Nel 1255 il papa Alessandro IV inviava da Roma, la prima pietra per la costruzione di quello che è il primo tempio eretto dall'ordine francescano in Sicilia. L'0pera fu finanziata totalmente dalla nobiltà messinese, in particolare da Violante Palizzi, Eleonora Procida e Beatrice Belfiore tutte entrate a far parte del terz'ordine francescano. La chiesa altissima fu una delle poche opere Angioine in Sicilia. Meticolosamente ristrutturata

dopo il terremoto del 1908, le grandi absidi raffigurate dal grande Antonello sullo sfondo della "Deposizione" sono state ricostruite impiegando le pietre crollate. All'interno si può ammirare parte dell'antico pavimento a intarsi di pietra che formano un grande astro. La chiesa è nota ai messinesi come la chiesa dell'Immacolata per la statua argentea che vi si conserva. All'interno vi si trovavano grandi dipinti del XVI e XVII secolo e le tombe di Federico III d'Aragona e di alcuni suoi familiari.