Pilota: Ayanami Rei (First Children)	Prima Apparizione: Episodio 5

L'Unità-00 ebbe dei problemi durante la prova di attivazione. Andò in berserk durante la fase finale, ferendo severamente Rei, a causa dell'espulsione forzata del dummy plug. La Dott.ssa Ritsuko Akagi dichiarò che questo fu causato dalla improvvisa instabilità mentale del pilota.

Originariamente, l'Unità-00 aveva un schema di colori arancio/bianco/nero. Dopo che riuscirono ad attivarlo lo schema fu cambiato in blu/bianco/nero e le consuete "imbottiture" dell'EVA furono installate. Quest'Unità utilizza un cavo ombelicale per l'alimentazione continua di energia.

La prima missione di combattimento dell'Unità-00 fu il combattimento contro il Quinto Angelo, Ramiel, dove difese l'Unità-01 dal colpo positronico dell'Angelo e fu dannegiata severamente. Dopo di ciò, non rientrò in azione prima dell'attacco di Matariel.

Quando la NERV compì una prova di compatibilità dei vari piloti delle diverse Unità, l'Unità-00 andò nuovamente in berserk quando Shinji vi enrtò. La ragione di questo comportamento rimane piuttosto oscura. Io sospetto che la prova fu compiuta per scoprire se gli EVA accettino altri piloti oltre a quelli designati, come esame premilinare per il dummy plug system.