I giardini vaticani hanno le caratteristiche del giardino rinascimentale italiano che si presenta come un sito di natura ideale dove l'arte degli antichi trova il suo ambiente più propizio: statue, rovine, elementi architettonici diventano parte dell'ambiente del giardino sia per il ritrovato gusto della scoperta archeologica, sia per lo stretto legame che si percepisce tra la loro bellezza e quella della natura. L'oggetto antico sembra così ritrovare la sua origine e il suo significato.

Il "cortile delle statue" in Belvedere nasce così per volontà di Giulio II e del Bramante come un ambiente naturale dove i marmi antichi sono calati in un continuo susseguirsi di acque, piante di aranci, limoni, mirto e alloro. Un ambiente in grado di accogliere il pontefice ed i suoi visitatori trasportandoli nel passato tra i giardini e le raccolte d'arte degli antichi.
Le statue classiche, disposte lungo le pareti del cortile in cappelle o nicchie ravvivate da vivaci decorazioni vegetali, o abbandonate in apparente disordine tra le aiuole e le fontane, dovevano colpire l'immaginazione di ambasciatori e visitatori illustri e rasserenare il papa nelle sue passeggiate.

Giulio II vi fece trasportare prima del 1509 l'Apollo, il Laocoonte e la Venus Felix, nelle tre nicchie della parete principale del cortile. Successivamente giunsero l'Ercole e Telefo, l'Ercole e Anteo, l'Arianna e il Tevere (ora a Parigi).
Con Leone X, Clemente VII e Paolo III, la collezione si arricchì con altre divinità fluviali , il Nilo, il Tigri, con il torso mutilo che solo dopo le lodi di Michelangelo fu chiamato il Torso del Belvedere, un'altra Venere e una statua di Antinoo.
Verso la metà del secolo la raccolta può dirsi compiuta ed è la collezione di antichità più selezionata e celebrata di Roma che viene presa come pietra di paragone per ogni nuovo ritrovamento di antichità. 
Giorgio Vasari ne parla come il "fiore dell'arte" e il re di Francia fa fare copie in bronzo delle statue per la reggia di Fontainebleau.

Insieme a tanta ammirazione si generò però una corrente che disapprovava tanta "vana antichità del giardino pagano", sino a proporre di smantellare l'intera collezione. Si arrivò nella seconda metà del '500 a coprire le nicchie con le statue con pesanti sportelli di legno e alcuni pezzi furono tolti.

I lavori patrocinati da Clemente XIV nel 1700 portarono in seguito ad una completa ristrutturazione del Cortile: le statue si allinearono sotto il Cortile Ottagono, non più circondate da piante di limoni e aranci. Il Canova nel 1803 volle la chiusura delle cappelle angolari (riaperte nel 1956) e sancì la rinuncia allo "spazio aperto" dei giardini rinascimentali.