End of Evangelion

Shinji cade in uno stato di seria depressione dopo che ha ucciso il suo unico amico Kaworu che risultò essere un Angelo. Lui cerca Asuka, ma lei è incapace di aiutarlo perchè sta giacendo in stato catatonico all'ospedale.

Nel frattempo, Misato fa alcune ricerche sul Second Impact da sola. Lei scopre che l'Umanità era arrivata ad un punto morto dell'evoluzione ed il Third Impact era necessario per iniziare il prossimo passo dell'evoluzione. Lei viene a sapere che l'umanità è il 18° Angelo e che tutte le forme di vita sono originarie da Lilith.

Ora che la minaccia degli Angeli è passata la SEELE vuole che la NERV si ritiri e tenta di prendere il controllo del sistema del magi. L'attacco del virus è evitato comunque con successo dalla Dott.ssa Akagi Ritsuko grazie al codice protettore 666. La SEELE decide di tentare un attacco fisico - il traditore Gendo ed il suo staff devono essere distrutti a tutti i costi e spediscono un'unità militare speciale per penetrare nel quartier generale della NERV.

Un combattimento spietato comincia così grazie alla forza militare d'élite della SEELE. La forza di sicurezza della NERV è incapace di allontare le forze militari, addestrate ad intercettare i terroristi, non un esercito che attacca. Il personale della NERV è annientato senza alcuna misericordia - donne, bambini, ognuno è ucciso a vista - nessuno prigionierio viene preso. Il personale della NERV sarà sterminato. Lasciando una striscia di sangue, i militari cercano i tre Children, il loro obiettivo principale.

I militari sganciano una bomba N² ed infrangono il Geofront. La stanza di comando è attaccata e Makoto, Shigeru e Maya devono lottare per le loro vite. Asuka, che è ancora inconscia viene messa nell'EVA-02 e l'Evangelion viene lasciato cadere nelle profondità del lago del Geofront - il luogo più sicuro al momento.

Shinji nel nel frattempo siede sotto una scala, completamente senza motivazioni per fuggire o lottare per la sua vita - non vuole più bene a nessuno. Lui si avvicina ai soldati che radiotrasmettono dicendo che l'hanno trovato. Il loro ordine è di terminarlo immediatamente. Un soldato colloca la canna del suo fucile contro la testa di Shinji. "Non biasimarmi ragazzo" lui dice. Misato attacca, uccidendo tutti tranne un soldato.

Mettendo la canna della sua pistola sotto il mento del soldato e gli dice "Non biasimarmi" facendogli saltare il cervello. Lei trascina Shinji nella sua macchina per portarlo alla gabbia dell'EVA. Shinji sostiene che vuole morire ma Misato risponde: "Tu sei ancora vivo! Lotta e vivi prima, tu puoi ancora morire se vuoi dopo tutto qui è tutto finito!"

Nel frattempo, Gendo e Fuyusuki discutono sulle intenzioni della SEELE. Loro raggiungono la conclusione che il Third Impact che la SEELE vuole provocare condurrà alla morte dell'umanità - e come Yui una volta disse: "Nulla può essere guadagnato da morti". Nel frattempo Asuka, perduta nella sua inconsapevolezza lotta una battaglia interiore. Ricordi del suo passato, il suicidio di sua madre, la negligenza di suo padre tortura la sua anima - alla fine comprende che non può ancora raggiungere sua madre, il luogo dove sua madre l'aspetta è la morte. Un singolo pensiero emerge nel suo cuore: "Io non voglio ancora morire!" Asuka è ossessionata da questo pensiero e continuamente si ripetono queste parole in lei, ad alta voce finché lo grida con tutta la sua voce. Quello è il momento in cui si sveglia dal suo coma, piena di energia per lottare per la sua vita.

Asuka, informata della situazione alla NERV, immediatamente emerge dal mare e attacca i militari con tutto il suo potere. Protetta dal suo AT-Field, l'unica cosa che i miltari sono in grado di fare e di distruggere il cavo dell'Unità-02, che lascia Asuka con 5 minuti di energia per combattere. La SEELE si aspettava l'opposizione degli EVA e lancia le proprie unità EVA: la produzione di massa degli Evangelion da 05 a 13. Gendo è sorpreso dal fatto che questa serie sia già completa - loro hanno: il motore S² (non hanno quindi bisogno di una fonte energetica esterna), la capacità di volare e non richiedono piloti.

A questo punto, Asuka con appena 3 minuti e mezzo che gli rimangono deve lottare contro 9 Evangelion ostili, lei calcola il tempo necessario per distruggerli e attacca con cattiveria.

Misato parla con Asuka per un momento al cellulare e le dice di distruggere la serie degli EVA per prevenire il Third Impact, prima che trascini Shinji lungo l'hangar dell'EVA-01. Asuka sfoga la sua furia nella battaglia contro la serie degli EVA che sembrano essere superiori all'EVA-02 ma non hanno l'esperienza in combattimento di Asuka. Intanto Misato e Shinji arrivano al portello dell'hangar, Misato è ferita da un colpo di pistola. Lei dà a Shinji le ultime istruzioni ed un "vero" bacio prima che lo lasci con le sue ultime parole: "Noi continueremo la prossima volta, quando tutto questo è finito". Quando chiude il portello Shinji comprende che la sua bocca è piena del sangue di Misato - non ci sarà affatto una prossima volta.

Nel frattempo Asuka fa progressi eccellenti - anche con solamente 3 minuti e mezzo per combattere distrugge tutta la serie dei nove EVA. Comunque nel momento in cui colpisce l'ultimo Eva una Lancia di Longinus appare, distrugge il suo AT Field e urta contro la testa dell'EVA-02. Come se questo non fosse abbastanza, il suo sistema energetico è vuoto divenendo incapace di muoversi.

Gendo e Rei capeggiano dal Terminal Dogma dove Lilith è appesa sulla croce. Là loro incontrano Ritsuko che inizia l'autodistruzione della base della NERV, ma è tradita dal computer di sua madre - Casper. Gendo, puntando la sua pistola le dice suo quanto l'amò ma Ritsuko replica solamente: "Bugiardo". Gendo le spara. Intanto Shinji finalmente è entrato nell'EVA-01 e vede quello che è accaduto ad Asuka - la serie degli EVA si è rigenerata e lacerano le parti dell'EVA-02, mangiandone quello che rimane. Asuka è morta. Gridando per l'orrore Shinji si appresta a sfidare la serie degli EVA.

Invece di attaccare l'EVA-01, la Serie degli EVA formano una strana formazione attorno a lui. La Lancia di Longinus è convocata dalla Luna e sta ferma di fronte all'EVA-01. Presto diviene chiaro - gli Evangelion stanno formando un albero della vita - il Third Impactè finalmente cominciato. Un'immensa esplosione sommerge il Giappone e parte della Corea.

Nel frattempo Gendo ordina a Rei di entrare in Lilith, ma lei si rifiuta dicendogli che non è più la sua bambola e va da Lilith da sola - l'ultima opportunità di controllare l'Impact per Gendo si polverizza. Rei sente che Shinji sta soffrendo, vola in direzione della faccia di Lilith e dice "Io sono a casa", Lilith risponde (con testo su schermo nero) "Benvenuta a Casa". Rei si unisce con Lilith e cade dalla croce rossa gigante, il suo corpo comincia a trasformarsi in quello di Rei. Lei comincia a crescere rapidamente in maniera così grande che il suo corpo si espande per tutta la Terra, e verso lo spazio esterno.

La nuova creatura, sembra una Rei gigante, aumenta e prende l'EVA-01 con le sue mani. Ora il pianeta intero è sommerso da un fuoco multicolore così tutte le anime umane lasciano i loro corpi, che si dissolvono nel L.C.L. Durante questa transizione metafisica, i sogni delle persone si uniscono con la realtà. Le ultime parole di Gendo prima che lui dissolva sono "Mi dispiace Shinji". Tutte le anime fluttuano verso la Rei gigante e sono assorbite - non ci saranno più estranei nel mondo così la nuova umanità sarà un solo essere.

La Rei gigante comincia a spiegare la natura dell'esistenza dell'umanità a Shinji. Rei indica la mancanza di sogni nella realtà e la ricerca dell'umanità della sua identità in un mare pieno di estranei. Lei mostra a Shinji quello che significa crescere, che comporta anche la brama per il sesso opposto. Nella scena finale, Shinji ed Asuka sono nella cucina nell'appartamento di Misato. Shinji implora Asuka di aiutarla in questo che è il suo più grande trauma psicologico. Lei si rifiuta malignamente e dispettosamente. Shinji si scatena e comincia a strangolarla.

Con questa azione, l'EVA-01 si libera di Rei, lasciando la creatura, dove le anime stanno a galla fuori da Rei. La creatura gigante cade in pezzi ed l'EVA-01 (insieme alla Lancia del longinus) fluttano nelle profondità dell'universo.

Shinji si sveglia sulla spiaggia di un mondo desolato. Parti della creatura gigante sono sparse su tutto il panorama, illuminato da una strana luce rossa. Con sua sorpresa una Asuka ferita giace accanto a lui sulla spiaggia. Lui inizia a strangolarla di nuovo, ancora frustrato dal fatto che lei lo abbia sempre rifiutato. Questa volta comunque Asuka non colpisce Shinji ma lo accarezza. Forse lei finalmente ha imparato a mostrare i suoi sentimenti - le sue parole "Io mi sento male" concludono il film che con questa scena finale aperta a tutte le interpretazioni, ma sembra come se Shinji ed Asuka siano divenuti i nuovi Adamo ed Eva di una nuova generazione dell'umanità.