Non sono chiare le origini di Bari: dagli scavi nell'area della chiesa di San Pietro, nella città vecchia, sembra ipotizzabile l'esistenza di un originario insediamento dell'età del bronzo, appartenente al popolo dei Peucezi. Entrata a far parte del dominio romano, nel III secolo a.C. come municipium, si sviluppò in seguito alla costruzione della via Traiana.

Dal IV secolo fu sede episcopale e dopo la caduta dell'impero romano fu contesa tra Bizantini (l'attuale struttura della "città vecchia" risale a quest'epoca, e si articola intorno alla corte del Catapano) ed Arabi (nell'847 fu sede di un emirato).

A partire dal 1171 passò sotto il dominio normanno e nel 1087 vi furono portate le spoglie di san Nicola di Myra. Tra il XII e il XIV secolo fu porto di partenza per le Crociate.

Distrutta da Guglielmo il Malo, tornò a rifiorire in epoca sveva, intorno al castello fatto erigere da Federico II su preesistenti fortificazioni normanne.

Un lungo periodo di decadenza caratterizzò le dominazioni angioina, aragonese, e spagnola, interrotto dallo splendore sotto gli Sforza, con le duchesse Isabella d'Aragona e Bona Sforza.

Il 25 aprile del 1813, con Gioacchino Murat, fu posta la prima pietra dell'espansione cittadina al di fuori delle mura medioevali ("borgo nuovo", o "borgo murattiano"), caratterizzato dal tracciato ortogonale delle vie. La popolazione crebbe rapidamente dagli allora 18.000 abitanti ai 94.000 dell'inizio del XX secolo: divenuta capoluogo di provincia, vi trovarono sede edifici e istituzioni pubbliche (Teatro Piccinni, la camera di commercio, l'Acquedotto pugliese, il Teatro Petruzzelli, l'Università degli Studi) e la casa editrice Laterza. Durante il ventennio fascista fu costruito il lungomare monumentale ed inaugurata la Fiera del Levante, con la quale prese vita il disegno di "Bari porta d'oriente", consacrato negli anni recenti dal ruolo di "European gateway" assegnato dall'Unione Europea.

A metà del XX secolo la città si era espansa ulteriormente, in modo disordinato, giungendo a sfiorare i 400.000 abitanti negli anni Settanta e Ottanta. La città, fatta metropoli, affronta i fenomeni del pendolarismo e della deurbanizzazione, mentre crescono il terziario e l'area industriale. A causa della sua posizione Bari accoglie un notevole flusso di immigrazione dall'est; il 6 agosto 1991 sbarca nel porto la nave Vlora, carica di oltre ventimila Albanesi.

Alle porte del 2000 il centro storico viene ristrutturato e restituito a nuova vita, mentre si avvia al termine un profondo rinnovamento infrastrutturale che coinvolge porto, aeroporto, interporto e ferrovia.