Shinji Ikari è stato chiamato a Neo Tokyo-3 da suo padre, Gendo. Quando lui arriva, trova le strade abbandonate, tutti i servizi pubblici chiusi e nessuno in vista. Presto Shinji scopre il perché: una figura gigantesca sbuca dalla parte posteriore di una collina, circondata da elicotteri militari dell'ONU. Ma cos'è quella creatura enigmatica che sembra passare tra il fuoco dei missili come se nulla fosse?
Shinji è salvato dalla battaglia da Misato che si aspettava di trovarlo alla stazione ferroviaria. Lei lo porta al quartiere generale della NERV, la sede centrale di una organizzazione segreta guidata da suo padre. Nel frattempo, anche la mina N² si dimostra inefficiente contro l'Angelo e il comando dell'operazione viene trasferito alla NERV ed a Gendo.
Alla NERV, Shinji incontra la Dr.ssa Ritsuko che lo porta ad incontrare suo padre e quella che sarà la sua nuova attività: un vita sintetica, "Evangelion", apparentemente l'ultima difesa dell'umanità contro gli Angeli. Shinji inconta suo padre, e la vecchia animosità si riaccende, soprattutto visto che Shinji dovrà pilotare l'Evangelion contro l'Angelo che sta attaccando. Inizialmente Shinji rifiuta, ma le circostanze lavorano contro di lui...

La battaglia contro l'Angelo comincia! Sfortunatamente non va molto bene, Shinji e l'Evangelion subiscono gravi danni dall'Angelo attaccante. Shinji cade inconscio, solamente per svegliarsi in una stanza d'ospedale senza alcun ricordo degli eventi della notte precedente.
Misato viene a prendere Shinji all'ospedale, ed è testimone dell'animosità tra Shinji e suo padre. Provando pietà per lui, decide di ospitare Shinji a casa sua. Egli ha alcuni dubbi riguardo a questo quando scopre il modo di vivere di Misato.
Di notte, la memoria di Shinji comincia a ritornare e lui ricorda quello che realmente accadde durante la lotta contro l'Angelo e quello che lui scoprì a bordo dell'Evangelion come pilota.

Non in grado di affrontare la pressione, Shinji fugge dalla NERV e vaga senza meta intorno a Neo Tokyo-3. Misato dice a Ritsuko che se Shinji non è in grado di affrontare i suoi sentimenti, non sarà più in grado di pilotare l'Evangelion, e si rivede la disputa avuta con Shinji dopo la battaglia con l'ultimo Angelo.
Shinji finisce per vagare nella campagna intorno a Neo Tokio-3 dove incontra il suo compagno di classe, Kensuke, e rimane nella sua tenda per la notte. La mattina, il servizio di sicurezza della NERV arriva per riportare Shinji alla NERV.
Tornato alla Quartier Generale della NERV , Shinji decide di dimettersi dalla sua posizione di pilota dell'Evangelion. Sulla via al treno che lo riporterà a casa, incontra di nuovo i suoi compagni di classe. Touji domanda a Shinji di colpirlo. Misato finalmente capisce nel frattempo, la problematica personalità di Shinji e corre alla stazione ferroviaria, tentando di arrivare prima del treno.

Shinji, è stato seriamente ferito dall'Angelo, e sottoposto a cure intensive. Con la fermata dell'Angelo direttamente sopra la sede centrale della NERV e l'inizio della perforazione su di esso, spetta a Misato trovare un piano per fermare l'attacco prima che penetri nel Geofront entro dieci ore. Dopo aver sperimentato varie tattiche, lei decide di tentare un attacco a lungo raggio con un cecchino usando un cannone positronico.
Con un tempo limitato, la NERV deve contare su equipaggiamento di ripiego e macchinari militari non testati per realizzare l'operazione nel tempo massimo previsto. Inoltre, il cannone richiederà enormi quantitativi di energia elettrica per essere in grado di penetrare le difese dell'Angelo. Misato deve trovare un modo per irrigare abbastanza elettricità. Nel frattempo, Shinji e Rei si perparono per l'operazione. Parlando tra loro, Shinji scopre come è realmente strana la personalità di Rei.
Tutto è pronto per l'attacco mentre il tempo scorre, ma l'Angelo non si rassegna facilmente al suo fato. Sembra essere consapevole del piano della NERV e comincia un'offensiva mentre continua a passare attraverso la difesa a strati. Seguite da vicino questo episodio - è una delle lotte più difficili contro gli Angeli dei primi episodi!

Shinji fa molte scoperte interessanti: lui nota che non c'è alcuna informazione disponibile sugli Eva, e la Dott.ssa Akagi gli dice la verità dietro al Second Impact. Si noti l'espressione acida sulla faccia di Misato mentre Ritsuko parla... la ragione di ciò verrà rivelata negli ulitimi episodi.
Misato e Ritsuko viaggiano nella vecchia Tokyo per presenziare alla scoperta di una nuova arma contro gli Angeli: Jet Alone, un robot gigante costruito da una società privata. Il JA usa un reattore nucleare per alimentarsi ed è completamente controllato dal computer - qual cosa che la compagnia ritiene sia una migliore alternativa ad un pilota. Ma il robot perde il controllo durante la prova ed il suo reattore tende a surriscaldarsi, provocando un pericolo di imminente fusione.
Shinji e l'EVA-01 vengono chiamati in causa per intercettare il robot. Il solo modo per fermarlo è entrare al suo interno e cancellarne il programma. Ma qualche cosa va storto - il computer non risponde alla corretta parola d'ordine. Qualcuno ha alterato il programma. Sembra non ci sia modo di prevenire la fusione. Ma chi ha sabotato il robot?

La classe di Shinji ed Asuka ha organizzato un viaggio ad Okinawa - ma i piloti devono rimanere a Neo Tokyo-3 di riserva in caso di un attacco di un Angelo. Mentre Shinji quietamente accetta ciò, Asuka no. Lei aveva dopo tutto, già comprato un costume da bagno per il viaggio.
La NERV ha un colpo di fortuna. Un Angelo, Sandalphon, è stato scoprerto in un vulcano attivo mentre è ancora in una fase di incubazione, racchiuso in un uovo. Gendo decide di eseguire una tattica offensiva, ed Asuka si candida per recuperare l'uovo dell'Angelo dalle profondità del vulcano. Lei e l'EVA-02 sono dotate dell'Equipaggiamento Tipo D fatto per le operazioni ad alta temperatura. Nel frattempo, Kaji ha una riunione con una oscura persona che sembra essere una spia.
I flussi del magma hanno condotto l'uovo maggiormente in profondità nel vulcano, e l'EVA-02 è costretta ad una discesa maggiore del margine di sicurezza. La ricerca si conclude con successo, ma l'Angelo si schiude, uscendo fuori della gabbia che lo tiene. Asuka scopre che l'Angelo ha acquisito abilità inquientanti a causa della sua incubazione nel flusso lavico. Le cose cominciano a farsi critiche per Asuka visto che l'Angelo danneggia l'Equipaggiamento Tipo D.

Una scena retrospettiva dell'anno 2000 ci rivela quello che accadde al Polo Sud durante il Second Impact... e che Misato era là.
Tornando al presente, Misato è stato promossa a maggiore grazie alla sua l'intraprendenza nella battaglia contro gli Angeli. Lei è anche temporaneamente al comando della NERV visto che Gendo e Fuyutski, sono in missione al Polo Sud per recuperare un certo manufatto... Il prossimo Angelo, Sahaquiel, sceglie questo momento per attaccare.
L'Angelo presenta un nuovo modo di utilizzo dell'AT Field come arma offensiva. Lascia cadere piccole particelle del suo corpo avvolte dall'AT Field ad alta quota, provocando distruzioni enormi. Infatti l'intero Angelo è solo una bomba enorme che può devastare l'intera Neo Tokyo-3 e la circostante regione... e sta capeggiando sulla NERV. L'Angelo sa anche come bloccare i radar, così la NERV è incapace di calcolare la sua traiettoria di caduta esatta.
Misato schiera gli Eva per intercettare l'Angelo, la loro disposizione è basata su... una supposizione! Loro possono salvare la città, se tutte e tre gli Eva ragiungeranno l'Angelo prima che colpisca il terreno.

La prima metà di quest'episodio è un riassunto dei primi episodi e dei loro eventi, concentrandosi principalmente sulle battaglie contro gli Angeli con alcuni addizionali commenti dei personaggi principali. Noi impariamo il nome di ogni Angelo eccetto l'ultimo. Noi siamo anche testimoni di Gendo che mente sull'attacco dell'undicesimo Angelo al comitato, indicando una frattura chiara nelle relazioni (e forse nei fini) tra la NERV e la SEELE.
La seconda metà comincia con il monologo di Rei... un monologo molto strano. Non si sa se abbia alcuna attinenza con la storia, ma è grande!
Un nuovo tipo di prova è stata fatta per i piloti e gli Evangelion: un prova di compatibilità dove i piloti si scambiano gli Evangelion. Tutti vanno bene fino a quando tocca a Shinji sedere nell'EVA-00. Lui ha una visione strana di Rei, e dell'Evangelion che va in berzerk. Apparentemente, l'EVA-00 prova antipatia ad avere un'altra persona come suo pilota.
Al quartier generale della NERV, Gendo e Fuyutsuki stanno discutendo dei vari piani ed operazioni della NERV, e sul progetto Adam... In un'ultima scena, vediamo Rei nell'EVA-00 che porta la Lancia di Longinus (tradotta come Lance qui) lungo un corridoio scuro in qualche luogo.

In una ennessima prova di sincronizzazione svolta, i risultati sono molti promettenti per Shinji; lui ora è il pilota col più alto tasso di sincronizzazione. Asuka è men che felice di questo sviluppo; si suppone che lei sia la migliore pilota esistente!
Un oggetto strano, rotondo appare in aria sopra Neo Tokyo-3. I sensori lo indentificano con il codice arancio, ed i MAGI non riescono a decidere se è un'Angelo. Tutti e tre gli EVA sono spediti contro di lui. Così Shinji, agendo contro gli ordini, attacca la sfera, i sensori impazziscono. Il codice dell'oggetto diviene rosso. Il prossimo Angelo, Leliel, è arrivato. Qualche cosa di strano accade; l'ombra dell'Angelo ingoia l'Unità-01. L'ombra sul terreno, e non la sfera in cielo, sembra essere la minaccia principale. La NERV è costretta a ritirarsi, lasciando Shinji dentro l'ombra.
L'ombra dell'Angelo si estende per un diametro di 600 metri, ingoiando tutto al suo interno, incluso gli edifici. Ritsuko sviluppa una teoria sulla vera forma dell'angelo. L'ombra sul terreno è l'Angelo, che sfrutta un AT Field invertito, e la sfera nel cielo è un ombra gettata dall'Angelo. Lei anche sviluppa un piano per distruggere l'Angelo, usando tutte le mine N² ed i rimanenti EVA. In base a queste condizioni, il recupero del pilota vivo diviene irrilevante... Questo provoca tensioni tra Misato e Ritsuko.
Nel frattempo, Shinji sta iniziando a perdersi all'interno dell'EVA. Lui effettua una chiacchierata sulle proprie paure, desideri ed odio con un'altra persona che pare sia... se stesso. Nel momento in cui il suo supporto vitale si esaurisce, ha una visione di sua madre (e legge attentamente i titoli del giornale. Alcuni interessanti suggerimenti sono inseriti fra loro).
Nel momento in cui il piano di Ritsuko è pronto, l'Unità-01 si riattiva, anche se le sue batterie sono esaurite, e fugge dall'Angelo, distruggendolo nel processo. Gli Evangelion contengono segreti oscuri che Gendo e Ritsuko non vogliono rivelare.

Le tensioni sembrano aumentare con l'arrivo in Giappone dell'Unità-03. Kensuke sta disperatamente cercando di diventare un pilota dell'EVA, ed ha anche chiesto aiuto a Misato. Asuka è di cattivo umore, da quando ha appreso l'identità del nuovo pilota. Hikari si sta innamorando di Toji. E Toji... sta assumendo il suo nuovo ruolo di Forth Children e di pilota abbastanza male.
La prova di attivazione dell'Unità-03 si svolge sul monte Matsushiro. Tutto va bene fino alla limite assoluto... poi l'EVA impazzisce. Un Angelo ha invaso il corpo dell'unità e ha preso il controllo. Bardiel è stato attivato.
I tre EVA sono messi in azione contro l'Angelo. L'Angelo si libera velocemente delle Unità-00 e 02 nell'ordine, poi affronta Shinji e l'Unità-01. Nonostante gli attacchi dell'Angelo, Shinji rifiuta di combatterlo perché c'è un pilota a bordo
Gendo, comandando la missione, taglia Shinji via dal circuito e prende l'Unità-01 sotto il controllo del dummy plug di Rei. Sotto il nuovo controllo, l'Unità-01 attacca l'Angelo spietatamente, riducendolo finalmente in una polpa di sangue. Poi va dopo verso l'entry plug dell'Unità-03...
Si noti, come le morti dei due ultimi Angeli a causa degli Evangelion (non dei piloti) sono state presentate in un maniera estremamente violenta e con molto sangue. Gli Evangelion certamente hanno un problema attitudinale di qualche genere.

Shinji è arrabbiato con Gendo per aver utilizzato il dummy plug per distruggere l'Angelo e quasi per uccidere Toji. Lui rifiuta di uscire dell'EVA e minaccia anche di attaccare la sede centrale, finché Gendo troncherà le sue brevi minacce. Gendo ordina di aumentare al massimo il LCL, che rende Shinji incosciente. Lui viene trasportato nello stesso ospedale dove Toji sta recuperando.
Quando Shinji riprende i sensi, Gendo l'accusa di molteplici violazioni criminali. Shinji si dimette dalla sua posizione di pilota. Gendo desidera che non si vedano mai più. Ancora una volta, Shinji viene portato alla stazione ferroviaria... Misato gli rivela che tutti i compagni di classe di Shini sono candidati di quarto livello, piloti qualificati dell'EVA. Lei dichiara anche in modo chiaro che desidera di vedere tornare indietro Shinji...
Shinji è pronto andare via, quando un nuovo Angelo arriva a Neo Tokyo-3: Zeruel. L'Angelo è incredibilmente potente, penetra le linee difesa fiancheggia con notevole agio. Comprendendo che non hanno tempo per spedire gli EVA sulla superficie, la NERV è pronta a lottare nel Geofront. Comunque, l'Unità-01 rifiuta di accettare Rei così va a combattere pilotando la danneggiata Unità-00 e il dummy plug viene installato nell'Unità-01... ma questa rifiuta di accettare anche il dummy plug.
Nel frattempo, l'Angelo penetra negli strati difensivi del Geofront con tre colpi (ricordi, Ramiel ebbe bisogno di ore di perforazione per attraversarli!). Asuka l'impegna, ma presto comprende che le sue armi sono inefficienti contro di lui, anche con il suo AT Field neutralizzato! Zeruel abbatte l'Unità-02 rapidamente e procede verso il Quartier Generale. Di seguito, Rei l'attacca con una mina N² (apparentemente senza l'approvazione di Gendo), ma anche questa fallisce. L'Angelo resiste al colpo dell'esplosione e colpisce il pozzo di apertura principale, avanzando verso il central dogma.
Zeruel irrompe nel centro di comando, ma Shinji lo attacca, a bordo dell'Unità-01. La madre di tutte le battaglie comincia... e non sembra arrendersi dal blocco improvviso quando le batterie dell'EVA si esauriscono. Oh si, l'Unità-01 va in berzerk per la terza volta, questa volta superando in maniera completamente libera le apparecchiature di blocco della NERV. Alla fine, si mangia l'Angelo vivo.

La battaglia contro Zeruel è finita, ma nulla è più come prima. Il Quartier Generale primario è abbandonato. Tutti e tre gli EVA sono malamente danneggiati solamente con l'Unità-01 più o meno operativo. La SEELE finalmente comprende che Gendo ha una propria agenda riguardo agli EVA ed al Instrumentality Project; il risultato della battaglia NON era parte dello scenario che avevano concepito... lui non può essere più degno di fiducia.
C'è un problema in più... l'Unità-01 rifiuta di lasciar uscire fuori Shinji. Attualmente, l'EVA lo ha assimilato con il LCL all'interno dell'entry plug, rendendo ogni tentativo di soccorso estremamente difficile. Ritsuko spiega che Shinji ha perso il suo "ego-confine" ed affinchè si possa recuperarlo devono sia ricostruire il confine e sia ritrasferisce l'anima di Shinji in lui... nel frattempo, Shinji ha alcune allucinazioni prelibate mentre fluttua all'interno del plug (ricordandogli il tempo all'interno di Leliel!).
Un mese dopo la battaglia, l'operazione di liberazione comincia, ma non va come progettato... la NERV è incapace di controllare il processo e Ritsuko comprende che Shinji sta cercando di resistere alla restaurazione del suo ego-confine. Allora, il dummy plug si apre, espellendo il LCL ed il plugsuit vuoto di Shinji. Misato piange per Shinji finché esso esce fuori. Lui ha deciso di ritornare e apparentemente di ricostruire il suo ego-confine da solo (si, questi episodi stanno diventando sempre più soprannaturali!).

La SEELE ha bisogno di risposte alle loro domande... e per questo fine, incaricano il loro agente segreto, Ryoji Kaji di rapire il comandante in seconda della NERV, Kozo Fuyutski e di portaglielo. Vista la sua relazione con Kaji, Misato è detenuta per interrogatori dal personale della sicurezza della NERV.
Durante l'interrogatorio della SEELE, scopriamo come Fuyutski finì per lavorare alla NERV. Nel 1999, era un professore a Kyoto dove incontrò due dei costruttori futuri della NERV: Yui Ikari e Gendo Rokobungi. Yui, una bioingegnera e assistente di ricerca di Fuyutski, che stava in quel periodo con Gendo che già lavorava per la SEELE in vari progetti. Le prime impressioni di Kozo su Gendo non erano molto positive... Lui non incontrò più Gendo fino a dopo il Second Impact nel 2002 in una spedizione al devastato Polo Sud. Là venne a conoscenza che Gendo si era sposato con Yui ed aveva avuto anche, un bambino, Shinji, in più incontrò la figlia della famoso Prof. Katsuragi: Misato.
Nel 2003, i sospetti di Kozo sulla SEELE crebbero, con la pubblicazione della storia su una meteora che avrebbe provocato il Second Impact. Scavando tra i documenti scoprì alcuni dei segreti riguardo a Gendo ed alla SEELE, e minacciò di pubblicarli. Come risposta, Gendo lo invito a vedere il Geofront della Gehirn ed il Progetto E, chiedendogli di unirsi nella "creazione di una nuova genesi per l'umanità."
Tutto cambiò nel 2004. Durante la prova di attivazione dell'Unità-01, Yui Ikari scomparve, mentre stava seduta nell'EVA... proprio come la Dott.ssa Naoko Akagi aveva sperato. Gendo cambiò completamente dopo essere scomparso per una settimana ed avviò un nuovo progetto: lo Human Instrumentality Project. I suoi piani cominciarono a divergere da quelli della SEELE. Nel 2010, due anni dopo che Ritsuko si unì al Gehirn, sua madre completò il supercomputers MAGI e Gendo portò Rei Ayanami lì... ma nessuno sapeva da dove arrivasse. Lo stesso giorno, Naomi Akagi morì, e il Gehirn cessò di esistere. Tutti i suoi dati personali e progetti furono trasferiti ad una nuova organizzazione: la NERV, diretta da Gendo Ikari. Tornando al presente... Ruoji Kaji aiuta Fuyutski a scappare dalla SEELE, solamente per essere ucciso poco tempo dopo (l'assassino non è mai stato rivelato).

Asuka ha un problema... i ricordi del suo tragico passato stanno interferendo con la sua concentrazione causando una caduta rapida del suo tasso di sincronizzazione. Il fatto che Shinji sia un pilota superiore non aiuta la situazione. Lei ridirige la sua angoscia sugli altri. Sorgono alcune notizie preoccupanti; la SEELE ha iniziato la costruzione delle Unità EVA dalla 05 alla 13, ma lo stanno facendo fuori dai canali ufficiali e sotto un velo di pesante segretezza. Nessuno riesca a capire le ragioni dietro alla decisione della SEELE.
Asuka vede un occasione per provare il suo valore quando il 15° Angelo, Iriel, arriva. L'Angelo sta in orbita, appena al di fuori del raggio di azione della NERV. Inizialmente, Rei è incaricata di attaccare l'Angelo ed Asuka è assegnata come sua retroguardia, ma lei prende l'iniziativa e si muove ad attaccare l'Angelo... ma l'Angelo ha una raggio d'attacco superiore. Esso colpisce prima con un raggio di energia che assomiglia ad un AT Field, attaccando direttamente la mente di Asuka ed iniziando a lacerarla. Il tentativo di comprendere da parte dell'Angelo la psicologia umana disturba la Dott.ssa Akagi.
Siccome Gendo non vuole permettere all'Angelo di avere un'opportunità di toccare l'Unità-01, decide che c'è solamente uno modo di sconfiggerlo. Lui ordina a Rei di andare al Central Dogma e di prendere la Lancia di Longinus, nonostante le obiezioni di Kozo. Diviene presto evidente che questa è solo una scusa conveniente per lui per liberarsi della Lancia senza l'approvazione del Comitato.
La Lancia mostra il suo vero potere, la capacità di penetrare qualsiasi AT Field, persino usato contro Iriel... sfortunatamente (o fortunatamente, per i piani di Gendo) la Lancia è oltre modo fuori controllo raggiungendo la velocità di fuga e uscendo dall'orbita di Terra. Asuka è irritata, ancora una volta ha perso e deve essere liberata. Questo non fa presagire nulla di buono per il futuro.

Misato e Asuka stanno molto male... Misato non si rende ancora conto della morte di Kaji e si è chiusa nella sua stanza. Asuka non può perdonarsi di aver ancora una volta perso e non vuole incontrare nessuno a casa o a scuola; invece, sta a casa di Hikari. Ritsuko riceve cattive e buone notizie... il suo gatto è morto.
Più tardi... la SEELE sta discutendo con Gendo Ikari a causa del suo uso non autorizzato della Lancia di Longinus quando la riunione viene interrotta da Fuyutski: un altro Angelo si sta avvicinando a Neo Tokyo-3. Questo è il 16° Angelo, Armisael. La NERV schiera l'Unità-00 contro l'Angelo mentre l'Unità-02 sta indietro come riserva e potenziale esca (l'Unità-01 rimane indietro a causa di ordini espressi di Gendo). Si noti come l'Angelo assomiglia ad una duplice spirale di DNA...
L'Angelo esibisce un modello molto strano di AT field: ciclico dal blu all'arancio. Anche il MAGI è incapace di spiegarne il significato; semplicemente non hanno abbastanza dati. La NERV decide di aspettare e vedere cosa accadrà, ma Armisael ha altri piani... cambia forma leggermente ed attacca l'Unità-00, penetrando il suo AT Field come se nulla fosse!. Esso inizia a comunicare con l'EVA ed il suo pilota... con una biofusione. Asuka è inviata ad aiutare Rei, ma comprende improvvisamente di essere incapace di sincronizzarsi col suo EVA. A causa dello sbriciolamento della sua sicurezza il suo rapporto di sincronizzazione è praticamente zero.
Armisael contatta la mente di Rei e fanno una piccola chiacchierata... appare che gli Angeli nelle loro molteplici nature, sono creature solitarie e odiano questa situazione. Nel frattempo, l'Unità-01 è uscita dalla cryostasi ed è spedita ad aiutare Rei. Armisael si gira ad attaccarlo, menzionando il suo compito di fondersi con Shinji. Rei torna a lottare e genera un AT Field per contenere l'Angelo e poi autodistrugge l'Unità-00. L'Angelo e l'EVA, sono distrutti. Così anche il suo pilota (ciao! ciao! Rei II).
La battaglia fornisce un momento critico; il penultimo Angelo ora è morto, come menziona le SEELE. Il tempo promesso è a portata di mano. Ma devono liberarsi della NERV e di Gendo prima. Verso la fine, "convocano" Ritsuko per incontrarli e dirle null'altro che la verità. Lei a turno rivela il segreto di Rei a Shinji e Misato... insieme a molti altri fatti nascosti dalla NERV. Una vero finale sconvolgente.

Dopo la battaglia con l'ultimo Angelo, Neo Tokyo-3 è devastata. Shinji comprende di essere nuovamente solo... Rei che aveva conosciuto è morta, e la realizzazione di una nuova sarà solamente il clone in una serie rendendolo incapace di affrontarla di nuovo. Asuka è caduta in una depressione profonda. I suoi altri amici hanno lasciato le loro case distrutte. Mentre Shinji pondera questo, incontra il Fifth Children, Kaworu Nagisa.
Kaworu causa un vero rimescolamento alla NERV con il suo arrivo. La sua abilità di sincronizzazione con un EVA è stupefacente, e come Rei, tutti i suoi file sono stati cancellati. Gendo e Fuyutski sembrano essere consapevoli della sua vera natura e tengono chiuso un occhio sulla sua condotta. Nota che Kaworu dice dice a Rei: "Tu sei simile a me". Questo si riferisce a come loro sono nati...
I piani a lungo termine della SEELE finalmente stanno giungendo al termine. Solamente uno uomo sta sulla loro via: Gendo Ikari, un (il primo) membro della loro organizzazione. La SEELE desidera restaurare la NERV e gli Evangelion ai ruoli che avevano originalmente... nel frattempo, Gendo stesso sta chiacchierando con l'Unità-01 dell'arrivo imminente dell'Ultimo Angelo e di come devono distruggerlo. Nota che si riferisce all'EVA con il nome dello spirito che risiede in esso: Yui.
Finalmente, Kaworu, il 17° ed ultimo Angelo, rivela la sua vera natura... Tabris è arrivato! L'Angelo comanda l'Unità-02 e discende verso il Central Dogma per avere il suo incontro finale con Adam, e l'Unità-01 è inviata nella ricerca.
Ok, ora le cose cominciano a complicarsi realmente... lo scopo dell'ultimo Angelo era toccare Adam e con ciò causare il Third Impact. Ma quando entra nel Central Dogma, comprende che lì vi era Lilith, la madre del Lilim (almeno secondo la Cabbala), non Adam, e si rende conto di qualche cosa (esattamente cosa, non lo dice). Quando Shinji entra nella stanza, Tabris ha preso una decisione. Il suo il fato era vivere per sempre e provocare il Third Impact ed a lungo termine la distruzione dell'umanità (davvero la salvezza se la SEELE deve essere creduta). Ma ora... Tabris si augura di morire e da a Shinji la possibilità di vivere.

L'Ultimo Angelo non c'è più. La NERV ha realizzato il suo fine ed ha sconfitto tutti i 17 Angeli. Ma Shinji non è felice... lui si sente colpevole per aver ucciso Kaworu, il suo amico e non può credere con i fatti che non aveva altra scelta possibile, nonostante le assicurazioni di Misato. Quindi, cominciamo con uno Shinji in viaggio nella sua mente...
Lui sente di essere odiato, specialmente da suo padre Gendo. Lui è da solo, e si sente perduto, non avendo nessuno che gli dica quello che deve fare... per tutta la sua vita è stato sempre guidato dalla volontà altrui. Lui tenta di comprendere perché pilota l'EVA, anche se odia anche il pensiero di quello che ha fatto. Lui pilota nell'interesse dell'umanità, facendo la cosa giusta, o è lui solo un martire, volendo farsi piacere e simpatizzare con gli altri?
Noi ci trasferiamo da Asuka... (nota che è sottacqua, proprio come nel film) lei pensa a se stessa come immondizia, perché non può controllare più gli EVA; quindi, Asuka pensa, che è indegna agli occhi degli altri. Lei teme di essere lasciata in pace, dimenticata?
Segue, il caso di Rei. Lei ha qualche... problema con la sua identità. È lei soltanto una persona fasulla, un prodotto di Gendo, una immagine della donna dal cui DNA lei è stata creata, Yui Ikari? O è un individuo, formatosi da sola e con la sua interazione con le altre persone (nota che Anno ritorna su questo problema nell'episodio 26)? Cosi lei si augura di ritornare al nulla, morire quando tutto è finito? O è impaurita dal cessare di esistere?
I suoi pensieri sono interrotti da Gendo. Il giorno per il quale sei stata creata è arrivato... E così, la fine del mondo comincia.
Instrumentality... il piano di fusione di tutte le menti e le anime umane in un equilibrio eterno, per farle ritornare come loro erano "agli inizi" (riferimento alla sorgente dell'Umanità, Lilith?). C'è un vuoto in agguato nella mente umana, un'incompletezza fondamentale che causa paura. Solamente dalla fusione di tutte le menti riunite questa paura può scomparire... questa era il fine ultimo della NERV e della SEELE agli inizi.
Misato Katsuragi. Lei non ha mai mostrato la sua vera faccia a chiunque. Lei mostra un'apparenza, e l'odia. Lei odia anche suo padre, ma lo trovò di nuovo in Kaji che lei amò... lei era felice, ma lei l'odiò... che mente distorta. Era veramente felice della fine?
Asuka Sohryu Langley. Che infanzia problematica! Sua madre se ne andò e si uccise, suo padre non la conosce... Lei crebbe non volendo dipendere da nessuno, ma lei a questo non piace. Lei odia, odia, odia... ed è da sola.
Shinji Ikari. Verità e Realtà non sono costanti ma mutevoli, in funzione della prospettiva delle cose. Shinji ha scelto di chiudersi, ignorando tutto e tutti vicino a lui, creandosi il proprio mondo senza tempo e spazio dove solamente lui esiste. Questa è la realtà, la realtà che lui desidera per... morire e riempire la sua inesistenza, proteggersi dalle cose che non gli piacciono...

E le cose diventano ancora più strane... questo episodio scava realmente, veramente nel profondo della mente di Shinji, le sue paure, speranze, pensieri e percezioni. Da ciò rinunciamo a dare un senso di questo episodio. Molte cose interessanti vengono dette sull'autorispetto e su come le persone le percepiscono attraverso gli altri. Gli uomini non possono esistere da soli. E la realtà, è formata da come la si percepisce, come si accetta le verità su se stessi. Shinji può esistere senza l'EVA, l'unica cosa che usava per definire la sua esistenza, finchè stava con altre persone... lui riesce a far cadere il muro che ha costruito intorno a lui.
Quindi, Shinji prende la sua decisione. Morte ed oblio non sono il percorso per la libertà, non è quello che veramente desidera. Lui vuole vivere. E qui, lui asserisce la sua individualità; così rifiuta di divenire uno come gli altri, formare una sola mente che può equivalere all'oblio... e crolla il Third Impact.
Quindi, noi siamo qui. La fine della saga di NGE. Che cavalcata! Io spero che vi sia piaciuta... nonostante il finale abbastanza insolito. Per un approccio alternativo agli eventi di questi due episodi, vedete i film di NGE.