Fuyutsuki Kouzou è il vicecomandante della NERV. Quando comanda, Kouzou non è del tutto dissimile dal Comandante Ikari, rimane perfettamente calmo anche quando una situazione diventa sgradevole. Comunque, sembra un pò apprensivo a volte, ma trova sempre il momento adatto per prender parte ad una conversazione con il personale della NERV. Diversamente da Gendo, Kouzou preferisce agire per salvare una posizione invece che prendere grossi rischi, ed anche se Kouzou forse ha dieci anni di più di Gendo, il suo ruolo nella gerarchia della NERV è di vicecomandante. È il Comandante Ikari ad avere l'ultima parola, questo quando non sta via per ragioni più importanti. Lui spesso chiama direttamente Gendo come "Ikari" invece di "Comandante Ikari".

Lui è stato il professore di Ikari Yui che più tardi divenne la madre di Ikari Shinji. Dopo il Second Impact, Fuyutsuki ne scoprì il segreto e si unì al Gehirn, quello che più tardi divenne la NERV.

Kouzou funziona per Gendo come la voce dell'umanità. Lui gli rimprovera tutte le operazioni e gli ricorda la gravità delle sue azioni. Lui sembra essere un uomo amichevole e cordiale, l'opposto di Gendo. Sebbene non approvi tutte delle azioni di Gendo crede nei suoi fini.