Gli episodi del Secondo Dottore sono gli ultimi della Serie ancora in bianco e nero; divisi in più parti (di 25 minuti l'uno), con un solo titolo unico. Su 20 episodi 13 sono cancellati dalla BBC [come per il Primo Dottore]: i nastri all'epoca costavano parecchio, e per risparmiare, li riciclavano.

Degli episodi mancanti esistono solo delle fotografie di scena, rari spezzoni e la versione audio, grazie ai fan che a quel tempo, negli anni '60, registravano l'audio degli episodi su registratori a bobina e riprendevano il video con le proprie cineprese.

La BBC ha realizzato, di alcuni (?) episodi mancanti, una versione animata [in bianco e nero] come è accaduto per l'episodio # 46 The Invasion (del 1968)

#50 The War Games  è l'ultimo episodio in cui appare Patrick Troughton come  Secondo Dottore

Esiste un gruppo di fan che ha come scopo di ricostruire gli episodi mancanti: 'The Happiness Patrol' - Il nome deriva dal tiitolo di un episodio del Settimo Dottore del 1988. . [#152The Happiness Patrol]

Ultimamente sono stati recuperati alcuni episodi mancanti e pubblicati in DVD.

In Italia, il 31 Agosto 2011 è uscito :'Doctor Who: Gli anni di Patrick Troughton, 1966-1969 - L'invasione' ,un cofanetto DVD della serie doppiata, con 3 avventure del 1968 /69, con dei titoli italiani