  2x05 Un accordo di sangue, 4x02 Salto nell'iperspazio, 5x04 Variazioni Daedalus ,  5x18 Identità (e la quinta in questo episodio)

Todd il Wraith e Sheppard fanno riferimento all'episodio 5x17 Infezione (quando  Sheppard commenta in modo ironico che l'ultima volta che l'ha visto [Todd] non aveva un bell'aspetto , ma che ora lo trova 'di bell'aspetto', e il Wraith commenta ugualmente ironico che la Cura ha avuto successo sebbene sia stato dolorosa in modo atroce)

Todd il Wraith e Woolsey fanno riferimento all'episodio 4x12 Bottino di guerra (quando Woolsey chiede a Todd dove proviene lo Zeta Pi Emme che è in suo possesso; Todd gli rammenta di averli ricuperati alcuni prima che La Città dei Replicatori fosse distrutta; Woolsey ricorda  però che andarono persi quando  Sheppard distrusse la Struttura dei cloni

Rodney fa un riferimento (rispettivamente) agli episodi: 3x08 Mckay e la Signora Miller , 5x04 Variazioni Daedalus , 5x19 Vegas ( quando Kavanagh afferma che hanno problemi a decifrare un messaggio perché esso è intrecciato con una radiazione residua a loro sconosciuta; ma Rodney replica di sapere da dove proviene il segnale :  è stato inviato da un'altra realtà perché ha già incontrato quel tipo di radazione quando ha incontrato una versione di se stesso  e  un'altra Daedalus)

Rivediamo Kavanagh , che ora lavora sulla Daedalus (l'ultima volta si è visto in 4x17 L'Invasione dei Wraith )

Rodney menziona il termine 'Chair Interface Aptitude' [Propensione all'Interfaccia della Poltrona di Comando] e che hanno creato una graduatoria,  Carson replica che dopo Sheppard, lui sia il numero due.

Carson, si siede nuovamente sulla Poltrona, e fa volare la Città di Atlandide.

Sam rivela a Sheppard che assumerà il comando dell'astronave , la 'Generale Hammond.' (ex Phoenix) ; rivela anche che il Generale è morto d'infarto , mentre lei era su un altro Pianeta in quel momento.

ATLANTIDE - in una stanza sorvegliata :Todd rivela alla Spedizione di essere stato in grado di ritornare ad essere leader dell'Alleanza ma che di recente è stato attaccato da uno dei suoi subalterni, il Wraith ribelle ha ottenuto uno Zeta Pi Emme . Woolsey chiede a Todd dove proviene lo Zeta Pi Emme ; Todd gli rammenta di averli ricuperati alcuni prima che La Città dei Replicatori fosse distrutta; Woolsey ricorda  però che andarono persi quando  Sheppard distrusse la Struttura dei cloni; Todd rivela che ne avesse di più quanto avesse rivelato; rivela anche che a causa della natura organica delle [navi] Alveari crea delle indubbie incompabilità con la tecnologia degli Antichi, ha messo al lavoro i suoi migliori scienziati e di recente uno di loro ha avuto successo; la Nave è in fase di realizzazione e se loro agissero tempestivamente potrebbero distruggerla prima che diventi inarrestabile

DAEDALUS - Prigione: Todd si lamenta con Sheppard per avergli rimosso il trasmettitore subspaziale e di avergli fatto indossare un  ridicolo abbigliamento; Sheppard replica di averlo fatto per quello che è successo l'ultima volta sulla Daedalus.

Sheppard ha un piano: uscire in anticipo dall'iperspazio prima di entrare nel raggio dei sensori e andare a controllare la Nave col Jumper, Rodney suggerisce di rimanere occultati e comunicare tramite subspazio su un canale sicuro; putroppo scoprono che i Wraith della Nave hanno trovato il modo di aumentare la sensibilità dei loro scanner e riescono a vederli sebbene occultati.

La Daedalus e l'Aveare ingaggiano battaglia, ma alla fine, l'Alveare entra nell'Iperspazio e sparisce. La Daedalus ha subito dei danni e i Sistemi dei controlli dell'Iper-propulsore [hyperdrive] sono andati completamente distrutti e quindi sono bloccati in quella zona di Spazio.

Kavanaugh (che ora lavora in sala macchine), comunica a Rodney di aver rilevato un segnale subspaziale poco prima che la [nave] Alveare  saltasse nell'Iperspazio; Rodney realizza che il segnale è in codice Wraith;  Kavanagh afferma che hanno problemi a decifrare un messaggio perché esso è intrecciato con una radiazione residua a loro sconosciuta; ma Rodney replica di sapere da dove proviene il segnale :  è stato inviato da un'altra realtà perché ha già incontrato quel tipo di radazione quando ha incontrato una versione di se stesso  e  un'altra Daedalus ; Caldwell chiede spiegazioni e Rodney  afferma che qualche Wraith, da qualche parte, in un'altra realtà, ha inviato un segnale codificato, e che qualunque mezzo hanno usato per accedere al sub-spazio ha creato una Frattura, permettendo al segnale di attraversare delle realtà multiple, inclusa la loro.

Caldwell afferma che oltre alla Daedalus, hanno disposizione la la Apollo e la Sun Tzu; la Odyssey, comandata dal Colonnello Ellis è in Missione segreta. Rodney ipotizza che la Nave Alveare Potenziata dovrà , prima o poi, uscire dall'iperspazio ad un certo punto durante il tragitto per far rigenerare lo scafo e che lui potrebbe i dati dei sensori dal Jumper per estrapolare la sua posizione. Rodney traduce il messagggio.....sono coordinate per la Terra. Rodney ipotizza che la Nave Alveare potenziata abbia captato il messaggio e sia andata alla Ricerca della Terra ben sapendo che è un 'terreno di pascolo' molto più ricco di qualsiasi altro, nella Galassia di Pegaso e che sono alla ricerca di quelle coordinate da anni.

La Squadra ritorna su Atlantide. Woolsey rivela  al resto della Squadra il contenuto del messaggio  subspaziale inviato dal Colonnello Ellis : la Apollo ha attaccato l'Alveare purtroppo senza molto successo (la Nave Alveare ha subito solo lievi danni), La Sun Tzu è rimasta danneggiata e che la Apollo trasferirà a bordo il suo equipaggio; purtroppo i motori della Apollo sono fuori uso e che per arrivare al più vicino Stargate ci impiegheranno almeno un mese. Woolsey afferma che senza queste due , la Nave Alveare avrà campo libero per arrivare fino alla Terra. Rodney replica che in effetti c'è ancora una Astronave che può difendere la Terra....Atlantide. L'unico problema è che devono trovare 3  Zeta Pi Emme per alimentare al 100% la Città.

Sheppard va da Todd e gli ordina di rivelare dove ha preso i Zeta Pi Emme, se collabora potrebbe 'migliorare la sua attuale situazione.' Todd cede e la Spedizione acquisisce 3 Zeta Pi Emme .Woolsey manda Sheppard sulla Terra ,alla Piattaforma Antica delle Armi, l'altra unica Linea di Difesa della Terra e che Il Generale O'Neill vuole che sia lui a sedersi sulla Poltrona di Comando. Intanto Rodney  scopre che sarà Carson a far volare 'la Città' usando la  Poltrona. Woolsey ordina di alzare lo Scudo di Atlantide. Gli stardrive della Città si accendono e la Città si solleva, prima dall'oceano, poi nel cielo e nell'iperspazio

Sheppard raggiunge l'SGC (tramite lo Stargate)  e scopre che Sam al Comando, ma solo fino al ritorno del  Generale Landry, il quale dirigerà una task-force a Washington. Sam conduce Sheppard alla Sala Riunione trasformata in una Centrale; qui presenta al Colonello il Maggiore Davis, prestosto alla Sicurezza Planetaria [ Homeworld Security] I tre si voltano a guardare uno schermo su cui compare la grafica della Terra e della Luna con una luce rossa che lampeggia vicino al nostro saltellite... Davis rivela a Sheppard  che si tratta della  Nave Alveare. arrivata appena prima del suo arrivo e che uscita dall'Iper-spazio  ha stabilito un'orbita attorno alla Luna ; Sheppard si stupisce perché credeva che il suo arrivo [della Nave] fosse previsto molto più in là. Sam crede che stiano completando i potenziamenti degli Zeta Pi Emme prima di lanciare un attacco. Sheppard chiede se hanno a disposizione degli  F-302, il Maggiore Davis afferma che la Squadriglia in permanente stand-by per la Difesa della Terra a loro disposizione sono attrezzati solo per svolgere delle funzioni di caccia intercettatore.

Il piano di  riadattamento di un F302 per permettere a Sheppard di tentare un attacco fallisce ancora prima di iniziare, Sam gli comunica che hanno rilevato un'ondata in arrivo di Dardi ; Il Maggiore Davis ipotizza l'obiettivo dei Dardi...'la Poltrona dei Droni', che è stata spostata all'Area 51, proprio come era successo nella 'Realtà alternativa da cui proveniva il messaggio Wraith.

L'ultima Scena

La serie si conclude con la Città-Astronave di Atlantide, ormai atterrata , ed occultata, all'interno della Baia di San Francisco davanti al Golden Gate...naturalmente quella zona è stata  posta OFF-LIMITS dai Militari