Ikari Shinji è il protagonista principale di Neon Genesis Evangelion. Lui è il pilota dell'arma umanoide Eva-01. A lui ci si riferisce come "Third Children". Shinji trova incredibilemente difficile esprimere i suoi sentimenti verso gli altri per la paura di farsi male emotivamente, ed è per questo che non è disposto ad adattarsi a nuove situazioni. Anche se è il figlio di Ikari Gendo, il comandante della NERV, Shinji ha un rapporto molto strano con il padre. Gendou lasciò Shinji quando era molto piccolo, e da allora non si sono incontrati per molto tempo.

Incapace, o semplicemente non disposto, a sopportare la compagnia di suo padre dopo la vita in esilio per molti anni, Shinji sceglie invece di accettare l'invito di Misato a vivere con lei al suo arrivo a Neo Tokyo-3, qualcosa che rappresenta un grande passo per Shinji. Anche se Misato non risulta essere il compagno di camera ideale che Shinji aveva in mente, la situazione bizzarra in cui lui si trova a vivere lo aiuterà un pò. Al contrario, lui ed la sua tutrice Katsuragi si trattano come figlio e madre. Loro si vogliono molto bene.

Prima che Shinji arrivasse alla NERV, lui era avvilito e aveva perso la fiducia. Comunque, successivamente egli guadagnò espererienza nel combattere contro gli Angeli e, con l'aiuto di Misato, divenne gradualmente più fiducioso.