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Una grossa difficoltà che ostacolava tutte le teorie sull’Evoluzione era l’evidente lentezza dei cambiamenti delle specie. A memoria d’uomo non si conoscevano casi di trasformazione di una specie in un’altra . Pertanto, se un processo del genere si fosse effettivamente svolto, esso avrebbe richiesto centinaia di migliaia di anni , mentre tutti erano convinti che la Terra dovesse avere non più di seimila anni, in base a quanto si trovava scritto nella  Bibbia.
Un primo, fondamentale, cambiamento si ebbe nel 1785 quando James Hutton (1726-97)pubblicò un libro intitolato Teoria della Terra, nel quale esaminava il modo in cui l’azione dell’acqua, del vento e delle intemperie modificava lentamente la superficie terrestre. Egli sosteneva il “principio uniformitario”, secondo cui questi fenomeni si erano svolti sempre nello stesso modo e con la stessa velocità: era, quindi, evidente che per spiegare fenomeni di trasformazione giganteschi come la formazione delle montagne, l’erosione delle gole dei fiumi, ecc., occorrevano enormi periodi di tempo. Pertanto la Terra doveva avere un’età di milioni di anni.
Questa nuova concezione riguardo l’età della Terra aiutava anche a spiegare il problema dei fossili. “Fossile” è una parola di origine latina che significa “scavare” , e si applicava in origine a qualsiasi cosa estratta dal suolo. Quelli che interessavano gli studiosi erano i fossili simili alle pietre che sembravano possedere strutture come quelle degli organismi viventi.  Non si poteva accettare l’idea che le pietre imitassero per caso delle forme di vita, cosicché la maggior parte degli studiosi ritenne che si trattasse di organismi una volta viventi, che in qualche inspiegabile modo si erano trasformati in pietra. Potevano, forse, essere i residui del diluvio di Noè; se però la Terra era vecchia come sosteneva Hutton, poteva darsi che si trattasse di residui antichissimi nei quali la sostanza originaria era stata sostituita molto lentamente dal materiale pietroso circostante.
Allo studio dei fossili si dedicò anche Cuvier, che si era occupato anche dei metodi di classificazione degli animali, imperniandola su quelle caratteristiche che indicavano rapporti di struttura e di funzionamento, anziché somiglianze esterne come aveva fatto Linneo. Al suo occhio esperto che riusciva a ricostruire interi organismi dalle loro parti, i fossili apparivano non soltanto simili ad organismi viventi: essi possedevano caratteristiche che li assegnavano chiaramente ad uno dei tipi che egli aveva stabilito. Cuvier spinse la conoscenza della biologia fino nel lontano passato e fondò la scienza della paleontologia, lo studio delle antiche forme di vita. I fossili, come apparivano a Cuvier, sembravano rappresentare i documenti di un’evoluzione delle specie. Quanto più un fossile era profondo e antico, tanto più si differenziava dalle forme di vita esistenti, e alcuni di essi potevano essere disposti in ordine consecutivo in un modo che sembrava dimostrare un cambiamento graduale.
Tuttavia Cuvier era un uomo molto religioso e non poteva accettare l’idea di un’evoluzione delle specie; adottò, invece, la teoria delle catastrofi”, secondo cui la Terra, pur essendo effettivamente molto antica, andava soggetta a cataclismi periodici durante i quali tutta la vita veniva eliminata. Dopo ognuno di questi cataclismi comparivano nuove forme di vita, del tutto diverse da quelle esistenti in precedenza.
Questo catastrofismo” non si conciliava con la teoria uniformitaria di Hutton: nel 1830 il geologo scozzese Charles Lyell iniziò la pubblicazione dei Principi di Geologia in cui divulgava le opinioni di Hutton e riuniva le prove che dimostravano che la Terra subisse soltanto cambiamenti graduali e non dovuti a cataclismi.
E in verità i continui studi sui fossili davano ragione a Lyell. Negli archivi degli strati geologici sembrava che non esistesse alcun punto in cui fosse stata eliminata tutta la vita. Alcune forme sopravvivevano a ciascun periodo nel quale si sarebbe dovuto verificare un cataclisma. In realtà, alcune forme che vivono attualmente esistono praticamente immutate da molti milioni di anni.
Il catastrofismo fu l’ultima resistenza scientifica contro la teoria dell’evoluzione. Verso la metà del XIX secolo le condizioni erano ormai mature per questo passo in avanti e l’uomo che lo avrebbe compiuto era già sulla scena.