La maggior parte degli enzimi di restrizione si lega a sequenze specifiche del DNA (detti siti di restrizione) che sono simmetrici attorno al loro punto mediano.
La figura mostra il sito di restrizione per l'enzima EcoRI sul DNA. L'asse di simmetria non implica che quello sia il punto in cui l'enzima taglia l'asse, come vedremo dopo.
Questo è l'enzima EcoRi, di Tipo I, dell'escherichia coli

Questo è l'enzima pstI di tipo II, che riconosce un'altra sequenza di basi per scindere il DNA (animazione 2b0d)

Questo è l'enzima di restrizione smaI che riconosce ancora un'altra sequenza di basi nel DNA, Tipo III, smaI.