Con i suoi 6680 Km è il secondo fiume più lungo del mondo, dopo il Mississipi-Missuri, chiamato in arabo Bahr el-Nil e semplicemente El-Bahr ("il Fiume").
Il Nilo ha la sua origine con il fiume Luvironza-Ruvuvu che è il princpale ramo sorgentifero del Kagera principale emissario del grande lago Vittoria nel territorio della Tanzania
Dal Lago Vittoria esce, verso nord, in territorio ugandese, con il nome di Nilo Vittoria. Quindi attraversa il Lago Kyoga e diventa l'emissario del Lago Alberto. Da qui esce con il nome di Bahr el-Gebel (Nilo delle montagne) per superare il confine ed entrare nel Sudan.
Nelle pianure meridionali del Sudan il Bahr el-Gebel scorre nella grande conca paludosa dei sudd. All'uscita da questa conca diventa il Nilo Bianco quindi riceve la confuenza del fiume Sobat e continua a scorrere verso nord sino a Khartum dove confluisce con il Nilo Azzurro da qui prende finalmente il nome definitivo di Nilo.
Dopo Khartum riceve le acque dell'Atbara, l'ultimo affluente del Nilo e per 2.700 Km attraversa il deserto egiziano fino a sfociare nel Mediterraneo con un vasto delta di 22.000 Km² e composto da 2 rami fluviali principali e da numerosi bracci secondari collegati da altrettanti numerosi canali.
Da Khartum il corso del Nilo è molto regolare con una scarsissima pendenza. Questo andamento è interrotto solo dalle 6 famose cataratte fino ad Assuan, numerate da 1 a 6 iniziando da Assuan. Queste cataratte sono un ostacolo alla navigazione solo nelle acque basse.

Il Nilo è l'unico fiume che sfocia nel Mediterraneo con piene estive. Le sue piene sono abbastanza regolari ed iniziano a Giugno con un piccolo accrescimento grazie "all'Onda Verde", successivamente avviene un grande aumento con "l'acqua rossa" fino ad arrivare alla portata massima alla fine di Settembre. La diminuzione del della portata continua fino al successivo Giugno.
Questo andamento della piena è causato dalla complessa rete di affluenti che alimenta il Nilo. Nel periodo da Gennaio a Giugno le acque del Nilo presso Assuan vengono alimentate sopratutto dal Nilo Bianco che ha una portata abbastanza regolare durante tutto l'anno. Nei periodi di piena, invece, la portata del Nilo dipende sopprattutto dal contributo del Nilo Azzurro e dell'Atbara mentre le sostanze fertilizzanti sono portate dai torrenti etiopici che con l'impetuasità delle loro acque erodono i massicci vulcanici asportando le sostanze fertilizzanti.
L'effetto "dell'Onda Verde" ha un'origine ancora sconosciuta, ma si pensa sia dovuto ad alghe microscopiche che proliferano grazie condizioni chimiche particolari.
A causa di queste piene il livello dell'acqua aumentava di parecchi metri, presso Assuan aumentava di 9 metri, e solo i villaggi costruiti su delle alture non subivano danni. L'acqua del Nilo lasciava nei campi una grande riserva d'acqua oltre ad uno strato di limo molto ricco di sostanze fertilizzanti.

Da circa un secolo si sono fatte varie opere di canalizzazione e sbarramento che hanno regolarizzato queste piene e hanno permesso una più regolare irrigazione delle coltivazioni. La più famosa di queste opere è la diga alta di Assuan completata nel 1970 è una delle più grandi al mondo, e la sua costruzione ha creato il grande lago Nasser che si estende per 5250 Km² un terzo del quale si trova in territorio sudanese.
Altre dighe sono state costruite a Esna, Asyut e nel Delta.

Le sorgenti del Nilo sono state per lungo tempo sconosciute,già Nerone inviò due centurioni alla loro scoperta ma furono fermati della paludi dei sudd. Durante il medioevo non furono fatti progressi nella conoscienza sul corso del fiume, solo nel 1613, padre Páez identificò il Nilo Azzurro che venne considerato il ramo principale. Nel secolo successivo vennero fatte altre spedizioni, nel 1761 da Niebuhr e nel 1769 da J. Bruce.
Solo nel XIX secolo iniziarono spedizioni sistematiche partendo dai fratelli francesi d'Abbadie tra il 1837 e 1844, la spedizione egiziana comandata da Selim pascià nel 1840 rilevò il Nilo fino a Gondokoro, a 5º latitudine Nord.
Successivamente altre spedizioni studiarono il corso del Nilo sia partendo da Nord e seguendo il corso del fiume (il francese Brun-Rollet nel 1855; l'inglese Petherick tra il 1848 e 1863; il francese Lejean tra il 1859 e 1861; per finire con il tedesco T. Heuglin tra il 1856 e 1876) sia da Sud-Est. Seguirono questa strada prima l'italiano Miani e poi gli inglesi Burton, Speke e Grant. Gli ultimi 2 nel 1860 scoprirono la defluenza del Nilo dal lago Vittoria. Risalendola arrivarono fino a Gondokoro dove incontrarono il connazionale S. W. Baker che proveniva da Khartum. Quest'ultimo raggiunse nel 1864 il lago Alberto completando l'esplorazione del corso del fiume.
Solo alla fine del secolo venne fatta la definitiva scoperta delle sorgenti del Nilo da parte dell'austriaco Baumann che , che risalendo il Nilo-Kagera sino al Luvironza-Ruvuvu, arrivò alla vera sorgente del Nilo.