Lo stesso Padre Pio dirà poi a proposito della sua vestizione:"Se si sapesse che straccio di abito indossai nel 1903... Eppure nessun abito mi pareva più bello di quello".

   Secondo un'antichissima consuetudine, per rendere ancora più netto il distacco dal mondo, gli viene cambiato anche il nome: da questo momento Francesco Forgione diventa fra Pio da Pietrelcina. Un nome che forse gli viene suggerito dalla sua devozione verso il santo martire il cui corpo è custodito nella Chiesa di Sant'Anna a Pietrelcina.

   L'ambiente dove fra Pio trascorre il noviziato è di una povertà estrema. Una cella povera e nuda, il letto duro su cui si dorme vestiti, il cibo scarso e rustico, il convento freddo e gelido d'inverno, il sonno interrotto a mezzanotte per la preghiera notturna; l'andare sempre a piedi nudi con i sandali; fare la "disciplina" tre volte la settimana (cioè flagellarsi sulle nude carni, pensando alla passione di Gesù); digiunare per tre Quaresime, oltre a tutti i venerdì dell'anno; fare ogni giorno diverse ore di preghiera in comune e dedicare molto tempo alla preghiera personale; osservare il silenzio perpetuo, salvo il breve tempo della ricreazione in comune; andare sempre con gli occhi bassi in convento e fuori: tutte queste norme e pratiche di austerità riempiono la vita dei giovani novizi che devono lasciarsi forgiare dal loro maestro spirituale nel rinnegare l'uomo vecchio (Rm 6,6) dentro di sé e lasciarsi ricreare nell'uomo nuovo dal dinamismo dello Spirito.

   Il maestro dei novizi è chiaramente colpito dall'impegno di perfezione di fra Pio da Pietrelcina. Ai suoi occhi il giovane fraticello è un <modello di religioso.   Ciò significa che ogni norma anche minima della vita di novizio è da lui osservata con fedeltà pura e integra.

   All'ombra del convento di Morcone, fra Pio percorre i primi passi che lo porteranno poi alle grandi altezze della mistica. Qui,  fra Pio da Pietrelcina cerca di vivere la regola francescana. Così egli pratica, ad esempio, l'andare sempre con gli occhi bassi. Persino quando la mamma lo va a trovare e gli porta i dolci che a lui piacciono tanto,  se ne sta con gli occhi bassi e con le mani infilate nelle maniche.

   La mamma ci rimane male e se ne va con il cuore amareggiato. "Perché - si domanda - Francesco si comporta in quel modo. Se avessi saputo che si fosse comportanto in questo modo non sarei proprio venuta a Morcone".   

   Tornata a Pietrelcina mamma Peppa racconta ogni cosa a papà Grazio, tornato da poco dall'America. Al sentire queste cose, Grazio decide di partire per Morcone e prendersi Francesco, prima che nel convento si rovini la salute, magari fino a "scimunirsi".

   E quando si presenta al convento di Morcone, ci vuole del bello e del buono per fargli capire che fra Pio aveva avuto questo atteggiamento con la mamma solo per osservare fedelmente la disciplina del noviziato, e non perché stesse male in salute o si stesse "scimunendo".

   In seguito, ricordando quell'incontro con i genitori, Padre Pio dirà: "Mi era proibito parlare e alzare gli occhi verso i familiari senza il permesso del maestro, e io obbedivo. I miei, invece, pensavano che io mi fossi scimunito... Io avrei tanto voluto gettarmi al loro collo per abbracciarli".

   Fra Pio da Pietrelcina termina l'anno di noviziato il 22 gennaio del 1904. Durante una cerimonia solenne, alla quale assistono mamma Peppa e altri parenti, fa la professione semplice, insieme ad altri compagni. Tre giorni dopo i neo professi lasciano il convento di Morcone per trasferirsi in quello di Sant'Elia a Pianisi, dove riprendono gli studi.

   Dopo il noviziato fra Pio riprende gli studi per la preparazione al sacerdozio. Viene mandato, in un primo tempo, nel convento di Sant'Elia a Pianisi.. E qui, in terra Molisana, si intensificano le visioni celesti. Gradualmente, mentre il giovane frate approfondisce gli studi teologici e cresce nella vita ascetica, crescono anche i fenomeni carismatici. Al suo confessore, Padre Agostino, che in una lettera gli aveva chiesto, da quando tempo Gesù aveva cominciato a favorirlo delle sue visioni celesti, Il 10 ottobre del 1915 Padre Pio risponderà:"Se male non mi appongo, queste dovettero incominciare non molto dopo il noviziato".

   Nell'ottobre del 1905 Padre Pio si trasferisce con altri confratelli, che si preparano al sacerdozio, nel convento di San Marco La Catola, in provincia di Foggia. Qui conosce colui che sarà il suo principale direttore spirituale: Padre Benedetto di San Marco in Lamis.  Intanto la salute del giovane frate va peggiorando. La tosse e i dolori al petto lo assillano continuamente. Si pensa che sia malato di Tisi. E allora, alla fine del 1906, i superiori, preoccupati per lui, decidono di mandarlo a Pietrelcina speranzosi che l'aria del paese natio lo aiuti a ristabilirsi. Anche negli anni successivi, fra Pio farà spesso ritorno alla sua amata Pietrelcina. E, ogni volta che   tornerà nel paese natio, si rimetterà  in salute. Ma, appena tornerà in convento, le sofferenze di prima si ripresenteranno puntualmente.

   La domenica del 27 gennaio del 1907, a Sant'Elia a Pianisi, fra Pio, quasi ventenne, Fra Pio emette la solenne professione religiosa. Il 16 aprile dello stesso anno viene a Benevento e si presenta al distretto militare per la visita di leva. I medici non riscontrano in lui alcuna patologia, dichiarandolo abile al servizio di leva.

   Nell'autunno del 1907 Grazio Forgione, papà di fra Pio, viene invitato a venire a prende-re il figlio nel convento perché "sono quindici giorni che non mangia nulla". Si sospetta che abbia la Tisi. Alla richiesta dei frati, Grazio risponde:"Se deve morire, è meglio che muore a casa sua".

   Fra Pio è così debole che viene aiutato da due frati per vestirsi e scendere giù dalla cella. Temendo fortemente per la salute del figlio, benché sia povero, decide di prendere una carrozza per raggiungere la vicina stazione. Compra due biglietti di prima classe per far viaggiare il figlio in treno comodamente e, giunti a Pietrelcina, prende ancora una carrozza per arrivare fino al paese.

   Appena giunti al borgo, fra Pio recupera la salute e dice al padre:"Tu vai pure avanti. Io scendo qui e vado a salutare mia sorella Felicita". Grazio prosegue stupito per la trasformazione repentina del figlio e arrivato a casa, alla moglie che gli chiede di fra Pio, risponde:"Viene appresso". Poco dopo entra il giovane Fra Pio e chiede a Peppa: "Mamma, che fai per cena?", abbracciandola teneramente. "Rape", risponde Peppa. "Stasera allora fai la pietanza mia. Sono quindici giorni che non mangio. Ho una gran fame". Ed a tavola, dopo aver mangiato la porzione di tutti e tre, conclude:"Oggi ho riparato per tutti i quindici giorni". Ancora una volta Pietrelcina ha trasformato fra Pio ridandogli quella buona salute che altrove egli non riesce ad avere.

   Durante il secondo anno del corso teologico, il 19 dicembre del 1908, fra Pio da Pietrelcina riceve gli ordini minori. Il 21 dicembre riceve a Benevento il suddiaconato.