Mulder si infiltra segretamente in un gruppo militare armato con un patogeno letale.

Riassunto:
      Skinner, Scully, Mulder ed una dozzina di agenti dell'FBI partecipano ad un'operazione segreta in um parco di Washington, D.C. Lo scopo: catturare Jacob Haley, un membro di un gruppo militare ricercato atti di terrorismo. Mentre Skinner e Scully osservano gli eventi da un furgone di sorveglianza, Mulder e molti altri agenti segreti lentamente accerchiano il sospetto, che si incontra con un Uomo col Pizzetto seduto su una panchina del parco. Haley porge una busta all'Uomo col Pizzetto, quindi improvvisamente fugge via. Mulder lo insegue, all'oscuro che la pelle delle mani e della faccia dell'Uomo col Pizzetto si sta lentamente corrodendo. Scully salta dal furgone, per avvertire il suo partner. Ma quando raggiunge Mulder, rimane stupita di scoprire che il sospetto è riuscito a sfuggire alla cattura.
      Scully esprime le sue preoccupazioni al suo partner, cercando un chiarimento sul perché abbia permesso ad Haley di scappare. Ma Mulder elude il problema. Poco dopo, gli agenti partecipano ad una riuniune di un consiglio anti-terrorismo, presenziato da Skinner e dall'avvocato del governo Leamus. Durante la riunione Scully afferma che l'uomo con il pizzetto è stato ucciso da una sorta di arma biologica. Skinner quindi mostra ai presenti una fotografia di August Bremer, il cervello del gruppo militare. Fa notare che Bremer e Haley si satnno contendendo il controllo.
      Avendo suscitato la sua curiosità, Scully comincia a sorvegliare da lontano i movimenti del suo partner. Mulder affitta una stanza in un motel, dove ha un'infuocata conversazione telefonica con Haley, uno dei motivi per cui stanno lavorando insieme. Poco dopo, una BMW entra nel parcheggio del motel, e Mulder vi sale. Scully si accoda alla macchina, ma il suo pedinamento viene ostacolato quando due berline la costringono a fermarsi. Quattro uomini quindi si avvicinano al suo veicolo. Scully viene scortata in un edificio governativo dove, con sua sorpresa, incontra Skinner e Leamus. I due le spiegano che Mulder sta partecipando ad un incarico di massima copertura, l'esistenza del quale è a conoscienza solo di Skinner e Leamus. Qualcuno nel gruppo militare ha contattato Mulder dopo che ha manifestato le sue opinioni riguardanti delle cospirazioni governative durante una conferenza sugli UFO.
      La BMW porta Mulder in una remota casa colonica. Là, Mulder viene interrogato da Haley, che l'accusa di spiare il gruppo. Quando Mulder non fornisce delle risposte accettabili, un Uomo dalla testa rasata spinge indietro un suo dito, facendo gridare Mulder dal dolore. La tortura continua fino a che Mulder non suggerisce l'esistenza di una talpa all'interno del gruppo. Improvvisamente, l'uomo dalla testa rasata tira ancora più indietro il dito, spezzandolo come fosse un pezzo di sedano. Quando Mulder sviene, Haley si gira verso di lui e gli dice, "ti credo." Nel frattempo, Bremer testa l'arma biologica in una piccola sala cinematografica, uccidendo quattordici persone. Ma la domanda che rimane è come è stato trasmesso il patogeno alle vittime.
      Quando Mulder ritorna al suo appartamento, viene sorpreso da Scully. Lei Presta attenzione al suo dito rotto e discute dell'operazione segreta. A loro insaputa, Bremer registra segretamente la loro conversazione. Più tardi, Mulder fa rapporto a Skinner e Leamus. Ha scoperto che il gruppo militare intende rapinare una banca. Mulder riferisce inoltre che Haley ha chiesto le copie dei file di sorveglianza dei membri del gruppo militare (sperando di smascherare la talpa). Leamus gli rivela di aver previsto una tale richiesta, e ha già preparato un microfilm dei documenti stilati. Mulder ritorna al motel e dà il microfilm ad Haley. Viene quindi portato di nuovo alla casa colonica, dove il gruppo militare prepara il suo assalto alla banca.
      Scully determina che la tossina non è stata sviluppata dai russi come si era creduto. In privato, dice a Skinner che gli Stati Uniti stanno gestendo un programma segreto di armi biologiche - e che qualcuno dello stato potrebbe aver spedito Mulder in una missione suicidia. Più tardi, improvvisamente appare chiaro a Scully che la fonte di trasmissione del patogeno sono i soldi.
      Portando una mostruosa maschera, Mulder ed i membri del gruppo militare irrompono in una banca. Bremer accede alla camera blindata e spruzza i soldi col patogeno. Il gruppo riesce a fuggire, e più tardi Mulder comprende che lo scopo dell'irruzione era di contaminare i soldi. Bremer punta una pistola su Mulder, annunciando che suo lavora segreto è stato scoperto. Ma Haley intercede, facendo notare che lo pseudonimo di Bremer viene rivelato nel microfilm, smascherandolo come talpa. Bremer risponde facendo ascoltare il nastro registrato segretamente della conversazione tra Mulder e Scully. Bremer dà ad Haley un portachiavi di cuoio con le chiavi di una macchina, permettendogli di lasciare il gruppo incolume. Ma Bremer ed l'Uomo con la testa rasata portano Mulder lontano, intendo giustiziarlo. Improvvisamente, Bremer uccide L'Uomo dalla testa rasata. Bremer dice a Mulder di correre prima che vengano scoperti entrambi. Mulder si dirige verso la banca, che è già stata fatta sigillare da Scully e Skinner. Scully spiega che ha riconosciuto Mulder su una registrazione della sorveglianza dalla benda sul dito. Mentre i soldi vengono tirati fuori dalla banca, Leamus dice agli agenti che le banconote si sono rivelate pulite. Scully accusa Leamus di avere orchestrato l'intero piano. Più tardi, Haley crolla nella sua macchina, con la faccia corrosa dalla biotossina, che gli è stata trasmessa dal portachiave datogli da Bremer.