Mulder si mette sulle tracce di un alieno che sembra voglia far ritorno alla propria nave spaziale, nel frattempo Scully indaga sull'attentato al vicedirettore Walter Skinner

Riassunto:
      In un flashback degli agenti governativi (fra cui i giovani William Mulder e l'Uomo che Fuma) visitano il capezzale di un membro dell'equipaggio dal volto sfregiato dalle radiazioni che si trovava a bordo del sottomarino Zeus Faber (vedi episodio 3X15). L'uomo insiste nel dire che la marina militare ha imbrogliato l'equipaggio del sottomarino il quale credeva che la propria missione fosse quella di recuperare una bomba atomica da un aereo abbattuto. Ma crede che il vero scopo della missione fosse proteggere un'entità aliena che viveva sul fondo dell'oceano - una forma di vita che ha invaso il sottomarino ed ha ucciso l'equipaggio con delle radiazioni mortali. L'Uomo che Fuma assicura il marinaio che il governo renderà pubblica la verità.
      A Washington ai gioni nostri, Scully va a far visita a Skinner all'ospedale. Skinner, è semicosciente, e le rivela di aver riconosciuto il suo assalitore. Temendo ulteriori attacchi, Scully mette delle guardie appostate fuori dalla sua camera d'ospedale.
      Nel frattempo, Mulder ordina a Krycek di condurlo nel luogo dove si trova in nastro digitale. Durante il viaggio, un altro veicolo va a sbattere deliberatamente contro la macchina di Mulder, facendolo finire fuori strada. Mulder rimane ferito nell'incidente e perde conoscenza. Alcuni uomini armati rivolgendosi a Krycek gli chiedono il nastro. Poco dopo, un'abbagliante luce bianca viene emanata dal corpo di Krycek ed acceca gli uomini armati.
      Scully visita Mulder all'ospedale dove sta guarendo dalle ferite causate dall'incidente. Scully mostra degli esami di laboratorio che dimostrano che l'assalitore di Skinner e l'assassino di sua sorella sono la stessa identica persona. Più tardi, gli agenti esaminano la tuta per le immersioni che Gauthier ha usato durante la missione di recupero. Mulder fa notare un strato d'olio che ricopre la tuta. Crede che il petrolio sia il mezzo usato dall'extraterrestre per trasferirsi da un'ospite all'altro. Krycek, ipotizza Mulder, è l'ultimo ospite dell'alieno.
      Con l'aiuto dei Guerrieri Solitari, Mulder recupera un pacchetto che crede contenga il nastro digitale. Il contenitore del nastro all'interno del pacchetto è vuoto, ma un'esile scritta sull'imballo del pacchetto rivela il numero di telefono dell'Uomo Distinto. Mulder fissa un incontro faccia a faccia sperando di riuscire a sapere dove si trova Krycek. Krycek, nel frattempo, dà il nastro all'Uomo che Fuma.
      Durante il loro incontro, l'Uomo Distinto dice a Mulder che un UFO è stato abbattuto nell'Oceano Pacifico da dei piloti americani durante la seconda guerra mondiale. Le missioni mandate a recuperare il veicolo sono fallite a causa delle intense radiazioni. Mulder comprende che l'Uomo Distinto non sa dove sia Krycek.
      Nel frattempo, Scully protegge Skinner mentre viene trasportato da un'ospedale all'altro. L'Uomo Ispanico, Luis Cardinal, tenta di accedere all'ambulanza. Ma Scully lo sorprende e ne consegue un inseguimento. Cardinal viene investito da un'automobile e cade in un vicolo. Temendo che Scully gli spari le rivela che Krycek viene portato in un deposito di missili abbandonato a fuori Bismarck, Nord Dakota.
      Gli agenti riescono ad entrare nel deposito, ma l'Uomo che Fuma li prende in custodia prima che riescano a cercare in tutti i silo. Più tardi, si vede Krycek all'interno di un silo dove viene tenuta nascosta un'astronave aliena. L'entità esce dal corpo di Krycek, lasciandolo sepolto in mezzo ai silo.
      Più tardi, Mulder dice a Scully che Luis Cardinal è stato trovato morto all'interno della sua cella - una morte fatta somigliare ad un suicidio.