La Chiesa, posta di fianco al Chiostro, nella sua struttura ha subito vari interventi di restauro. La facciata in travertino, eseguita nel 1926, riproducendo la composizione architettonica preesistente, presenta un finestrone centrale ed un timpano fiancheggiato da anfore, mentre alla sommità è collocata la statua della Madonna Immacolata.

Il portone ligneo del 1500 fu acquistato nel 1947 dalla soppressa chiesa della S.S. Trinità. Ai lati, in due nicchie, furono inseriti due affreschi del '700 raffiguranti S. Antonio da Padova e S. Giacomo della Marca, venuti alla luce durante il restauro del 1926 e provenienti dal precedente prospetto.
All'interno la chiesa presenta un'unica navata centrale con copertura a volte, dove il gusto barocco è riconoscibile nelle ricche decorazioni in stucco. L'altare maggiore risale alla fine del '600; è in marmo riccamente ornato, con due busti d'angelo ai lati. La tela posta sull'altare rappresenta S. Francesco che riceve le stimmate. L'opera, datata 1737 è  firmata Antonio Gamba, allievo di Francesco Solimena, è caratterizzata da un forte chiaroscuro.

 Su ciascuno dei due lati si aprono tre cappelle: nella prima a destra è conservata una statua lignea raffigurante Il Santo con il Cristo Crocifisso, proveniente dall'altare maggiore e donato nel 1663 dalla nobile famiglia Vulcano. Nella prima delle tre cappelle di sinistra si può invece notare uno squarcio di una colonna tufacea che faceva parte della vecchia costruzione. Più evidenti e significativi sono gli elementi architettonici in tufo del sec. XIV portati alla luce durante i recenti lavori di restauro ad una piccola sala annessa alla chiesa: un arco sorretto da colonne che terminano in capitelli ricchi di decorazioni floreali.
Due pregevoli tele sono conservate nella terza cappella a destra: sull'altare Il Transito di San Giuseppe di gusto tardo manieristico; l'altra tela di forma ovale, sulla parete sinistra, rappresenta S.Antonio Abate con Santa, ed è riconducibile ad un seguace dello Stanzione.
I dipinti raffiguranti i Santi francescani S.Biagio e S.Lucia, posti negli ovali ai lati degli altari, sono di modesta fattura. I confessionali lignei risalgono al 1800.
Della trecentesca ristrutturazione francescana, oggi resta soltanto un'arcata angioina posta in coincidenza del passaggio dalla vecchia sacrestia alla chiesa, i cui capitelli presentano una decorazione a motivi vegetali, che alleggerisce l'impianto cubico di gusto romanico. Con il restauro dei primi decenni del secolo XX, la navata centrale fu coperta da volte, le cappelle laterali rifatte, fu realizzato l'attuale presbiterio, con il prolungamento dell'abside e il coro cinquecentesco sostituito da un impianto a T con al centro il nuovo altare.